JoVE Journal > Neuroscience
Summary
Abstract
Introduction
Protocol
Results
Discussion
Disclosures
Acknowledgements
Materials
References
Automatic Translation
Neuroscience

Påvisning av Genome og transkripsjoner av en vedvarende DNA virus i nerve vev ved Fluorescent In situ Hybridisering Kombinert med Immunostaining

Published: January 23, 2014
doi:
10.3791/51091
, , ,
1Virus and Centromere Team, Centre de Génétique et Physiologie Moléculaire et Cellulaire,CNRS UMR 5534, 2Université de Lyon 1, 3Laboratoire d’excellence,LabEX DEVweCAN, 4Institut de Virologie Moléculaire et Structurale,CNRS UPR 3296, 5Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon, INSERM U1052,CNRS UMR 5286

Summary

Vi har etablert et fluorescerende in situ hybridisering protokoll for påvisning av en vedvarende DNA-virus-genomet i vevssnitt fra dyremodeller. Denne protokollen muliggjør å studere infeksjonsprosessen etter codetection av det virale genomet, dets RNA-produkter, og virale eller cellulære proteiner i enkeltceller.

Abstract

Enkel celle codetection av et gen, er dens RNA produkt og cellulære regulatoriske proteiner avgjørende å studere genekspresjon regulering. Dette er en utfordring innen virologi, spesielt for atomreproduserende vedvarende DNA virus som involverer dyremodeller for sin studie. Herpes simplex virus type 1 (HSV-1) etablerer en livslang latent infeksjon i perifere nerveceller. Latent virus fungerer som reservoar, hvorfra det reaktiverer og induserer en ny postherpetisk episode. Den cellebiologi av HSV-1 latens fremdeles dårlig forstått, delvis på grunn av mangel på fremgangsmåter for å påvise HSV-1 genomet in situ i dyremodeller. Vi beskriver en DNA-fluorescerende in situ hybridisering (FISH) tilnærming effektivt oppdage lav-kopi virale genomer innenfor deler av nevrale vev fra infiserte dyremodeller. Metoden baserer seg på varmebaserte antigen avslørt, og direkte merket hjemmelagde DNA-prober, eller kommersielt tilgjengelige sonder. Vi utviklet en trippel Staining tilnærming som kombinerer DNA-FISH med RNA-FISH og immunfluorescens, ved hjelp av peroksidase basert signalamplifikasjon å imøtekomme hver farging kravet. En stor forbedring er muligheten til å få tak i, i løpet av 10 mikrometer vevssnitt, lav-bakgrunnssignaler som kan avbildes med høy oppløsning ved konfokalmikroskopi og bredt felt konvensjonell epifluorescence. I tillegg er trippel farging arbeidet med et bredt spekter av antistoffer rettet mot cellulære og virale proteiner. Den fullstendige protokollen tar 2,5 dager for å få plass til antistoff og sonden gjennomtrengning i vevet.

Introduction

Herpes simplex virus type 1 (HSV-1) er en vedvarende human neurotropisk virus, å etablere en langtids latent infeksjon i neuroner fra trigeminal ganglia (TG) på det perifere nervesystemet, hvorfra det reaktiverer periodisk for å replikere og spres. HSV-1 genom er en 150 kb dsDNA lokalisering i kjernen av verten nervecellen hvor det fortsatt som multikopiplasmider chromatinized plasmider, som ikke integreres i vertscellen genom 1,2. Under ventetid blir HSV-1 replikasjonssyklus genetisk program sterkt undertrykt, og genekspresjon er begrenset til latens-assosiert transkripsjon (LAT) locus, fra latens etablering til initiering av reaktive 3.. LAT produserer en lang 8,5 kb kodende RNA behandlet i en stor 2 kb stabil lariat, og flere miRNA 4-7. HSV-1 latens er således kjennetegnet ved tilstedeværelse av det virale genom-DNA, LAT RNA og fravær av påvisbare replicative syklusproteiner.

