Denne protokol giver et overblik over procedurerne til isolering af RNA for transkriptom profilering af lymfeknude væv fra store dyr, herunder trin i identifikation og excision af lymfeknuder fra husdyr og vilde dyr, prøveudtagning tilgange at give sammenhæng på tværs af flere dyr, og overvejelser samt repræsentative resultater for efter samling bevaring og forarbejdning til RNA analyse.