Detta protokoll används framgångsrikt för att kvantitativt påvisa nivåer och rumsliga mönster av mRNA-expression i flera vävnadstyper över ryggradsdjur. Metoden kan detektera låga förekomst avskrifter och tillåter bearbetning av hundratals bilder samtidigt. Vi presenterar detta protokoll att använda expression profiling av aviär embryonal hjärn-bildningen som ett exempel.