ontent "> Dyremodeller, hovedsakelig mus og kanin, er eksperimentelle modeller rekapitulere flere funksjoner i ventetid i menneskelig. Et av de viktigste interessene til disse modellene er at de tillater å studere fysiologiske aspekter av HSV-1 ventetid hos immunkompetente verter. løpet av de siste tiårene , mange eksperimentelle verktøy, for eksempel genmodifiserte virus og mus, har blitt utviklet for å studere fysiologi, genetikk, og cellebiologi av HSV-1 ventetid, fra animalsk vev. Inntil nå, ble viral genomisk DNA påvist og kvantifisert ved Southern blot og qPCR fra dissosiert TGS. Imidlertid er det for tiden ingen metode tilgjengelig for å detektere HSV-1-genomet ved in situ hybridisering på vevssnitt 8. Følgelig latens rutinemessig vurdert på histologiske snitt gjennom påvisning av LAT RNA av RNA in situ hybridisering fremfor virale genom deteksjon. Fordi det har vært umulig å karakterisere infiserte celler basert på tilstedeværelsen av virale genomer, this teknisk begrensning har vært en stor ulempe for analyse av mange aspekter av den vert-virus vekselvirkninger, slik som forholdet mellom det virale genom og cellulær og viral genekspresjon, eller vertscelle-medierte immunrespons 9,10.

Viktigst, celle-til-celle heterogenitet av latent infeksjon er fortsatt relativt uutforsket og har vist seg å være en viktig funksjon i ventetid hos mus og i menneskelige sensoriske ganglion nevroner implantert i SCID mus 11-17. Vanligvis ble det vist ved qPCR at HSV-1-genomet kopitall pr celle varierer fra 5 til flere hundre. Selv LAT vises som en viktig regulator av ventetid og reaktivering, qPCR data på isolerte nerveceller og i situ PCR viste at bare en undergruppe av latent infiserte nevroner, så lavt som 30%, uttrykker LAT locus 11,12,18-21. Slik vertscellen og den cellulære miljø i vevet virkning på viruset latens anleggetviral genuttrykk er fortsatt uklart. Her beskriver vi en robust fluorescerende in situ hybridisering (FISH) metode for effektiv påvisning av lav-kopi HSV-1 genomisk DNA innen dyre nevrale vev seksjoner. Denne metoden har vært utviklet og brukt av oss til å få tilgang til høy oppløsning mikros bildebehandling som er nødvendig for å studere samspillet av viral genom med vertscellen intra-kjernefysiske komponenter 22. I tillegg beskrives en flerfargemetoden for den samtidige påvisning av virus-DNA med RNA og proteiner, som er et unikt verktøy for å beskrive de virus-verts interaksjoner som regulerer viral genekspresjon. Fremgangsmåten kan også anvendes for en lang rekke analyser som krever påvisning av HSV-1-genomet latent, slik som kvantifisere infiserte nevroner i stort antall seksjoner. Et viktig trinn er å anvende antigen gjenfinning behandling for å gjøre det virale DNA tilgjengelig for hybridisering. Dermed kan denne protokollen også være effektivt å påvisningav andre dsDNA virus, som for øyeblikket ikke oppdages ved konvensjonelle DNA-FISH tilnærminger innenfor animalsk vev.

Protocol

Denne metoden ble anvendt i en studie som tidligere 22 publisert. For generell bakgrunn og beskrivelse av konvensjonell manipulasjon på ISH, IF og FISH, foreslår vi følgende tilgjengelig litteratur 23. En. Animal Infeksjon Alle prosedyrer som involverer forsøksdyr dannet etiske problemstillinger fra Association for Research in Visjon og Ophthalmology (Arvo) Erklæring for bruk av dyr i forskning, og ble godkjent av den lokale Etisk komité…

Representative Results

Etter flere måneder med omfattende testing, oppdaget vi at varmebaserte kjemiske avsløring gjort latent HSV-1 genom tilgjengelig for fluorescerende in situ hybridisering. I løpet av prosessen, prøvde vi ulike avsløre prosedyrer, og bare varme-baserte behandlinger (dvs. varme delene opp til sub-koketemperatur i en mikrobølgeovn) dukket effektiv. Vi testet flere saltbuffere som rutinemessig brukes i immunhistokjemi (IHC) og elektronmikroskopi for å hente epitoper 31,32, inkludert 0,01 M…

