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Exploring Sequence Space to Identify Binding Sites for Regulatory RNA-Binding Proteins
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Explorer l'espace de séquence pour identifier les sites de liaison pour les protéines de liaison de l'ARN réglementaires

DOI:
10.3791/59635-v

•

11:34 min

•

August 09, 2019

•

1Department of Molecular, Cellular and Developmental Biology,University of Colorado at Boulder

Chapters

  • 00:04Title
  • 01:11Generation of DNA Random Library Pool
  • 02:14Synthesis of Pool 0 RNA
  • 04:58RNA-Protein Binding Reaction and Separation of Bound RNA
  • 08:35Reverse Transcription, PCR Amplification, and Protein Binding
  • 09:47Results: Enrichment of PTB-binding RNAs and Splice Site Switching Assay
  • 10:50Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

La spécificité de la séquence est essentielle à la régulation des gènes. Les protéines réglementaires qui reconnaissent des séquences spécifiques sont importantes pour la régulation des gènes. Définir des sites de liaison fonctionnels pour de telles protéines est un problème biologique difficile. Une approche itérative pour l'identification d'un site de liaison pour une protéine liant l'ARN est décrite ici et s'applique à toutes les protéines liant l'ARN.

Tags

Sequence SpaceBinding SitesRegulatory RNA-binding ProteinsSaturation MutagenesisProtein-binding SiteDisease DiagnosisTherapyRandom LibraryRNA PoolBinding ReactionHigh AffinitySpecific BindersPCRT7 RNA PolymeraseTranscriptionGel PurificationAutoradiography

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