Journal
/
Biology
/
Screening voor Functionele niet-coderende genetische varianten Met behulp van Electroforetische Mobility Shift Assay (EMSA) en DNA-affiniteit Neerslag Assay (DAPA)
JoVE Journal
Biology
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Biology
Screening for Functional Non-coding Genetic Variants Using Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA) and DNA-affinity Precipitation Assay (DAPA)
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Screening voor Functionele niet-coderende genetische varianten Met behulp van Electroforetische Mobility Shift Assay (EMSA) en DNA-affiniteit Neerslag Assay (DAPA)

DOI:
10.3791/54093-v

•

11:35 min

•

August 21, 2016

•

, , , , ,
1Center for Autoimmune Genomics and Etiology,Cincinnati Children’s Hospital, 2Medical Scientist Training Program,University of Cincinnati, 3Immunology Graduate Program,University of Cincinnati, 4Divisions of Biomedical Informatics and Developmental Biology,Cincinnati Children’s Hospital

Chapters

  • 00:05Title
  • 00:56Preparation of Nuclear Lysate from Cultured Cells
  • 03:19Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA)
  • 06:56DNA Affinity Purification Assay (DAPA)
  • 09:37Results: Non-coding Genetic Variants Affect Transcription Factor DNA Binding
  • 11:04Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

We present a strategic plan and protocol for identifying non-coding genetic variants affecting transcription factor (TF) DNA binding. A detailed experimental protocol is provided for electrophoretic mobility shift assay (EMSA) and DNA affinity precipitation assay (DAPA) analysis of genotype-dependent TF DNA binding.

Tags

Functional Non-coding Genetic VariantsElectrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA)DNA-affinity Precipitation Assay (DAPA)Regulatory ProteinsPathwaysB-lymphoblastoid CellsNuclear LysatesCE BufferNE-bufferDithiothreitol (DTT)Phosphatase InhibitorPhenylmethanesulfonyl Fluoride (PMSF)Nonidet P-40

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

check_url/54093?article_type=v

Licht / donker Overgang test voor Muizen
check_url/54093?article_type=v

Test voor Neurale Inductie in het kippenembryo
check_url/54093?article_type=v

Verhoogd Plus Maze voor muizen
check_url/54093?article_type=v

Dissectie van de hippocampus dentate gyrus van de volwassen muis
check_url/54093?article_type=v

Een allel-specifieke genexpressie Assay aan de functionele basis van genetische associaties Test
check_url/54093?article_type=v

Een TL-screeningstest voor het vaststellen van Modulators van GIRK kanalen
check_url/54093?article_type=v

Het in kaart brengen Bacteriële Functionele Netwerken en Wegen in<em> Escherichia Coli</em> Gebruik van synthetische Genetische Arrays
check_url/54093?article_type=v

High-throughput Functionele Screening met behulp van een zelfgemaakte Dual-gloed Luciferase Assay
check_url/54093?article_type=v

Een functionele test voor Gap Junctionele Onderzoek; Elektroporatie van hechtende cellen op indiumtinoxide
check_url/54093?article_type=v

Elektroforetische mobiliteit Shift Assay (EMSA) voor de studie van RNA-eiwit interacties: Het IRE / IRP Voorbeeld

Read Article