Discussion

Den protokoll som er beskrevet her gjør det mulig for påvisning av HSV-1-genomet latent i nevroner i mus neuronal vevssnitt. Forståelsen av banene som regulerer viral genekspresjon har vært begrenset av den manglende metode for å detektere HSV-1 genomisk DNA in situ i neuronale vev. Informasjon om genomet kopi antall og andel av infiserte nevroner kom hovedsakelig fra PCR-analyse på dissosiert nevroner 11,12. I belyse rollen vertscellekjernearkitektur på HSV-1 latency, satt vi til å bestemme …

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Vi takker N. Sawtell (Cincinnati Children Hospital Medical Center, Cincinnati, Ohio, USA), S. Efstathiou (University of Cambridge, UK) og James Hill (LSU Health Sciences Center, New Orleans, USA) for å gi eksempler fra HSV-1 -infiserte mus og kaniner, henholdsvis, og for reagenser, H. Masumoto (Kazusa DNA Research Institute, Chiba, Japan) og S. Khochbin (Institut Albert Bonniot, Grenoble, Frankrike) for nyttige diskusjoner.

Dette arbeidet ble finansiert med tilskudd fra Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) (ATIP program, til PL, http://www.cnrs.fr), den franske National Research Agency (ANR) (ANR-05-MIIM- 008-01, CENTROLAT, http://www.agencenationale-recherche.fr ), den FINOVI Foundation ( http://www.finovi.org/:fr:start ), den LABEX DEVweCAN (ANR-10-LabX-61 ) av Université de Lyon, i programmet "Investissements d'Avenir "(ANR-11-IDEX-0007) drives av ANR ( http://www.agence-nationale-recherche.fr ), l'Association pour la Recherche contre le Cancer (ARC-7979 og ARC- 4910, http://www.arc-cancer.net ), la Ligue Nationale Contre le Cancer (LNCC, http://www.ligue-cancer.net ), og Inca (EPIPRO program, http://www.e -cancer.fr ). FC og PL er CNRS forskere.

