Summary

Разработка индивидуально-дерево Базальной модели прироста области с использованием линейного подхода смешанных эффектов

Published: July 03, 2020
doi:

Summary

Модели смешанных эффектов являются гибкими и полезными инструментами для анализа данных с иерархической стохастической структурой в лесном хозяйстве, а также могут быть использованы для существенного повышения эффективности моделей роста лесов. Здесь представлен протокол, который синтезирует информацию, относящуюся к линейным моделям смешанных эффектов.

Abstract

Здесь мы разработали индивидуальную модель 5-летнего базального прироста площади на основе набора данных, включая 21898 деревьев Picea asperata из 779 выборочных участков, расположенных в провинции Синьцзян на северо-западе Китая. Чтобы предотвратить высокую корреляцию между наблюдениями из одного и того же блока выборки, мы разработали модель, используя линейный подход смешанных эффектов со случайным эффектом сюжета для учета стохастической изменчивости. Различные переменные уровня деревьев и стендов, такие как индексы размера деревьев, конкуренции и состояния участка, были включены в качестве фиксированных эффектов для объяснения остаточной изменчивости. Кроме того, гетероскрастичность и автокорреляция были описаны путем введения функций дисперсии и структур автокорреляции. Оптимальная модель линейных смешанных эффектов определялась несколькими подходящими статистическими данными: информационным критерием Акаике, байесовским информационным критерием, вероятностью логаритма и тестом коэффициента вероятности. Результаты показали, что значительными переменными прироста базальной площади отдельных деревьев являются обратная трансформация диаметра на высоте груди, базальная площадь деревьев, больше, чем дерево субъекта, количество деревьев на гектар и высота. Кроме того, ошибки в структуре дисперсии были наиболее успешно смоделированы экспоненциальной функцией, а автокорреляция была значительно исправлена авто регрессивной структурой первого порядка (AR(1)). Производительность линейной модели смешанных эффектов была значительно улучшена по сравнению с моделью с использованием обычной регрессии с наименьшими квадратами.

Introduction

По сравнению с ровным возрастом монокультуры, неравномерного возраста смешанного вида лесопользования с несколькимицелями получил повышенное внимание в последнее время 1,2,3. Прогнозирование различных альтернатив управления необходимо для разработки надежных стратегий лесопользования, особенно для сложных неровных возрастов смешанных видов леса4. Модели роста и урожайности лесов широко используются для прогнозирования развития деревьев или стендов по различнымсхемам управления 5,6,7. Модели роста и урожайности лесов классифицируются на модели индивидуального дерева, модели размерного класса и моделироста 6,7,8. К сожалению, модели класса размеров и модели стендов не подходят для лесов смешанного вида неравномерного возраста, которые требуют более подробного описания для поддержки процесса принятия решений в области лесопользования. По этой причине, индивидуального роста деревьев и урожайности модели получили повышенное внимание в течение последних нескольких десятилетий из-за их способности делать прогнозы для лесных стендов с различными видами композиций, структур истратегий управления 9,10,11.

Обычная регрессия наименее квадратов (OLS) является наиболее часто используемым методом для разработкимоделей роста отдельных деревьев 12,13,14,15. Наборы данных для моделей роста отдельных деревьев, собранные неоднократно в течение фиксированного периода времени на одной и той же единице выборки (т.е. образец участка или дерева) имеют иерархическую стохастичную структуру, с отсутствием независимости и высокой пространственной и временнойкорреляцией между наблюдениями 10,16. Иерархическая стохастическая структура нарушает фундаментальные предположения регрессии OLS: а именно независимые остатки и обычно распределенные данные с равными отклонениями. Таким образом, использование регрессии OLS неизбежно приводит к необъективным оценкам стандартной погрешности оценок параметровдля этих данных 13,14.

Модели смешанных эффектов обеспечивают мощный инструмент для анализа данных со сложными структурами, такими как данные повторных мер, продольные данные и многоуровневые данные. Модели смешанных эффектов состоят как из фиксированных компонентов, общих для полной популяции, так и из случайных компонентов, характерных для каждого уровня выборки. Кроме того, модели смешанных эффектов учитывают гетероседактичность и автокорреляцию в пространстве и времени, определяя не диагональную дисперсию-ковариациюструктуры матриц 17,18,19. По этой причине, смешанные эффекты модели широко используются в лесном хозяйстве, таких как в диаметревысоты модели 20,21,коронные модели 22,23, самоубавки модели24,25, и рост модели26,27.

