Journal
/
Bioengineering
/
Mønster-baseret søgning af epigenomiske Data ved hjælp af GeNemo
JoVE Journal
Bioengineering
Author Produced
This content is Free Access.
JoVE Journal Bioengineering
Pattern-based Search of Epigenomic Data Using GeNemo

Mønster-baseret søgning af epigenomiske Data ved hjælp af GeNemo

DOI:
10.3791/56136-v

•

06:38 min

•

October 08, 2017

•

, ,
1Department of Bioengineering,University of California San Diego

Chapters

  • 00:00Title
  • 01:24Using GeNemo
  • 04:05Results
  • 04:56Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

I modsætning til DNA sekvens data, er epigenomiske data ikke let udsat for tekst-baserede søgninger. Præsenteres her er procedurerne til at bruge en opgraderet version af GeNemo, en web-baseret Bioinformatik værktøj, til at foretage mønster-baseret søgninger til ligheder i epigenomiske data sammenligner tilgængelige online databaser herunder encyklopædi af DNA elementer med brugerdata.

Tags

Keywords: – GeNemo – Epigenomic Data – Pattern-based Search – DNA-binding Protein – Epigenetic Modifications – Cell Types – ENCODE – Mousington – BED Format – Bigwig Format – Search Range – Chromosome – Base Pair

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

check_url/56136?article_type=v

Flexural Rigidity Measurements of Biopolymers Using Gliding Assays
check_url/56136?article_type=v

Permeabilisering af adhæreret celler under anvendelse af en inertgas Jet
check_url/56136?article_type=v

Generering af Shear Vedhæftning kort Brug SynVivo Syntetisk Mikrovaskulære Networks
check_url/56136?article_type=v

Fra voxel til Viden: En praktisk vejledning til opdelingen af ​​Complex Electron Microscopy 3D-Data
check_url/56136?article_type=v

Skalerede Anatomisk model Creation of Biomedical Tomografisk Imaging Data og associerede Etiketter til Efterfølgende Sub-overflade Lasergravering (SSLE) af glas krystaller
check_url/56136?article_type=v

Oprettelse af hjertevæv, der udviser mekanisk integration af sfæroider ved hjælp af 3D bioprinting
check_url/56136?article_type=v

Skrøbelighed vurdering af kvæg kortikale knogle ved hjælp af Scratch Tests
check_url/56136?article_type=v

Databaser til effektivt at styre mellemstore, lav hastighed, flerdimensionelle data i vævsteknik
check_url/56136?article_type=v

Modulerende form af polyesterbaserede polymersomer ved hjælp af osmotisk tryk
check_url/56136?article_type=v

Experimental and Data Analysis Workflow for Soft Matter Nanoindentation

Read Article