Summary

Filamentöz Cyanobacterium Phormidium lacuna'nın Doğal Transformasyonu, Protein İfadesi ve Kriyokorunumu

Published: February 01, 2022
doi:

Summary

Phormidium lacuna , deniz kaya havuzlarından izole edilmiş filamentli bir siyanobakteridir. Bu makalede filamentlerin doğal kaynaklardan izolasyonu, DNA ekstraksiyonu, genom dizilimi, doğal transformasyon, sfGFP ekspresyonu, kriyokonservasyon ve motiliteye yöntemleri anlatılmaktadır.

Abstract

Siyanobakteriler, güneş enerjisinin biyokütle üretimi için kullanıldığı temel araştırma ve biyoteknolojik projelerin odak noktasıdır. Phormidium lacuna, yeni izole edilmiş bir filamentli siyanobakteridir. Bu makalede, yeni filamentli siyanobakterilerin deniz kaya havuzlarından nasıl izole edilebileceği açıklanmaktadır. Ayrıca DNA’nın filamentlerden nasıl çıkarılabileceğini ve genomların nasıl sıralanabileceğini de açıklar. Birçok tek hücreli tür için transformasyon kurulmuş olmasına rağmen, filamentli siyanobakteriler için daha az sıklıkla bildirilmektedir. P. lacuna’nın doğal dönüşümü için basitleştirilmiş bir yöntem burada açıklanmaktadır. P. lacuna, doğal dönüşümün kurulduğu Oscillatoriales düzeninin tek üyesidir. Bu makale aynı zamanda süper klasör yeşil floresan proteinini (sfGFP) eksprese etmek için doğal dönüşümün nasıl kullanıldığını göstermektedir. Endojen bir cpcB promotörü, Synechocystis sp. PCC6803’ten cpc560, A2813 veya psbA2 promotörlerinden yaklaşık 5 kat daha güçlü ekspresyonu indükledi. Ayrıca, P. lacuna ve Synechocystis sp.CPP 6803’ün kriyoprezervasyonu için bir yöntem oluşturulmuş ve sıvı bir ortamda ve agar ve plastik yüzeylerde hareketliliği değerlendirmek için yöntemler tanımlanmıştır.

Introduction

Siyanobakteriler, fotosentezi bir enerji kaynağı olarak kullanan prokaryotik organizmalardır 1,2. Araştırmalar giderek siyanobakteriyel türlere odaklanmaktadır. Birkaç siyanobakteri DNA3 ile dönüştürülebilir. Genler bu türlerde nakavt edilebilir veya aşırı eksprese edilebilir. Bununla birlikte, dönüşüm birkaç türle sınırlıdır 4,5,6,7,8,9,10,11 ve kültür koleksiyonlarından veya vahşi 8’den gelen suşlarda dönüşüm sağlamak zor olabilir. Filamentli Phormidium lacuna türlerinin suşları (Şekil 1), tuz konsantrasyonları veya sıcaklık gibi çevresel koşulların zamanla dalgalandığı deniz kaya havuzlarından izole edilmiştir. Bu filamentli siyanobakteriler, ait oldukları Oscillatoriales12 sırası için model organizmalar olarak kullanılabilir.

Elektroporasyon ile gen transferini test eden denemeler sırasında 13,14 P. lacuna’nın doğal dönüşüm ile dönüştürülebileceği bulunmuştur 15. Bu süreçte, DNA bazı hücreler tarafından doğal olarak alınır. Diğer dönüşüm yöntemleriyle karşılaştırıldığında16,17, doğal dönüşüm, prosedürü karmaşıklaştırabilecek ek araçlara ihtiyaç duymama avantajına sahiptir. Örneğin, elektroporasyon uygun küvetler, sağlam teller ve uygun voltajın seçilmesini gerektirir. P. lacuna şu anda doğal dönüşüme duyarlı tek Oscillatoriales üyesidir. Orijinal protokol elektroporasyon protokollerine dayandığından, yine de gereksiz olabilecek birkaç yıkama adımı içeriyordu. Protokolü basitleştirmek için farklı yaklaşımlar test edildi ve burada sunulan dönüşüm protokolüne yol açtı.

