Summary

細菌細胞での共発現と組み合わせたプルダウンアッセイは、困難なタンパク質間相互作用をテストするための時間効率の良いツールとして

Published: December 23, 2022
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Summary

ここでは、適合ベクターのセットを使用して、タグ差のあるタンパク質を細菌で共発現させる方法について説明し、その後、 in vitroで組み立てられないタンパク質複合体を研究するための従来のプルダウン技術について説明します。

Abstract

プルダウンは、簡単で広く使用されているタンパク質間相互作用アッセイです。しかし、 in vitroで効果的に集合しないタンパク質複合体の研究には限界があります。そのような複合体は、共翻訳アセンブリおよび分子シャペロンの存在を必要とし得る。それらは、 in vitro で解離および再会合することができない安定なオリゴマーを形成するか、結合パートナーなしでは不安定である。これらの問題を克服するために、従来のプルダウン技術に続く一連の適合ベクターを用いた差次的タグタンパク質の細菌共発現に基づく方法を用いることができる。このワークフローは、相互作用するタンパク質の個別の精製とその後のインキュベーションという時間のかかるステップがないため、従来のプルダウンと比較して時間効率が高くなります。別の利点は、ステップ数が大幅に少なく、 in vitro 環境内に存在するタンパク質がタンパク質分解および酸化にさらされる期間が短いため、再現性が高いことです。この方法は、他の in vitro 技術が不適切であることが判明した場合に、多くのタンパク質間相互作用を研究するために首尾よく適用されました。この方法は、タンパク質間相互作用のバッチ試験に使用できます。BTBドメインと天然変性タンパク質との相互作用、および亜鉛フィンガー関連ドメインのヘテロ二量体の研究について、代表的な結果が示されています。

Introduction

従来のプルダウンは、タンパク質間相互作用の研究に広く使用されています1。しかしながら、精製されたタンパク質は、インビトロで効果的に相互作用しないことが多く2,3、それらのいくつかは、それらの結合パートナーなしでは不溶性である4,5そのようなタンパク質は、共翻訳アセンブリまたは分子シャペロンの存在を必要とするかもしれない5,6,7,8,9。従来のプルダウンの別の制限は、共翻訳的に組み立てられた安定なホモオリゴマーとして存在し得るドメイン間のヘテロ多量体化活性の試験です8,10、それらの多くはインビトロで解離および再会合することができないため、インキュベーション時間中に。共発現は、このような問題を克服するのに有用であることがわかった311。細菌における適合ベクターを用いた共発現は、ポリコーム抑制複合体PRC2 12、RNAポリメラーゼIIメディエーターヘッドモジュール13、バクテリオファージT4ベースプレート14、SAGA複合体デユビキチニラーゼモジュール15、16およびフェリチン17を含む大きなマルチサブユニット高分子複合体の精製に成功しました。共発現に一般的に使用される複製起点は、ColE1、p15A18、CloDF1319、およびRSF20です。市販のDuet発現システムでは、これらの起源を異なる抗生物質耐性遺伝子および便利な複数のクローニング部位と組み合わせてポリシストロニックベクターを作製し、最大8つのタンパク質の発現を可能にします。これらの起源は異なるコピー数を有し、標的タンパク質のバランスの取れた発現レベルを達成するために様々な組み合わせで使用することができる21。タンパク質間相互作用をテストするために、さまざまな親和性タグが使用されます。最も一般的なのは、6xヒスチジン、グルタチオン-S-トランスフェラーゼ(GST)、およびマルトース結合タンパク質(MBP)であり、それぞれが対応する樹脂に特異的な親和性を持っています。GSTおよびMBPはまた、タグ付きタンパク質の溶解性および安定性を高める22

真核細胞におけるタンパク質共発現を含む多くの方法も開発されており、その中で最も顕著なのは酵母ツーハイブリッドアッセイ(Y2H)23です。Y2Hアッセイは安価で簡単で、複数の相互作用のテストが可能です。ただし、ワークフローが完了するまでに1週間以上かかります。また、蛍光ツーハイブリッドアッセイ(F2H)24 や細胞アレイタンパク質間相互作用アッセイ(CAPPIA)25など、あまり使用頻度の低い哺乳類細胞ベースのアッセイもいくつかあります。F2Hアッセイは比較的高速であり、天然の細胞環境でタンパク質相互作用を観察することができますが、高価なイメージング機器を使用する必要があります。これらの方法はすべて、ネイティブの真核生物の翻訳および折り畳み環境を提供する原核生物発現よりも優れています。しかし、それらは、転写活性化または蛍光エネルギー伝達のいずれかによって間接的に相互作用を検出し、しばしばアーティファクトを生成します。また、真核細胞は、目的のタンパク質の他の相互作用パートナーを含む可能性があり、これは、高等真核生物のタンパク質間の二元相互作用の試験を妨げる可能性がある。