Materials

Balb/c mice Janvier, France 6 week-old females
HSV-1 strains SC16 strain (wild type) See Labetoule, M. et al. (2003) Invest Ophthalmol Vis Sci 44: 217–225, for details on HSV-1 strain and virus stock preparation.
Ketamine hydrochloride Sigma K2753 Intraperitoneal injection of a solution containing Ketamine (100mg/kg) and Xylazine (10mg/kg)
Xylazine hydrochloride Sigma X1251
Paraformaldehyde (PFA) Sigma 158127 Suspend 4g of PFA in 90mL of water. Add 50µL of 1N NaOH, and heat at 60°C in a water bath with agitation. PFA dissolves in about 30min. Add 10mL of 10X PBS. This solution can be prepared in advance and stored at -20 °C in 5mL tubes. Caution. Manipulate under a fume hood.
Physiological Saline Sigma 07982-100TAB-F
1X PBS, pH 7.4 (sterile) Life Technologies 10010-015
Sucrose Sigma 84100 Prepare a 20% sucrose solution in 1X PBS.
Cryosectionning embedding medium – Tissue-Tek OCT Compound – SAKURA 4583
Large vector DNA purification kit Qiagen 12462 To purify Cosmid or BAC vector containing HSV-1 genome and store at -20°C
Nick translation kit Roche Applied Sciences 10 976 776 001
Cy3-dCTP GE Healthcare PA53021 Protect from light
0.5M EDTA Sigma E6758
G50 Mini spin column GE Healthcare 27-5330-01
Salmon sperm DNA 10mg/mL Invitrogen / Life Technologies 15632-011
Ethanol molecular biology grade Sigma 87047 Prepare a 70% solution
Salmon sperm DNA Invitrogen / Life Technologies 15632-011
Formamid Molecular biology grade Sigma F9037 Caution. Manipulate under fume hood.
HSV-1 biotinylated commercial probe Enzo Life Sciences ENZ-40838
ImmEdge hydrophobic pen Vector Laboratories H-4000
20X Saline Sodium Citrate (SSC) Sigma S6639 Prepare a 2X SSC solution in ddH20.
Triton X-100 Sigma T8787 Prepare a 10% stock solution in water and store at +4°C. Prepare the 0.5% solution in 1X PBS right before use.
10mM sodium citrate pH 6.0 Sigma S1804 Prepare a 100mM stock solution (10X). Weigh 10,5g of citric acid (MW 210.14. Caution, irritant and toxic, wear appropriate mask and gloves), and dissolve in 400mL water. Adjust pH at 6.0 with 1N NaOH (caution, irritant, wear gloves). Adjust to 500mL with distilled water. Dilute 10 times in distilled water before use.
Acetic Acid Sigma 320099
Methanol, molecular biology grade Sigma 322415
Dextran sulfate – MW 500 000 Euromedex EU0606-A
Denhardt's solution (100X) Euromedex 1020-A
Rubber Cement "FixoGum" Marabut 290110000
DNA purification kit – Qiaquick PCR purification kit – Qiagen 28104
T7 in vitro transcription kit Ambion / Life Technologies AM1314
Biotin-16-UTP Roche Applied Sciences 11388908910
RNA purification mini-column Qiagen 73404
Ribonucleoside Vanadyl Complex New England Biolabs S1402S
H2O2 Sigma H3410 Prepare a 3% solution in distilled water. Store at +4 °C and protect from light.
Yeast tRNA Invitrogen 15401011 prepare a 10mg/mL solution in RNAse free water
Normal Goat Serum Invitrogen PCN5000
Primary antibodies Any supplier The following primary antibodies were used in the result section: anti-mouse CENP-A (rabbit mAb C51A7, Cell Signaling Technologies), and anti-ATRX H-300 (Santa Cruz Biotechnology)
Secondary fluorescent antibodies Invitrogen / Life Technologies The fluorescent secondary antibodies routinely used in our protocol are AlexaFluor labeled goat antibodies (IgG H+L). The antibody used in the result section is an anti-rabbit goat antibody labaled with AlexaFluor 488 (reference A11001)
Tyramide Signal Amplification (TSA) kit – Streptavidin + AlexaFluor 350 (blue fluorescence) Invitrogen / Life Technologies #T20937 TSA kits are also available from Perkin Elmer
Tyramide Signal Amplification (TSA) kit – Streptavidin + AlexaFluor 488 (green fluorescence) Invitrogen / Life Technologies #T20932
Hoechst 33342 Invitrogen / Life Technologies H3570 Prepare a 0.5µg/mL solution in 1X PBS immediatly before use. Discard the remaining solution.
22x50mm coverslip. n°1.5 glass. Electron Microscopy Sciences 72204-04
Mounting medium with anti-fading agent – Vectashield – Vector Laboratories H-1000 Another conventional product is Fluoromount G from electron microscopy Science
Superfrost glass slides FisherScientific 12-550-15
EQUIPMENT
Equipment / material Company Reference Note
Needle for infection Glass micropipette hot drawn. Home made.
Dissection equipement Moria, France Microsurgical scissors and forceps
Peristaltic pump Cole Palmer Instruments Easyload Masterflex
Micro-syringe pump device (Nano Pump) kdScientific KDS310
Cryostat Leica France CM 1510-1
-80 °C freezer Sanyo Ultra Low -80°C
Domestic microwave oven
Dry block heater Eppendorf 022670204
Incubator Slide moat Boekel Scientific 240000
Coplin Jar Dominique Dutscher 68512
Staining glass container Dominique Dutscher 68506
Fluorescent microscope Zeiss The images presented in the result section were collected with a Zeiss AxioObserver with objective x40 LD NeoFluor N.A 0.6, and x100 PlanApochromat N.A 1.3. Filter set #38, #43 and #43. HXP 120 fluorescence light source. Photometrics CoolSNAP HQ2 CCD camera. Signal will be more easily observed on a recent high efficiency microscope such as Zeiss AxioImager/AxioObserver series, Nikon Ti-E/Ni-E series or Leica DM/DMI6000 series