Genom dizisi, gen nakavtına veya aşırı ekspresyonuna dayanan daha ileri moleküler çalışmalar için gereklidir. Genom dizileri yeni nesil dizileme makineleri ile kısa süreler içinde elde edilebilse de, DNA’nın çıkarılması zor olabilir ve türlere bağlıdır. P. lacuna ile çeşitli protokoller test edildi. Modifiye edilmiş bir setil trimetil amonyum bromür (CTAB) bazlı yöntem oluşturuldu ve bu da DNA’nın kabul edilebilir saflığı ve laboratuvarda devam eden çalışmalar için her saflaştırma döngüsünün DNA verimi ile sonuçlandı. Beş suşun genomu bu protokolle dizilenebilir. Bir sonraki mantıksal dönüşüm adımı, P. lacuna’da protein ekspresyonu oluşturmaktı.

Bu protokolde belirteç protein olarak kullanılan sfGFP, herhangi bir floresan mikroskobu ile tespit edilebilir. Test edilen tüm promotörler P. lacuna sfGFP ekspresyonu için kullanılabilir. Dönüşümden kaynaklanan suşların sayısının artması, kültürlerin depolanması için bir yönteme ihtiyaç duyulmasına neden olmuştur. Bu tür yöntemler Escherichia coli ve diğer birçok bakteri için kurulmuştur18. Standart protokollerde, gliserol kültürleri hazırlanır, sıvı azot içinde aktarılır ve -80 ° C’de depolanır. Bu yöntem sadece birkaç adım gerektirir ve kurulduğu türler için oldukça güvenilirdir. Standart protokol P. lacuna için uygun değildi, çünkü canlı hücreler her durumda kurtarılamadı. Bununla birlikte, gliserol çözüldükten sonra çıkarıldığında, tüm denemelerin hücreleri hayatta kaldı. Tip IV pili veya fotoreseptörlerin rolünü araştırmak için nakavt mutagenezi ile birleştirilebilen P. lacuna’nın hareketliliğinin analizi için basit yöntemler sunulmaktadır. Bu tahliller, tek hücreli siyanobakteriler 19,20,21’inkilerden farklıdır ve diğer Osilatoryalar için de yararlı olabilir.

Protocol

1. Doğal çevreden izolasyon NOT: Yeşil algler, diatomlar, filamentli siyanobakteriler ve diğer mikroalgler izole edilebilir. Protokol, laboratuvar koşullarında yetişen kaya havuzlarından herhangi bir mikroalg türü için kullanılabilir. Oscillatoriales’e ait filamentli siyanobakteriler, hareketleri ve filamentli şekilleri ile kolayca tanınabilir. Türler, genom dizilimi veya 16S rRNA dizilimi ile yarı saf bir durumda tanımlanabilir. Sıvı deniz suyu ö…

Representative Results

Yukarıda belirtilen yöntemler izlenerek 5 farklı P. lacuna suşu kaya havuzlarından izole edilmiş ve sıralanmıştır (Şekil 1 ve Tablo 1). P. lacuna HE10JO hariç tüm kültürler ~ 1 yıllık alt kültürlemeden sonra sterildi. Bu suş hala bir deniz bakterisi olan Marivirga atlantica ile kirlenmiştir. Sonraki Helgoland gezileri sırasında, diğer filamentli siyanobakteriler, P. lacuna’dan farklı olan ve karakterize edilmesi ge…

Discussion

Kültür koleksiyonlarından birçok siyanobakteri suşu mevcut olmasına rağmen 32,33,34,35,36, vahşi doğadan yeni siyanobakterilere hala talep vardır, çünkü bu türler belirli özelliklere uyarlanmıştır. P. lacuna kaya havuzlarından toplandı ve tuz konsantrasyonlarının ve sıcaklığın30 varyasyonlarına uyarla…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Çalışma Karlsruher Teknoloji Enstitüsü tarafından desteklendi.

