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Unterstützte Auswahl von Biomarkern durch lineare Diskriminanzanalyse-Effektgröße (LEfSe) in Mikrobiomdaten

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Génétique

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Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data

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Unterstützte Auswahl von Biomarkern durch lineare Diskriminanzanalyse-Effektgröße (LEfSe) in Mikrobiomdaten

DOI:

10.3791/61715-v

•

04:57 min

•

May 16, 2022

•

Fang Chang*¹, Shishi He*², Chenyuan Dang

¹Marine Resources Research Centre,Tianjin Research Institute for Water Transport Engineering, M.O.T., ²Key Laboratory of Regional Energy Systems Optimization, Ministry of Education, College of Environmental Science and Engineering,North China Electric Power University, ³School of Environmental Science and Engineering,Huazhong University of Science and Technology

Chapitres

00:04Introduction
00:39Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) Native Analysis
01:49LEfSe Online Analysis (Galaxy)
03:05Results: Representative Microbiome LEfSe Characterization
04:21Conclusion

Summary

Traduction automatique

LEfSe (LDA Effect Size) ist ein Werkzeug für das hochdimensionale Biomarker-Mining zur Identifizierung genomischer Merkmale (wie Gene, Signalwege und Taxonomien), die zwei oder mehr Gruppen in Mikrobiomdaten signifikant charakterisieren.

Tags

Biomarker Linear Discriminant Analysis Effect Size LEfSe Microbiome Biologic Groups Statistical Differences Genomic Biomarkers Conda Environment Data Format LDA Calculation Biomarker Plot Cladogram Single Biomarker Plot Galaxy Server

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