Summary

凝血因子VIII的脂质纳米管螺旋组织

Published: June 03, 2014
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Summary

我们提出了低温电子显微镜,脂质纳米技术和结构分析的组合应用,以解决两个高度同源的FVIII形式与膜结合的结构:人和猪。在我们研制的实验室,以螺旋状组织两个功能重组FVIII形式对带负电荷的脂质纳米管(LNT)的方法进行说明。

Abstract

低温电子显微镜(冷冻电镜)1是一款功能强大的方法在水合状态和膜环境2,调查的蛋白质和复合物的功能结构。

凝血因子VIII(FVIII) 图3是一个多结构域的血浆糖蛋白。缺陷或FVIII的缺乏是导致血友病A型 – 一个严重的出血性疾病。经蛋白水解活化,FVIII结合到丝氨酸蛋白酶因子IXa上的带负电荷的血小板膜,这是正常的凝血4是至关重要的。尽管举足轻重的作用FVIII凝血发挥,其膜结合态的结构信息是不完整的5。重组FVIII浓缩物是抗血友病A型的最有效的药物和市售的FVIII可以表示为人类或猪,既形成功能性复合物与人的因子IXa 6,7。

“>在本研究中,我们提出低温电子显微镜(冷冻电镜)的组合,脂质纳米技术和结构分析应用到解决两个高度同源的FVIII形式与膜结合的结构:人和猪在我们实验室开发的方法以螺旋状组织两个功能重组FVIII形式对带负电荷的脂质纳米管(LNT)中说明。代表结果表明,我们的方法是足够灵敏定义序列中的两个高度同源(86%序列同一性之间的差异在螺旋机构)蛋白。为螺旋机构,冷冻电镜和电子断层扫描(ET)的数据采集的详细方案中给出的二维(2D)和三维(3D)结构分析应用于获得人和猪的三维重建FVIII-LNT进行了讨论。所提出的人类和猪FVIII-LNT结构表明了该方法的潜力度的计算E中的功能性,膜结合的凝血因子VIII在高分辨率的组织。

Introduction

凝血因子VIII(FVIII)是由六个域2,332个氨基酸的糖蛋白大:A1-A2-B-A3-C1-C2 3。经凝血酶激活的FVIII作为内与膜结合的tenase复合物的辅因子以因子IXa。激活的FVIII(FVIIIa)来的FIXa中的膜-视方式结合增强FIXa的蛋白水解效率超过10 5倍,这是有效的凝血4是至关重要的。尽管重要作用的FVIII在凝固和tenase复合物的形成中起着,功能膜结合的FVIII结构尚未得到解决。

为了解决这个问题,单脂双层碳纳米管(LNT)富含磷脂酰丝氨酸(PS),能够结合的FVIII以高亲和性8,9和类似的活化的血小板表面已经开发了10。 FVIII的连续螺旋机构势必LNT已经被证明是effecti对于已经通过结构冷冻EM 5测定FVIII膜结合状态。官能化LNT是一个理想的系统通过冷冻电镜11,12,以研究蛋白质-蛋白质和螺旋组织膜相关蛋白的蛋白质-膜相互作用。冷冻电镜具有如下优点:与传统的结构的方法,如X-射线晶体学和核磁共振,作为试件被保存在最靠近生理环境(缓冲液,膜,pH值),无添加剂和同位素。在FVIII的情况下,使用此技术研究与膜结合的结构更是生理上相关的,因为在LNT类似密切的大小,形状和组成的活化的血小板,其中Tenase配合装配体内的伪足。

缺陷和FVIII的原因A型血友病,严重的出血性疾病影响1 5000男性的人口4,6的缺乏。在大多数电子ffective治疗血友病A是重组人FVIII(hFVIII的)终身管理。的重组FVIII血友病A治疗的显著并发症是抑制性抗体的发展到人的形式影响血友病A患者13约30%。在这种情况下,猪FVIII(pFVIII)浓缩物的情况下,如猪FVIII显示低交叉反应性抗人FVIII和形式的功能性复合体与人的FIXa 7的抑制性抗体。建立两个猪和人FVIII形式的膜结合组织是重要的,了解的FVIII辅助因子的功能和血止血的影响的结构基础。