Materials

Autoclave 3870 ELV Tuttnauer 3870 ELV
Bacto Agar OttoNorwald 214010
BG-11 Freshwater Solution Sigma Aldrich C3061
BG-11 medium Merck 73816-250ML
Boric acid Merck 10043-35-3 H3BO3
Calcium chloride dihydrate Carl Roth 10035-04-8 CaCl2 · 2 H2O
Cell culture flasks Cellstar with filter screw cap, sterile, 250 mL Greiner 658190
Cell culture flasks Cellstar with filter screw cap, sterile, 50 mL Greiner 601975
Centrifuge LYNX 4000 Thermo Scientific 75006580 and rotor
Centrifuge microstar 17 VWR International N/A for up to 13,000 rpm
Cetyltrimethylammonium Bromide (CTAB) PanReac AppliChem 57-09-0 C19H42BrN
Chloroform : Isoamyl Alcohol 24 : 1 PanReac AppliChem
A1935
Cobalt(II) chloride hexahydrate Merck 7791-13-1 CoCl2 · 6 H2O
Copper(II) sulphate pentahydrate Merck 7758-99-8  CuSO4 · 5 H2O
D(+)-Biotin Carl Roth 58-85-5  C10H16N2O3S
DNA ladder 1 kb New England Biolabs N3232
DNA ladder 100 bp New England Biolabs N3231
Electrical pipetting help accujet-pro S Brand GmbH 26360 for pipetting 1-25 mL
Ethanol VWR 64-17-5 C2H6O
Ethylenediamine tetraacetic acid disodium salt dihydrate Carl Roth 6381-92-6 EDTA-Na2 · 2 H2O
Fluorescence microscope ApoTome Zeiss
Fluorescence microscope Axio Imager 2 Zeiss
French Pressure Cell Press American Instrument Company N/A
Gel documation System Saffe Image Invitrogen
Gelelctrophoresis system Mupid-One/-exu ADVANCED
Glassware, different
Glycerol Carl Roth 56-81-5 C3H8O3
Iron(III) chloride hexahydrate Merck 10025-77-1  FeCl3 · 6 H2O
Kanamycin Sigma-Aldrich 25389-94-0
Kanamycin sulphate Carl Roth 25389-94-0 C18H36N4O11 · H2SO4
Lauroylsarcosine, Sodium Salt (Sarcosyl) Sigma Aldrich 137-16-6 C15H28NO3 · Na
LB Broth (Lennox) Carl Roth X964.4
Light source, fluorescent tube L18W/954 daylight OSRAM cultivation of cyanobacteria
Light source, LED panel XL 6500K 140 W Bloom Star N/A cultivation of cyanobacteria, up to 1,000 µmol m-2 s-1
Magnesium chloride hexahydrate Carl Roth 7791-18-6 MgCl2 · 6 H2O
Manganese(II) chloride tetrahydrate Serva 13446-34-9 MnCl2 · 4 H2O
Microscope DM750 Zeiss
Midi prep plasmid extraction kit NucleoBond Xtra Midi kit Macherey-NAGEL GmbH & Co. KG REF740410.50
Minicomputer Raspberry Pi 4 + Conrad Electronics 2138863-YD for time-lapse recording
Ocular camera EC3 Leica for continuous recording up to 30 s
Ocular camera MikrOkular Full HD Bresser for time-lapse recordings, coupled to Raspberry Pi minicomputer
Petri dishes polystyrole, 100 mm x 20 mm Merck P5606-400EA
Petri dishes polystyrole, 60 mm x 15 mm Merck P5481-500EA
Photometer Nanodrop ND-1000 Peqlab Biotechnologie
Photometer Uvikon XS Goebel Instrumentelle Analytik GmbH
Pipetman 100-1,000 µL Gilson SKU: FA10006M
Pipetman 10-100 µL Gilson SKU: FA10004M
Plastic pipettes 10 mL, sterile Greiner 607107
