Journal
/
Biology
/
A Novel Bayesian Change-punkt Algoritm för Genomvid analys av olika ChIPseq datatyper
JoVE Journal
Biology
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Biology
A Novel Bayesian Change-point Algorithm for Genome-wide Analysis of Diverse ChIPseq Data Types
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

A Novel Bayesian Change-punkt Algoritm för Genomvid analys av olika ChIPseq datatyper

DOI:
10.3791/4273-v

•

12:39 min

•

December 10, 2012

•

, , ,
1Department of Applied Mathematics & Statistics,Stony Brook University, 2Computational Biology and Bioinformatics,Cold Spring Harbor Laboratory, 3Department of Molecular and Cell Biology,University of Texas at Dallas

Chapters

  • 00:05Title
  • 02:43Preprocessing: Preparing Input Files for Bayesian Change-point (BCP) Analysis & ChIP Read Densities for Detection of Enriched Islands in Diffuse Data
  • 04:48Estimating the Posterior Mean Read Density of Each Block using BCMIX Approximation
  • 06:24Post-processing Posterior Means of Diffuse Read Profiles
  • 07:06Results: Comparison of BCP and SICER in Analysis of Histone Modification Data
  • 11:47Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Vår Bayesiansk Ändra Point (BCP) algoritmen bygger på state-of-the-art framsteg inom modellering change-poäng genom Hidden Markov Models och överför dem till kromatin immunoprecipitation sekvensering (ChIPseq) dataanalys. BCP presterar bra i både breda och punktformig datatyper, men utmärker sig i exakt identifiera robusta, reproducerbara öarna diffus histon anrikning.

Tags

Bayesian Change-point AlgorithmGenome-wide AnalysisChIPseq Data TypesProtein-DNA InteractionsRead Density ProfilesPeaksTranscription FactorsHistone ModificationsStatistical ModelsHidden Markov Models (HMMs)Ad Hoc ParametersResolutionUsabilityParameter Estimation ProceduresFinite State Classifications

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

check_url/4273?article_type=v

Genomvid Analys av Aminoacylation (laddning) Nivåerna av tRNA Använda Microarrays
check_url/4273?article_type=v

Genomvid Analys med hjälp av chip för att identifiera isoform-specifik gen mål
check_url/4273?article_type=v

Genome-wide screen för miRNA Mål Använda MISSION biblioteket Target ID
check_url/4273?article_type=v

Två typer av analyser för att upptäcka Frog spermier Chemoattraction
check_url/4273?article_type=v

Kvantitativa och automatisk hög genomströmning Genomvid RNAi skärmar i C. elegans</em
check_url/4273?article_type=v

Genome-wide Gene Deletioner i<em> Streptococcus sanguinis</em> Av High Throughput PCR
check_url/4273?article_type=v

Polysom ​​Fraktione och analys av däggdjur Translatomes på ett Genomvid Scale
check_url/4273?article_type=v

Genomvid Kartläggning av narkotika DNA interaktioner i celler med COSMIC (Tvärbindning av små molekyler att isolera Chromatin)
check_url/4273?article_type=v

Genomvid Rening av extrakromosomala cirkulär DNA från eukaryota celler
check_url/4273?article_type=v

Heltäckande arbetsflöde för Genome-wide identifiering och uttryck Meta-analys av ATL E3 Ubiquitin Ligase gen familjen i Grapevine

Read Article