Tarm organoid kulturer er etableret fra hele krypter og tillader ikke, at analysen af selvfornyelse og differentiering i en celle-specifikke mode. Denne protokol beskriver rekonstituering af sorterede stilk (Lgr5+) og niche (Paneth) celler, som giver anledning til organoids samtidig med at deres forudgående biokemiske og genetiske modifikation og funktionelle analyse.