A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.
Chapters
- 00:04Introduction
- 01:04Cell Lysis and Tn5 Tagmentation
- 01:52DNA Purification
- 02:57PCR Amplification
- 03:43Beads Purification
- 04:26Results: Comparison of TSS Enrichment Scores and Differential Peaks Obtained Using Optimized Cell‐Lysis Buffers, Cell Number Input, and Tn5 Concentration of ATAC‐Seq Libraries
- 06:33Conclusion
ATAC-seq is een DNA-sequencingmethode die de hyperactieve mutant transposase, Tn5, gebruikt om veranderingen in chromatinetoegankelijkheid in kaart te brengen, gemedieerd door transcriptiefactoren. ATAC-seq maakt de ontdekking mogelijk van de moleculaire mechanismen die ten grondslag liggen aan fenotypische veranderingen in kankercellen. Dit protocol schetst optimalisatieprocedures voor ATAC-seq in epitheelceltypen, waaronder kankercellen.