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

  1. Knipe, D. M., Cliffe, A. Chromatin control of herpes simplex virus lytic and latent infection. Nat. Rev. Microbiol. 6 (3), 211-221 (2008).
  2. Bloom, D. C., Giordani, N. V., Kwiatkowski, D. L. Epigenetic regulation of latent HSV-1 gene expression. Biochim. Biophys. Acta. 1799 (3-4), 3-4 (2010).
  3. Stevens, J. G., Wagner, E. K., Devi-Rao, G. B., Cook, M. L., Feldman, L. T. RNA complementary to a herpesvirus alpha gene mRNA is prominent in latently infected neurons. Science. 235 (4792), 1056-1059 (1987).
  4. Zwaagstra, J., Ghiasi, H., Nesburn, A. B., Wechsler, S. L. In vitro promoter activity associated with the latency-associated transcript gene of herpes simplex virus type 1. J. Gen. Virol. 70, 2163-2169 (1989).
  5. Farrell, M. J., Dobson, A. T., Feldman, L. T. Herpes simplex virus latency-associated transcript is a stable intron. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 88 (3), 790-794 (1991).
  6. Umbach, J. L., Kramer, M. F., Jurak, I., Karnowski, H. W., Coen, D. M., Cullen, B. R. MicroRNAs expressed by herpes simplex virus 1 during latent infection regulate viral mRNAs. Nature. 454 (7205), 780-783 (2008).
  7. Jurak, I., Kramer, M. F., et al. Numerous conserved and divergent microRNAs expressed by herpes simplex viruses 1 and 2. J. Virol. 84 (9), 4659-4672 (2010).
  8. Wagner, E. K., Bloom, D. C. Experimental investigation of herpes simplex virus latency. Clin. Microbiol. Rev. 10 (3), 419-443 (1997).
  9. Held, K., Junker, A., et al. Expression of herpes simplex virus 1-encoded microRNAs in human trigeminal ganglia and their relation to local T-cell infiltrates. J. Virol. 85 (19), 9680-9685 (2011).
  10. Held, K., Eiglmeier, I., et al. Clonal expansions of CD8⁺ T cells in latently HSV-1-infected human trigeminal ganglia. J. Neurovirol. 18 (1), 62-68 (2012).
  11. Sawtell, N. M. Comprehensive quantification of herpes simplex virus latency at the single-cell level. J. Virol. 71 (7), 5423-5431 (1997).
  12. Sawtell, N. M., Poon, D. K., Tansky, C. S., Thompson, R. L. The latent herpes simplex virus type 1 genome copy number in individual neurons is virus strain specific and correlates with reactivation. J. Virol. 72 (7), 5343-5350 (1998).
  13. Bertke, A. S., Swanson, S. M., Chen, J., Imai, Y., Kinchington, P. R., Margolis, T. P. A5-positive primary sensory neurons are nonpermissive for productive infection with herpes simplex virus 1 in vitro. J. Virol. 85 (13), 6669-6677 (2011).
  14. Bertke, A. S., Ma, A., Margolis, M. S., Margolis, T. P. Different mechanisms regulate productive herpes simplex virus 1 (HSV-1) and HSV-2 infections in adult trigeminal neurons. J. Virol. 87 (11), 6512-6516 (2013).
  15. Kobayashi, M., Kim, J. Y., et al. A primary neuron culture system for the study of herpes simplex virus latency and reactivation. J. Vis. Exp. (62), (2012).
  16. Kim, J. Y., Mandarino, A., Chao, M. V., Mohr, I., Wilson, A. C. Transient reversal of episome silencing precedes VP16-dependent transcription during reactivation of latent HSV-1 in neurons. PLoS Pathog. 8 (2), (2012).
  17. Zerboni, L., Che, X., Reichelt, M., Qiao, Y., Gu, H., Arvin, A. Herpes simplex virus 1 tropism for human sensory ganglion neurons in the severe combined immunodeficiency mouse model of neuropathogenesis. J. Virol. 87 (5), 2791-2802 (2013).