本研究では、従来のプルダウン技術に従った、差次的にタグ付けされたタンパク質の細菌共発現の方法について説明しています。この方法では、共発現を必要とする標的タンパク質間の相互作用を研究することができます。従来のプルダウンに比べて時間効率が高く、複数のターゲットのバッチテストが可能で、ほとんどの場合に有利です。適合ベクターを用いた共発現は、面倒なクローニング工程を必要としないため、ポリシストロニック共発現よりも簡便である。

Protocol

メソッドワークフローの概略図を 図1に示します。 1. 大腸菌の共形質転換 標準的なクローニング法を用いて標的タンパク質の発現ベクターを調製します。注:通常、GST/MBPタグ付きタンパク質の発現にはアンピシリン耐性遺伝子とColE1起源を持つ従来のpGEX/pMALベクターを使用し、6xHisタグタンパク質を発現させるにはp15Aま…

Representative Results

記載された方法は、多くの異なるターゲットで日常的に使用されていた。ここでは、従来のプルダウン技術では得られない可能性のある代表的な結果をいくつか紹介します。1つ目は、特異的ZAD(亜鉛フィンガー関連ドメイン)二量体化の研究です11。ZADは安定で特異的な二量体を形成し、ヘテロ二量体はパラロググループ内の密接に関連するドメイン間でのみ可能です。これ?…

Discussion

記載された方法は、インビトロで効率的に組み立てることができず、共発現を必要とするタンパク質間相互作用の試験を可能にする。この方法は、ヘテロ二量体化タンパク質を研究するための数少ない適切なアプローチの1つであり、別々に精製すると、そのようなタンパク質は、実験中に解離および再会合することが最も多い安定したホモ二量体を形成するため、ホモ二量体化も可能…

Divulgaciones

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

この研究は、ロシア科学財団のプロジェクト19-74-30026(メソッド開発と検証)および19-74-10099(タンパク質間相互作用アッセイ)によってサポートされました。ロシア連邦科学高等教育省による助成金075-15-2019-1661(代表的なタンパク質間相互作用の分析)。

Materials

8-ELEMENT probe Sonics 630-0586 The high throughput 8-element sonicator probes
Agar AppliChem A0949
Amylose resin New England Biolabs E8021 Resin for purification of MBP-tagged proteins
Antibiotics AppliChem A4789 (kanamycin); A0839 (ampicillin)
Beta-mercaptoethanol AppliChem A1108
BL21(DE3)  Novagen 69450-M
CaCl2 AppliChem A4689
Centrifuge Eppendorf 5415R (Z605212)
Glutathione AppliChem A9782
Glutathione agarose Pierce 16100 Resin for purification of GST-tagged proteins
Glycerol AppliChem A2926
HEPES  AppliChem A3724
HisPur Ni-NTA Superflow Agarose Thermo Scientific 25214 Resin for purification of 6xHis-tagged proteins
Imidazole AppliChem A1378
IPTG AppliChem A4773
KCl AppliChem A2939
LB AppliChem 414753
Maltose AppliChem A3891
MOPS AppliChem A2947
NaCl AppliChem A2942
NP40 Roche 11754599001
pACYCDuet-1 Sigma-Aldrich 71147 Vector for co-expression of proteins with p15A replication origin
pCDFDuet-1 Sigma-Aldrich 71340 Vector for co-expression of proteins with CloDF13 replication origin
PMSF AppliChem A0999
Protease Inhibitor Cocktail VII Calbiochem 539138 Protease Inhibitor Cocktail
pRSFDuet-1 Sigma-Aldrich 71341 Vector for co-expression of proteins with RSF replication origin
SDS  AppliChem A2263
Tris  AppliChem A2264
VC505 sonicator Sonics CV334 Ultrasonic liquid processor
ZnCl2 AppliChem A6285

Referencias

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Bonchuk, A., Zolotarev, N., Balagurov, K., Arkova, O., Georgiev, P. Pulldown Assay Coupled with Co-Expression in Bacteria Cells as a Time-Efficient Tool for Testing Challenging Protein-Protein Interactions. J. Vis. Exp. (190), e64541, doi:10.3791/64541 (2022).

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