Настоящий протокол описывает способ обнаружения активных форм кислорода (АФК) в органоидах кишечного мыша с использованием качественной визуализации и количественных анализов цитометрии. Эта работа может быть потенциально распространена на другие флуоресцентные зонды для проверки влияния выбранных соединений на АФК.