A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.
Chapters
- 00:04Introduction
- 01:05The miRNA Machine (mirMachine) Setup and Testing
- 02:23Homology-Based and Novel miRNA Identification
- 03:42Advance Parameters
- 04:35Results: Performance Evaluation of the mirMachine
- 05:34Conclusion
Her presenterer vi en ny og helautomatisk miRNA-pipeline, mirMachine som 1) kan identifisere kjente og nye miRNA-er mer nøyaktig og 2) er helautomatisert og fritt tilgjengelig. Brukere kan nå kjøre et kort innsendingsskript for å kjøre det helautomatiske mirMachine-datasamlebåndet.
Tags
MirMachinePlant MiRNA AnnotationComputational IdentificationHigh SensitivityHigh SpecificityAutomatedFreely AvailableGenome-wide DistributionPreliminary DataSoftware DependenciesTest DataHairpinsMature MiRNAPre-miRNAMiRNA Star SequencesChromosomesHomology-based IdentificationSRNA-seqFASTQFASTAAdapter TrimmingAbundance Table