在这项研究中,我们描述了脂质纳米技术,冷冻电镜和结构分析,旨在解决两个高度同源的FVIII形式的膜结合组织的结合。所提出的Cryo-EM数据和三维结构螺旋举办porci在带负电荷的LNT NE和人FVIII表明,所提出的纳米技术作为基础,FVIII的结构测定与膜结合的凝血因子和在生理环境中的膜复合物的潜力。

Protocol

1,样品制备缓冲液交换的人FVIII-BDD 14和猪FVIII-BDD 15对HBS-钙缓冲液(20mM HEPES,150 mM氯化钠,5mM的氯化钙 ,pH值= 7.4)并浓缩至1.2毫克/毫升。保持蛋白溶液于-80℃。 通过为1:4 w / w的比例在氯仿混合半乳糖(GC)和磷脂酰丝氨酸(PS)准备脂质纳米管(LNT)。蒸除氯仿在氩气下并溶解在HBS缓冲液中的脂质为1毫克/毫升。保持LNT的解决方案,在4°C。 <p class="…

Representative Results

重组人类和猪FVIII被成功地组织上的螺旋形带负电荷的单一双层LNT,类似的活化的血小板表面。人类和猪FVIII-LNT的螺旋机构通过所收集的数字显微图是一致的( 图2)。控制LNT和人类和猪FVIII-LNT螺旋管被选择和分割的e2helixboxer.py GUI和与e2workflow.py GUI,单一粒子的选择( 表1)中创建的初始数据集。 膜结合人和猪FVIII-LNT的螺旋顺序从傅立叶?…

Discussion

在此工作的方法呈现高度同源性的蛋白质的2膜结合的组织之间进行区分:人和猪FVIII自组装于在人体中所遇到的条件下的脂质纳米管。

在描述的过程中,人类和猪FVIII成功举办螺旋状脂质纳米管,这是最关键的一步。下一个关键步骤是通过快速冷冻在接近液态氮的温度保持在样品中非晶薄的冰。保留在无定形冰和液氮温度下的样品保持水合的螺旋…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

10SDG3500034和UTMB-NCB启动资金,SSM:这项工作是由美国心脏协会国家科学家开发资助。作者承认冷冻电镜和科学计算设施的西利结构生物学中心在UTMB( www.scsb.utmb.edu ),以及博士。史蒂夫Ludtke和Ed Egelman的帮助,二维和三维螺旋重建算法。

Materials

JEM2100 with LaB JEOL Ltd. JEM-2100 operated at 200 kV
with TEMCON software JEOL Ltd.
Gatan626 Cryo-holder Gatan, Inc. 626.DH cooled to -175 °C
with temperature controler unit Gatan, Inc.
Gatan 4K x 4K CCD camera Gatan, Inc. US4000 4096 x 4096 pixel at 15 microns/pixel physical resolution
Solarus Model 950 plasma cleaner Gatan, Inc.
Vitrobot Mark IV FEI
Materials
Carbon coated 300 mesh 3mm copper grid Ted Pella 01821 plasma cleaned for 10 s on high power
Quantifoil R2/2 300 mesh Electron Microscopy Sciences Q225-CR2 Carbon coated 300 mesh Cu grids with 2 mm in diameters holes 
Uranyl acetate dihydrate Ted Pella 19481 1% solution, filtered
Galactosyl ceramide Avanti Polar Lipids Inc.  860546
Dioleoyl-sn-glycero-phospho-L-serine Avanti Polar Lipids Inc.  840035
Software
EM software Digital Micrograph Gatan, Inc. http://www.gatan.com/DM/
EM software EMAN free download http://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN/ 
EM software Spider free download http://spider.wadsworth.org/spider_doc/spider/docs/spider.html
EM software IHRSR free download Programs available from Edward H. Egelman http://people.virginia.edu/~ehe2n/
EM software (IMOD) free download http://bio3d.colorado.edu/imod/ 
EM software (SerialEM) free download ftp://bio3d.colorado.edu/pub/SerialEM/
UCSF-Chimera free download http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html

