Électrophorèse sur gel dénaturant de polyacrylamide urée est utilisée pour séparer l'ADN simple brin ou l'ARN jusqu'à une limite de 500 nucléotides. L'urée en combinaison avec des échantillons dénature la chaleur et non structurées brins simples migrer dans la matrice de gel en fonction de leur poids moléculaire.