  18. Mehta, A., Maggioncalda, J., et al. In situ DNA PCR and RNA hybridization detection of herpes simplex virus sequences in trigeminal ganglia of latently infected mice. Virology. 206 (1), 633-640 (1995).
  19. Chen, X. -. P., Mata, M., Kelley, M., Glorioso, J. C., Fink, D. J. The relationship of herpes simplex virus latency associated transcript expression to genome copy number: a quantitative study using laser capture microdissection. J. Neurovirol. 8 (3), 204-210 (2002).
  20. Proenca, J. T., Coleman, H. M., Connor, V., Winton, D. J., Efstathiou, S. A historical analysis of herpes simplex virus promoter activation in vivo reveals distinct populations of latently infected neurones. J. Gen. Virol. 89, 2965-2974 (2008).
  21. Nicoll, M. P., Proença, J. T., Connor, V., Efstathiou, S. Influence of herpes simplex virus 1 latency-associated transcripts on the establishment and maintenance of latency in the ROSA26R reporter mouse model. J. Virol. 86 (16), 8848-8858 (2012).
  22. Catez, F., Picard, C., et al. HSV-1 Genome Subnuclear Positioning and Associations with Host-Cell PML-NBs and Centromeres Regulate LAT Locus Transcription during Latency in Neurons. PLoS Pathog. 8 (8), (2012).
  23. Solovei, I., Grasser, F., Lanctôt, C. FISH on Histological Sections. CSH Protoc. , (2007).
  24. Labetoulle, M., Kucera, P., et al. Neuronal propagation of HSV1 from the oral mucosa to the eye. Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. 41 (9), 2600-2606 (2000).
  25. Labetoulle, M., Maillet, S., Efstathiou, S., Dezelee, S., Frau, E., Lafay, F. HSV1 latency sites after inoculation in the lip: assessment of their localization and connections to the eye. Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. 44 (1), 217-225 (2003).
  26. Maillet, S., Naas, T., et al. Herpes simplex virus type 1 latently infected neurons differentially express latency-associated and ICP0 transcripts. J. Virol. 80 (18), 9310-9321 (2006).
  27. Tanaka, M., Kagawa, H., Yamanashi, Y., Sata, T., Kawaguchi, Y. Construction of an excisable bacterial artificial chromosome containing a full-length infectious clone of herpes simplex virus type 1: viruses reconstituted from the clone exhibit wild-type properties in vitro and in vivo. J. Virol. 77 (2), 1382-1391 (2003).
  28. Gierasch, W. W., Zimmerman, D. L., Ward, S. L., Vanheyningen, T. K., Romine, J. D., Leib, D. A. Construction and characterization of bacterial artificial chromosomes containing HSV-1 strains 17 and KOS. J. Virol. Methods. 135 (2), 197-206 (2006).
  29. Nagel, C. -. H., Döhner, K., et al. Nuclear egress and envelopment of herpes simplex virus capsids analyzed with dual-color fluorescence HSV1(17). J. Virol. 82 (6), 3109-3124 (2008).
  30. Arthur, J., Efstathiou, S., Simmons, A. Intranuclear foci containing low abundance herpes simplex virus latency-associated transcripts visualized by non-isotopic in situ hybridization. J. Gen. Virol. 74, 1363-1370 (1993).
  31. Pileri, S. A., Roncador, G., et al. Antigen retrieval techniques in immunohistochemistry: comparison of different methods. J. Pathol. 183, 116-123 (1997).
  32. Saito, N., Konishi, K., Takeda, H., Kato, M., Sugiyama, T., Asaka, M. Antigen retrieval trial for post-embedding immunoelectron microscopy by heating with several unmasking solutions. J. Histochem. Cytochem. 51 (8), 989-994 (2003).
  33. Ishov, A. M., Maul, G. G. The periphery of nuclear domain 10 (ND10) as site of DNA virus deposition. J. Cell Biol. 134 (4), 815-826 (1996).