Plastic tube, sterile, 15 mL Greiner 188271
Plastic tube, sterile, 50 mL Greiner 227261
Potassium bromide Carl Roth 7758-02-3 KBr
Potassium chloride Carl Roth 7447-40-7 KCl
Power supply Statron 3252-1 Statron Gerätetechnik GmbH
Power supply Voltcraft PPS 16005 Conrad Electronics for LED
Proteinase K Promega MC500C from Maxwell 16 miRNA Tissue Kit AS1470
Q5 polymerase New England Biolabs M0491S
Sequencing kit NextSeq 500/550 v2.5 Illumina
Sequencing system NextSeq 550 SY-415-1002 Illumina
Shaker Unimax 2010 Heidolph Instruments for cultivation
Sodium acetate Carl Roth 127-09-3 NaCH3COO
Sodium chloride Carl Roth 7647-14-5 NaCl
Sodium dihydrogen phosphate monohydrate Carl Roth 10049-21-5 NaH2PO4 · H2O
Sodium fluoride Carl Roth 7681-49-4 NaF
Sodium hydrogen carbonate Carl Roth 144-55-8 NaHCO3
Sodium molybdate dihydrate Serva 10102-40-6 Na2MoO4 · 2 H2O
Sodium nitrate Merck 7631-99-4 NaNO3
Sodium sulphate Carl Roth 7757-82-6 Na2SO4
Strontium chloride hexahydrate Carl Roth 10025-70-4 SrCl2 · 6 H2O
Thiamine hydrochloride Merck 67-03-8 C12H17ClN4OS · HCl
TRIS Carl Roth 77-86-1 C4H11NO3
Ultrasonic device UP100H with sonotrode MS3 Hielscher Ultrasound Technology UP100H
Ultraturrax Silent Crusher M Heidolph Instruments homogenizer
Urea Carl Roth 57-13-6 CH4N2O
Vitamin B12 Sigma 68-19-9 C63H88CoN14O14P
Vitamin solution 0.3 µM thiamin-HCl, 2.1 nM biotin, 0.37 nM cyanocobalamin
Water Stills, Water treatment VEOLIA water technologies ELGA_21001
Zinc sulphate heptahydrate Sigma 7446-20-0 ZnSO4 · 7 H2O
software, URL
gatb-minia program for DNA assembly https://github.com/GATB/gatb-minia-pipeline makes large scaffolds from short DNA reads, Linux based
ImageJ software for immage processing (pixel intensities, circle diameter)
RAST annotation server https://rast.nmpdr.org input: genome DNA sequence, detects open reading frames, lists protein sequences and their functions
Culture media
Artificial seawater 0.41 M NaCl , 53 mM MgCl2,28 mM Na2SO4, 10 mM CaCl2 , 9 mM  KCl , 2.4 mM NaHCO3 ,0.84 mM KBr, 0.49 mM H3BO3, 90 µM SrCl2, 72 µM NaF
f/2 -liquid medium artificial seawater, 0.1 % (v/v) trace element solution, 0.05 % (v/v) vitamin solution, 0.88 mM NaNO3, 36 µM NaH2PO4 
f/2+ liquid medium f/2-medium, with 10 times increased NaNO3 and NaH2PO4 (0.88 mM NaNO3, 36 µM NaH2PO4
f/2+-agar 3 % (w/v) bacto agar, artificial seawater, 0.1 % (v/v) trace element solution, 0.05 % (v/v) vitamin solution ,8.8 mM NaNO3, 0.36 mM NaH2PO4
f/2-agar 3 % (w/v) bacto agar, artificial seawater, 0.1 % (v/v) trace element solution, 0.05 % (v/v) vitamin solution ,0.88 mM NaNO3, 36 µM NaH2PO4
Trace element solution 0.36 mM NaH2PO4, 12 µM Na2EDTA, 39 nM CuSO4, 26 nM Na2MoO4 , 77 nM ZnSO4, 42 nM CoCl2, 0.91 µM MnCl2
Vitamin solution 0.3 µM thiamin-HCl, 2.1 nM biotin, 0.37 nM cyanocobalamin

