Dit protocol wordt met succes gebruikt om kwantitatief te detecteren niveaus en ruimtelijke patronen van mRNA-expressie in verschillende weefsels vormen over gewervelde soorten. De methode kan detecteren lage abundantie transcripties en maakt het verwerken van honderden dia's tegelijk. We presenteren dit protocol met behulp van expressie profilering van aviaire embryonale hersenen formatie als voorbeeld.