Ett förfarande beskrivs för effektiv rening av twin-Strep-märkta fusionsproteiner och deras specifika komplex på modifierad streptavidin (Strep-Tactin)-harts som är kovalent tvärbundet med bis (sulfosuccinimidyl) suberat (BS3). Metoden har fördelarna av snabb hastighet, bra mål proteinutvinning och hög renhet, och är kompatibel med efterföljande analys genom masspektrometri.