Rivista
/
Biologia
/
iCLIP - Transcriptoma-wide Mapeamento das Interações Proteína-RNA com a Resolução Nucleotide Individual
JoVE Journal
Biologia
This content is Free Access.
JoVE Journal Biologia
iCLIP – Transcriptome-wide Mapping of Protein-RNA Interactions with Individual Nucleotide Resolution

iCLIP - Transcriptoma-wide Mapeamento das Interações Proteína-RNA com a Resolução Nucleotide Individual

DOI:
10.3791/2638-v

•

10:45 min

•

April 30, 2011

•

, , , , , , , ,
1Laboratory of Molecular Biology,Medical Research Council – MRC, 2European Bioinformatics Institute,EMBL Heidelberg, 3Computer and Information Science,University of Ljubljana, 4Wellcome Trust Genome Campus,Wellcome Trust Sanger Institute

Capitoli

  • 00:05Titolo
  • 01:19UV Cross-linking of Tissue Culture Cells
  • 02:10Bead Preparation
  • 02:53Cell Lysis and Partial RNA Digestion
  • 03:47Immunoprecipitation
  • 04:26RNA 5′ End Labelling
  • 05:08SDS-PAGE and Membrane Transfer
  • 06:27Gel Purification of cDNA
  • 08:44Representative Results
  • 10:00Conclusion

Summary

Traduzione automatica

Traduzione automatica

O arranjo espacial de RNA-proteínas que se ligam em uma transcrição é um determinante-chave de regulação pós-transcricional. Por isso, desenvolvemos individuais de nucleotídeo crosslinking UV resolução e imunoprecipitação (iCLIP) que permite o mapeamento do genoma precisa dos sítios de ligação de uma proteína RNA-binding.

Tags

ICLIPTranscriptome-wide MappingProtein-RNA InteractionsIndividual Nucleotide ResolutionRNA-binding ProteinsPost-transcriptional RegulationPositional InformationBinding SitesBiochemical MethodsNative Cellular ContextAffinity PurificationImmunoprecipitationDifferential DisplayMicroarray AnalysisRIP-CHIPIndirect InteractionsNon-physiological InteractionsCLIP (UV Cross-linking And Immunoprecipitation)UV Cross-linkingRigorous Purification SchemesDenaturing Polyacrylamide Gel ElectrophoresisHigh-throughput Sequencing TechnologiesHITS-CLIPCLIP-seqPAR-CLIPPhotoreactive Ribonucleoside Analogs

Article

Embed

AGGIUNGI ALLA PLAYLIST

Usage Statistics

Video correlati

check_url/it/2638?article_type=v

Não-invasivo 3D Visualization com Sub-micron Resolução Usando Síncrotron-X-ray-tomografia
check_url/it/2638?article_type=v

Liberação de dopamina no Individual Terminais Pré-Sinápticas visualizado com FFNs
check_url/it/2638?article_type=v

PAR-Clip - um método para identificar em toda a Transcriptoma Sítios de Ligação de Proteínas RNA Binding
check_url/it/2638?article_type=v

Cromatina Análise de Interação com Emparelhados Fim-Tag Sequencing (Chia-PET) para mapeamento Interações cromatina e Compreensão regulação da transcrição
check_url/it/2638?article_type=v

Monitoramento em tempo real de Ligante-receptor Interações com transferência de energia de ressonância de fluorescência
check_url/it/2638?article_type=v

Mapear as sequelas de Theta Explosão Estimulação no córtex auditivo humano com Imagem Funcional
check_url/it/2638?article_type=v

Rápida e eficiente Zebrafish Genotipagem Usando PCR com alta resolução Análise Melt
check_url/it/2638?article_type=v

Mapeamento de todo o genoma de DNA Interações medicamentosas-em células com COSMIC (reticulação de moléculas pequenas para isolar Chromatin)
check_url/it/2638?article_type=v

DamID-seq: Genoma-wide Mapeamento das Interações Proteína-DNA por High Throughput Sequencing de fragmentos de DNA metilado-Adenina
check_url/it/2638?article_type=v

De alta resolução Mapping Optical do mouse nó sino-atrial

Read Article