बायोमॉलिक्यूलर मॉडलिंग में एक महत्वपूर्ण कौशल प्रोटीन में सक्रिय साइटों को प्रदर्शित और एनोटेट कर रहा है। इस तकनीक को मैक्रोमोलिकुलर विज़ुअलाइज़ेशन के लिए चार लोकप्रिय मुफ्त कार्यक्रमों का उपयोग करके प्रदर्शित किया जाता है: iCn3D, Jmol, PyMOL, और UCSF ChimeraX।