  34. Sourvinos, G., Everett, R. D. Visualization of parental HSV-1 genomes and replication compartments in association with ND10 in live infected cells. EMBO J. 21 (18), 4989-4997 (2002).
  35. Everett, R. D., Murray, J., Orr, A., Preston, C. M. Herpes simplex virus type 1 genomes are associated with ND10 nuclear substructures in quiescently infected human fibroblasts. J. Virol. 81 (20), 10991-11004 (2007).
  36. Margolis, T. P., Imai, Y., Yang, L., Vallas, V., Krause, P. R. Herpes simplex virus type 2 (HSV-2) establishes latent infection in a different population of ganglionic neurons than HSV-1: role of latency-associated transcripts. J. Virol. 81 (4), 1872-1878 (2007).
  37. Imai, Y., Apakupakul, K., Krause, P. R., Halford, W. P., Margolis, T. P. Investigation of the mechanism by which herpes simplex virus type 1 LAT sequences modulate preferential establishment of latent infection in mouse trigeminal ganglia. J. Virol. 83 (16), 7873-7882 (2009).
  38. Shi, S. -. R., Shi, Y., Taylor, C. R. Antigen retrieval immunohistochemistry: review and future prospects in research and diagnosis over two decades. J. Histochem. Cytochem. 59 (1), 13-32 (2011).
  39. Lu, X., Triezenberg, S. J. Chromatin assembly on herpes simplex virus genomes during lytic infection. Biochim. Biophys. Acta. 1799 (3-4), 217-222 (2010).
  40. Placek, B. J., Berger, S. L. Chromatin dynamics during herpes simplex virus-1 lytic infection. Biochim. Biophys. Acta. 1799 (3-4), 223-227 (2010).
  41. Eshleman, E., Shahzad, A., Cohrs, R. J. Varicella zoster virus latency. Future Virol. 6 (3), 341-355 (2011).
  42. Paulus, C., Nitzsche, A., Nevels, M. Chromatinisation of herpesvirus genomes. Rev. Med. Virol. 20 (1), 34-50 (2010).
  43. Nitzsche, A., Paulus, C., Nevels, M. Temporal dynamics of cytomegalovirus chromatin assembly in productively infected human cells. J. Virol. 82 (22), 11167-11180 (2008).
  44. Zhou, J., Chau, C. M., et al. Cell cycle regulation of chromatin at an origin of DNA replication. EMBO J. 24 (7), 1406-1417 (2005).
  45. Day, L., Chau, C. M., Nebozhyn, M., Rennekamp, A. J., Showe, M., Lieberman, P. M. Chromatin profiling of Epstein-Barr virus latency control region. J. Virol. 81 (12), 6389-6401 (2007).
  46. Arvey, A., Tempera, I., Lieberman, P. M. Interpreting the Epstein-Barr Virus (EBV) Epigenome Using High-Throughput Data. Viruses. 5 (4), 1042-4254 (2013).
  47. Lu, F., Day, L., Gao, S. -. J., Lieberman, P. M. Acetylation of the latency-associated nuclear antigen regulates repression of Kaposi’s sarcoma-associated herpesvirus lytic transcription. J. Virol. 80 (11), 5273-5282 (2006).
  48. Günther, T., Grundhoff, A. The epigenetic landscape of latent Kaposi sarcoma-associated herpesvirus genomes. PLoS Pathog. 6 (6), (2010).
  49. Toth, Z., Maglinte, D. T., et al. Epigenetic analysis of KSHV latent and lytic genomes. PLoS Pathog. 6 (7), (2010).

Tags

DNA-FISHRNA-FISHImmunofluorescenceHSV-1LatencyGene Expression RegulationSingle Cell Analysis
check_url/51091?article_type=t

Play Video
PDF
DOI
DOWNLOAD MATERIALS LIST
Cite This Article
Catez, F., Rousseau, A., Labetoulle, M., Lomonte, P. Detection of the Genome and Transcripts of a Persistent DNA Virus in Neuronal Tissues by Fluorescent In situ Hybridization Combined with Immunostaining. J. Vis. Exp. (83), e51091, doi:10.3791/51091 (2014).
Download Citation
Reprints and Permissions

View Video

✖

To prove you're not a robot, please enter the text in the image below

CAPTCHA Image
Play CAPTCHA Audio
Refresh Image