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マイクロバイオームデータにおける線形判別分析効果サイズ(LEfSe)によるバイオマーカーの補助選択

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Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data

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マイクロバイオームデータにおける線形判別分析効果サイズ(LEfSe)によるバイオマーカーの補助選択

DOI:

10.3791/61715-v

•

04:57 min

•

May 16, 2022

•

Fang Chang*¹, Shishi He*², Chenyuan Dang

¹Marine Resources Research Centre,Tianjin Research Institute for Water Transport Engineering, M.O.T., ²Key Laboratory of Regional Energy Systems Optimization, Ministry of Education, College of Environmental Science and Engineering,North China Electric Power University, ³School of Environmental Science and Engineering,Huazhong University of Science and Technology

Chapitres

00:04Introduction
00:39Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) Native Analysis
01:49LEfSe Online Analysis (Galaxy)
03:05Results: Representative Microbiome LEfSe Characterization
04:21Conclusion

Summary

Traduction automatique

LEfSe(LDA Effect Size)は、マイクロバイオームデータ内の2つ以上のグループを有意に特徴付けるゲノム特徴(遺伝子、経路、分類法など)を特定するための高次元バイオマーカーマイニング用のツールです。

Tags

Keywords: Biomarker Linear Discriminant Analysis Effect Size LEfSe Microbiome Biologic Groups Statistical Differences Genomic Biomarkers Conda Environment Data Format LDA Calculation Biomarker Plot Cladogram Single Biomarker Plot Galaxy Server

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