Detta protokoll gör det möjligt att avslöja effekten av profetior på deras värdar. Bakteriekulturer synkroniseras med hjälp av förhållanden som bäst stöder det lysogena tillståndet, vilket begränsar spontan induktion. RT-qPCR skiljer entydigt profagbegränsade gener och de som inte är kopplade till fagkontroll från de som uttrycks under den lytiska replikationscykeln.