В этой связи основная цель заключалась в разработке модели прироста базальных областей отдельных деревьев с использованием линейного подхода к смешанным эффектам. Мы надеемся, что подход, связанный со смешанными последствиями, может быть широко применен.

Protocol

1. Подготовка данных Подготовь данные моделирования, которые включают информацию об индивидуальном дереве (виды и диаметр на высоте груди 1,3 м) и информацию о участке (склон, аспект и высота). В этом исследовании данные были получены с 8-го (2009) и 9-го (2014) Китайского национального лесно…

Representative Results

Базовая модель прироста базальной области для P. asperata была выражена как Equation (7). Оценки параметров, соответствующие стандартные ошибки и статистика отсутствия соответствия показаны в таблице 2. Остаточный участок показан на рисунке 1. Наблюдалась выраженная гетер…

Discussion

Важнейшим вопросом для разработки моделей смешанных эффектов является определение параметров, которые можно рассматривать как случайные эффекты, а какие следует рассматривать какфиксированные эффекты 34,35. Были предложены два метода. Наиболее распрост…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Это исследование финансировалось Фондами фундаментальных исследований для центральных университетов, грант no 2019GJ’L04. Мы благодарим профессора Вайшенга Цзэна из Академии лесных запасов и планирования, Национального управления лесного хозяйства и лугов, Китай, за предоставление доступа к данным.