References

  1. Brasil, B., de Siqueira, F. G., Salum, T. F. C., Zanette, C. M., Spier, M. R. Microalgae and cyanobacteria as enzyme biofactories. Algal Research-Biomass Biofuels and Bioproducts. 25, 76-89 (2017).
  2. Gundolf, R., Oberleitner, S., Richter, J. Evaluation of New Genetic Toolkits and Their Role for Ethanol Production in Cyanobacteria. Energies. 12 (18), 3515 (2019).
  3. Wendt, K. E., Pakrasi, H. B. Genomics approaches to deciphering natural transformation in cyanobacteria. Frontiers in Microbiology. 10, 1259 (2019).
  4. Tandeau de Marsac, N., et al. A new approach for molecular cloning in cyanobacteria: cloning of an Anacystis nidulans met gene using a Tn901-induced mutant. Gene. 20 (1), 111-119 (1982).
  5. Porter, R. D. Transformation in cyanobacteria. Critical Reviews in Microbiology. 13 (2), 111-132 (1986).
  6. Joset, F. Transformation in Synechocystis PCC 6714 and 6803: preparation of chromosomal DNA. Methods in Enzymology. 167, 712-714 (1988).
  7. Tsinoremas, N. F., Kutach, A. K., Strayer, C. A., Golden, S. S. Efficient gene transfer in Synechococcus sp strains PCC-7942 and PCC-6301 by interspecies conjugation and chromosomal recombination. Journal of Bacteriology. 176 (21), 6764-6768 (1994).
  8. Matsunaga, T., Takeyama, H. Genetic engineering in marine cyanobacteria. Journal of Applied Phycology. 7 (1), 77-84 (1995).
  9. Frigaard, N. U., Sakuragi, Y., Bryant, D. A. Gene inactivation in the cyanobacterium Synechococcus sp. PCC 7002 and the green sulfur bacterium Chlorobium tepidum using in vitro-made DNA constructs and natural transformation. Methods in Molecular Biology. 274, 325-340 (2004).
  10. Iwai, M., Katoh, H., Katayama, M., Ikeuchi, M. Improved genetic transformation of the thermophilic cyanobacterium, Thermosynechococcus elongatus BP-1. Plant and Cell Physiology. 45 (2), 171-175 (2004).
  11. Vioque, A., Leon, R., Galvan, A., Fernandez, E. Transformation of cyanobacteria. Transgenic Microalgae as Green Cell. , 12-22 (2007).
  12. Nies, F., Mielke, M., Pochert, J., Lamparter, T. Natural transformation of the filamentous cyanobacterium Phormidium lacuna. Plos One. 15 (6), 0234440 (2020).
  13. Ravindran, C. R. M., Suguna, S., Shanmugasundaram, S. Electroporation as a tool to transfer the plasmid pRL489 in Oscillatoria MKU 277. Journal of Microbiological Methods. 66 (1), 174-176 (2006).
  14. El Semary, N. A. Optimized electroporation-induced transformation in Microcystis aeruginosa PCC7806. Biotechnologie Agronomie Societe et Environnement. 14 (1), 149-152 (2010).
  15. Nies, F., Mielke, M., Pochert, J., Lamparter, T. Natural transformation of the filamentous cyanobacterium Phormidium lacuna. PLoS One. 15 (6), 0234440 (2020).
  16. Sode, K., Tatara, M., Takeyama, H., Burgess, J. G., Matsunaga, T. Conjugative gene-transfer in marine cyanobacteria – Synechococcus Sp, Synechocystis Sp and Pseudanabaena Sp. Applied Microbiology and Biotechnology. 37 (3), 369-373 (1992).
  17. Stucken, K., Ilhan, J., Roettger, M., Dagan, T., Martin, W. F. Transformation and conjugal transfer of foreign gGenes into the filamentous multicellular cyanobacteria (Subsection V) Fischerella and Chlorogloeopsis. Current Microbiology. 65 (5), 552-560 (2012).
  18. Bellali, S., Khalil, J. B., Fontanini, A., Raoult, D., Lagier, J. C. A new protectant medium preserving bacterial viability after freeze drying. Microbiological Research. 236, 126454 (2020).
  19. Wallner, T., Pedroza, L., Voigt, K., Kaever, V., Wilde, A. The cyanobacterial phytochrome 2 regulates the expression of motility-related genes through the second messenger cyclic di-GMP. Photochemical & Photobiological Sciences. 19 (5), 631-643 (2020).
  20. Wilde, A., Fiedler, B., Borner, T. The cyanobacterial phytochrome Cph2 inhibits phototaxis towards blue light. Molecular Microbiology. 44 (4), 981-988 (2002).
