Микроглия и инфильтрирующие центральную нервную систему (ЦНС) макрофаги, называемые мононуклеарными фагоцитами ЦНС (ЦНС-МП), играют центральную роль при неврологических заболеваниях, включая нейродегенерацию и инсульт. ЦНС-МП участвуют в фагоцитарном клиренсе патологических белков, мусора и нейрональных синапсов, каждый из которых имеет различные молекулярные пути. Характеристика этих фагоцитарных свойств может обеспечить функциональное считывание, которое дополняет молекулярное профилирование микроглии с использованием традиционных подходов проточной цитометрии, транскриптомики и протеомики. Фагоцитарное профилирование микроглии основывалось на микроскопической визуализации и культурах in vitro неонатальной микроглии мышей. Первый подход страдает от ограниченной выборки, в то время как второй подход по своей сути плохо отражает истинное состояние in vivo взрослых ЦНС-МП. В данной работе описаны оптимизированные протоколы фенотипа фагоцитарных свойств остро изолированных ЦНС-МП мышей методом проточной цитометрии. ЦНС-МП остро выделяют из мозга взрослой мыши с помощью механической диссоциации с последующей центрифугированием градиента плотности, инкубируют с флуоресцентными микросферами или флуоресцентными Aβ-фибриллами, промывают и затем мечут панелями антител против поверхностных маркеров (CD11b, CD45). Используя этот подход, можно сравнить фагоцитарные свойства резидентной микроглии головного мозга с макрофагами, инфильтрирующими ЦНС, а затем оценить влияние старения и патологии заболевания на эти фагоцитарные фенотипы. Этот быстрый метод также обладает потенциалом для функционального фенотипирования остро изолированных ЦНС-МП человека из посмертных или хирургических образцов мозга. Кроме того, специфические механизмы фагоцитоза субпопуляциями ЦНС-МП могут быть исследованы путем ингибирования отдельных фагоцитарных путей.