Materials

Computer acer
Microsoft Office 2013
R x64 3.5.1

References

  1. Meng, J., Lu, Y., Ji, Z. Transformation of a Degraded Pinus massoniana Plantation into a Mixed-Species Irregular Forest: Impacts on Stand Structure and Growth in Southern China. Forests. 5 (12), 3199-3221 (2014).
  2. Sharma, A., Bohn, K., Jose, S., Cropper, W. P. Converting even-aged plantations to uneven-aged stand conditions: A simulation analysis of silvicultural regimes with slash pine (Pinus elliottii Engelm). Forest Science. 60 (5), 893-906 (2014).
  3. Zhu, J., et al. Feasibility of implementing thinning in even-aged Larix olgensis plantations to develop uneven-aged larch–broadleaved mixed forests. Journal of Forest Research. 15 (1), 71-80 (2010).
  4. Leites, L. P., Robinson, A. P., Crookston, N. L. Accuracy and equivalence testing of crown ratio models and assessment of their impact on diameter growth and basal area increment predictions of two variants of the Forest Vegetation Simulator. Canadian Journal of Forest Research. 39 (3), 655-665 (2009).
  5. Pretzsch, H. . Forest Dynamics, Growth and Yield. , (2009).
  6. Weiskittel, A. R., et al. Forest growth and yield modeling. Forest Growth & Yield Modeling. 7 (2), 223-233 (2002).
  7. Burkhart, H. E., Tomé, M. . Modeling Forest Trees and Stands. , (2012).
  8. Zhang, X. Chinese Academy Of Forestry. A linkage among whole-stand model, individual-tree model and diameter-distribution model. Journal of Forest Science. 56 (56), 600-608 (2010).
  9. Peng, C. Growth and yield models for uneven-aged stands: past, present and future. Forest Ecology & Management. 132 (2), 259-279 (2000).
  10. Lhotka, J. M., Loewenstein, E. F. An individual-tree diameter growth model for managed uneven-aged oak-shortleaf pine stands in the Ozark Highlands of Missouri, USA. Forest Ecology & Management. 261 (3), 770-778 (2011).
  11. Porté, A., Bartelink, H. H. Modelling mixed forest growth: a review of models for forest management. Ecological Modelling. 150 (1), 141-188 (2002).
  12. Moses, L. E., Gale, L. C., Altmann, J. Methods for analysis of unbalanced, longitudinal, growth data. American Journal of Primatology. 28 (1), 49-59 (2010).
  13. Biging, G. S. Improved Estimates of Site Index Curves Using a Varying-Parameter Model. Forest Science. 31 (31), 248-259 (1985).
  14. Kowalchuk, R. K., Keselman, H. J. Mixed-model pairwise multiple comparisons of repeated measures means. Psychological Methods. 6 (3), 282-296 (2001).
  15. Hayes, A. F., Cai, L. Using heteroskedasticity-consistent standard error estimators in OLS regression: An introduction and software implementation. Behavior Research Methods. 39 (4), 709-722 (2007).
  16. Gutzwiller, K. J., Riffell, S. K. . Using Statistical Models to Study Temporal Dynamics of Animal-Landscape Relations. , (2007).
  17. Calama, R., Montero, G. . Multilevel linear mixed model for tree diameter increment in stone pine (Pinus pinea): a calibrating approach. 39, (2005).
  18. Vonesh, E. F., Chinchilli, V. M. Linear and nonlinear models for the analysis of repeated measurements. Journal of Biopharmaceutical Statistics. 18 (4), 595-610 (1996).
  19. Zobel, J. M., Ek, A. R., Burk, T. E. Comparison of Forest Inventory and Analysis surveys, basal area models, and fitting methods for the aspen forest type in Minnesota. Forest Ecology & Management. 262 (2), 188-194 (2011).
  20. Sharma, M., Parton, J. Height-diameter equations for boreal tree species in Ontario using a mixed-effects modeling approach. Forest Ecology & Management. 249 (3), 187-198 (2007).
  21. Crecente-Campo, F., Tomé, M., Soares, P., Diéguez-Aranda, U. A generalized nonlinear mixed-effects height–diameter model for Eucalyptus globulus L. in northwestern Spain. Forest Ecology & Management. 259 (5), 943-952 (2010).
  22. Fu, L., Sharma, R. P., Hao, K., Tang, S. A generalized interregional nonlinear mixed-effects crown width model for Prince Rupprecht larch in northern China. Forest Ecology & Management. 389 (2017), 364-373 (2017).
  23. Hao, X., Yujun, S., Xinjie, W., Jin, W., Yao, F. Linear mixed-effects models to describe individual tree crown width for China-fir in Fujian Province, southeast China. Plos One. 10 (4), 0122257 (2015).
  24. Vanderschaaf, C. L., Burkhart, H. E. Comparing methods to estimate Reineke’s Maximum Size-Density Relationship species boundary line slope. Forest Science. 53 (3), 435-442 (2007).
  25. Zhang, L., Bi, H., Gove, J. H., Heath, L. S. A comparison of alternative methods for estimating the self-thinning boundary line. Canadian Journal of Forest Research. 35 (6), 1507-1514 (2005).
  26. Hart, D. R., Chute, A. S. Estimating von Bertalanffy growth parameters from growth increment data using a linear mixed-effects model, with an application to the sea scallop Placopecten magellanicus. Ices Journal of Marine Science. 66 (9), 2165-2175 (2009).
  27. Uzoh, F. C. C., Oliver, W. W. Individual tree diameter increment model for managed even-aged stands of ponderosa pine throughout the western United States using a multilevel linear mixed effects model. Forest Ecology & Management. 256 (3), 438-445 (2008).
  28. Condés, S., Sterba, H. Comparing an individual tree growth model for Pinus halepensis Mill. in the Spanish region of Murcia with yield tables gained from the same area. European Journal of Forest Research. 127 (3), 253-261 (2008).
  29. Pokharel, B., Dech, J. P. Mixed-effects basal area increment models for tree species in the boreal forest of Ontario, Canada using an ecological land classification approach to incorporate site effects. Forestry. 85 (2), 255-270 (2012).
  30. Wykoff, W. R. A basal area increment model for individual conifers in the northern Rocky Mountains. Forest Science. 36 (4), 1077-1104 (1990).
  31. Stage, A. R. Notes: An Expression for the Effect of Aspect, Slope, and Habitat Type on Tree Growth. Forest Science. 22 (4), 457-460 (1976).
  32. Gregorie, T. G. Generalized Error Structure for Forestry Yield Models. Forest Science. 33 (2), 423-444 (1987).
  33. Zhao, L., Li, C., Tang, S. Individual-tree diameter growth model for fir plantations based on multi-level linear mixed effects models across southeast China. Journal of Forest Research. 18 (4), 305-315 (2013).
  34. Hall, D. B., Bailey, R. L. Modeling and Prediction of Forest Growth Variables Based on Multilevel Nonlinear Mixed Models. Forest Science. 47 (3), 311-321 (2001).
  35. Yang, Y., Huang, S., Meng, S. X., Trincado, G., Vanderschaaf, C. L. A multilevel individual tree basal area increment model for aspen in boreal mixedwood stands : Journal canadien de la recherche forestière. Revue Canadienne De Recherche Forestière. 39 (39), 2203-2214 (2009).
  36. Pinheiro, J. C., Bates, D. M. Mixed-effects models in S and S-Plus. Publications of the American Statistical Association. 96 (455), 1135-1136 (2000).
check_url/60827?article_type=t

Play Video

Cite This Article
Wang, W., Bai, Y., Jiang, C., Meng, J. Development of an Individual-Tree Basal Area Increment Model using a Linear Mixed-Effects Approach. J. Vis. Exp. (161), e60827, doi:10.3791/60827 (2020).

View Video