References

  1. Henderson, R. Realizing the potential of electron cryo-microscopy. Quarterly Reviews of Biophysics. 37, 3-13 (2004).
  2. Fujiyoshi, Y., Unwin, N. Electron crystallography of proteins in membranes. Current opinion in structural biology. 18, 587-592 (2008).
  3. Toole, J. J., et al. Molecular cloning of a cDNA encoding human antihaemophilic factor. Nature. 312, 342-347 (1984).
  4. Fay, P. J. Factor VIII structure and function. International journal of hematology. 83, 103-108 (2006).
  5. Stoilova-McPhie, S., Lynch, G. C., Ludtke, S. J., Pettitt, B. M. Domain organization of membrane-bound factor VIII. Biopolymers. , (2013).
  6. Pipe, S. W. Hemophilia: new protein therapeutics. Hematology / the Education Program of the American Society of Hematology. American Society of Hematology. Education Program. 2010, 203-209 (2010).
  7. Gatti, L., Mannucci, P. M. Use of porcine factor VIII in the management of seventeen patients with factor VIII antibodies. Thrombosis and haemostasis. 51, 379-384 (1984).
  8. Parmenter, C. D., Cane, M. C., Zhang, R., Stoilova-McPhie, S. Cryo-electron microscopy of coagulation Factor VIII bound to lipid nanotubes. Biochemical and biophysical research communications. 366, 288-293 (2008).
  9. Parmenter, C. D., Stoilova-McPhie, S. Binding of recombinant human coagulation factor VIII to lipid nanotubes. FEBS letters. 582, 1657-1660 (2008).
  10. Wassermann, G. E., Olivera-Severo, D., Uberti, A. F., Carlini, C. R. Helicobacter pylori urease activates blood platelets through a lipoxygenase-mediated pathway. Journal of cellular and molecular medicine. 14, 2025-2034 (2010).
  11. Wilson-Kubalek, E. M., Chappie, J. S., Arthur, C. P. Helical crystallization of soluble and membrane binding proteins. Methods in enzymology. 481, 45-62 (2010).
  12. Egelman, E. H. Reconstruction of helical filaments and tubes. Methods in enzymology. 482, 167-183 (2010).
  13. Lusher, J. M. Development and introduction of recombinant factor VIII–a clinician’s experience. Haemophilia : the official journal of the World Federation of Hemophilia. 18, 483-486 (2012).
  14. Thim, L., et al. Purification and characterization of a new recombinant factor VIII (N8). Haemophilia : the official journal of the World Federation of Hemophilia. 16, 349-359 (2010).
  15. Doering, C. B., Healey, J. F., Parker, E. T., Barrow, R. T., Lollar, P. High level expression of recombinant porcine coagulation factor VIII. The Journal of biological chemistry. 277, 38345-38349 (2002).
  16. Tang, G., et al. EMAN2: an extensible image processing suite for electron microscopy. Journal of structural biology. 157, 38-46 (2007).
  17. Egelman, E. H. A robust algorithm for the reconstruction of helical filaments using single-particle methods. Ultramicroscopy. 85, 225-234 (2000).
  18. Egelman, E. H. The iterative helical real space reconstruction method: surmounting the problems posed by real polymers. Journal of structural biology. 157, 83-94 (2007).
  19. Mastronarde, D. N. Automated electron microscope tomography using robust prediction of specimen movements. Journal of structural biology. 152, 36-51 (2005).
  20. Stoilova-McPhie, S., Villoutreix, B. O., Mertens, K., Kemball-Cook, G., Holzenburg, A. 3-Dimensional structure of membrane-bound coagulation factor VIII: modeling of the factor VIII heterodimer within a 3-dimensional density map derived by electron crystallography. Blood. 99, 1215-1223 (2002).
  21. Goddard, T. D., Huang, C. C., Ferrin, T. E. Visualizing density maps with UCSF Chimera. Journal of structural biology. 157, 281-287 (2007).
check_url/cn/51254?article_type=t

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Cite This Article
Miller, J., Dalm, D., Koyfman, A. Y., Grushin, K., Stoilova-McPhie, S. Helical Organization of Blood Coagulation Factor VIII on Lipid Nanotubes. J. Vis. Exp. (88), e51254, doi:10.3791/51254 (2014).

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