  21. Bhaya, D., Takahashi, A., Grossman, A. R. Light regulation of type IV pilus-dependent motility by chemosensor-like elements in Synechocystis PCC6803. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 98 (13), 7540-7545 (2001).
  22. Guillard, R. R., Ryther, J. H. Studies of marine planktonic diatoms. I. Cyclotella nana Hustedt, and Detonula confervacea (cleve) Gran. Canadian Journal of Microbiology. 8, 229-239 (1962).
  23. Kester, D. R., Duedall, I. W., Connors, D. N., Pytkowicz, R. M. Preparation of artificial seawater. Limnology and Oceanography. 12 (1), 176-179 (1967).
  24. Sambrook, J., Russell, D. W. . Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 3rd edition. , (2001).
  25. Cold Spring Harbor Protocols. CTAB DNA extraction buffer. Cold Spring Harbor Protocols. 2009 (3), (2009).
  26. Singh, S. P., Rastogi, R. P., Häder, D. -. P., Sinha, R. P. An improved method for genomic DNA extraction from cyanobacteria. World Journal of Microbiology & Biotechnology. 27, 1225-1230 (2011).
  27. French, C. S., Milner, H. W. Disintegration of bacteria and small particles by high-pressure extrusion. Methods in Enzymology. 1, 64-67 (1955).
  28. Sambrook, J., Fritsch, E. F., Maniatis, T. . Molecular cloning, a laboratory manual. 2nd ed. , (1989).
  29. Lamparter, T., et al. The involvement of type IV pili and phytochrome in gliding motility, lateral motility and phototaxis of the cyanobacterium Phormidium lacuna. bioRxiv. , (2021).
  30. Nies, F., et al. Characterization of Phormidium lacuna strains from the North Sea and the Mediterranean Sea for biotechnological applications. Process Biochemistry. 59, 194-206 (2017).
  31. Kachel, B., Mack, M. Engineering of Synechococcus sp. strain PCC 7002 for the photoautotrophic production of light-sensitive riboflavin (vitamin B2). Metabolic Engineering. 62, 275-286 (2020).
  32. Lukavsky, J., Cepak, V., Komarek, J., Kasparkova, M., Takacova, M. Catalogue of algal and cyanobacterial strains of culture collection of autotrophic organisms at Trebon. Algological Studies. 63, 59-112 (1992).
  33. Philbrick, J. B., Diner, B. A., Zilinskas, B. A. Construction and characterization of cyanobacterial mutants lacking the manganese-stabilizing polypeptide of photosystem-ii. Journal of Biological Chemistry. 266 (20), 13370-13376 (1991).
  34. Pinevich, A. V., Veprritskii, A. A., Gromov, B. V., Krautvald, K., Titova, N. N. Cellular and cultural properties and characterization of the pigment in Nostoc sp, a cyanobacterium unusually rich in c-phycoerythrin. Microbiology. 63 (5), 481-485 (1994).
  35. Schlosser, U. G., Friedl, T. Additions to the culture collection of algae at Gottingen since 1997. Nova Hedwigia. 71 (1-2), 243-262 (2000).
  36. Takano, H., Arai, T., Hirano, M., Matsunaga, T. Effects of intensity and quality of light on phycocyanin production by a marine cyanobacterium Synechococcus sp. 042902. Applied Microbiology and Biotechnology. 43 (6), 1014-1018 (1995).
  37. Carrer, H., Hockenberry, T. N., Svab, Z., Maliga, P. Kanamycin resistance as a selectable marker for plastid transformation in tobacco. Molecular and General Genetics: MGG. 241 (1-2), 49-56 (1993).
  38. Kaulen, H., Schell, J., Kreuzaler, F. Light-induced expression of the chimeric chalcone synthase-NptII gene in tobacco cells. EMBO Journal. 5 (1), 1-8 (1986).
  39. Cotlet, M., Goodwin, P. M., Waldo, G. S., Werner, J. H. A comparison of the fluorescence dynamics of single molecules of a green fluorescent protein: One- versus two-photon excitation. Chemphyschem. 7 (1), 250-260 (2006).
  40. Taton, A., et al. The circadian clock and darkness control natural competence in cyanobacteria. Nature Communications. 11 (1), 1688 (2020).
check_url/63470?article_type=t

Play Video

Cite This Article
Weber, N., Hofmeister, M., Wunsch, N., Kohler, A., Kaster, A., Vollmers, J., Kachel, B., Mack, M., Lamparter, T. Natural Transformation, Protein Expression, and Cryoconservation of the Filamentous Cyanobacterium Phormidium lacuna. J. Vis. Exp. (180), e63470, doi:10.3791/63470 (2022).

View Video