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Isolement des noyaux à partir de tumeurs cérébrales fraîchement congelées pour l’ARN-seq à noyau unique et ATAC-seq
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1Neurology Clinic and National Center for Tumor Diseases,University Hospital Heidelberg, 2Bioinformatics and Omics Data Analytics,German Cancer Research Center (DKFZ), 3Clinical Cooperation Unit Neurooncology,German Cancer Research Center (DKFZ), 4Division of Experimental Neurosurgery, Department of Neurosurgery,University of Heidelberg, INF 400, Heidelberg, Germany
Capitoli
- 00:04Introduction
- 01:01Tissue Dissection and Dissociation
- 03:20Gradient Centrifugation and Isolation of Nuclei
- 04:56Results: Comparison of UMIs and Genes Obtained from Different Human Brain snRNA-seq Datasets
- 05:57Conclusion
L’hétérogénéité intratumorale est une caractéristique inhérente aux tumeurs, y compris les gliomes. Nous avons développé un protocole simple et efficace qui utilise une combinaison de tampons et de centrifugation par gradient pour isoler des noyaux uniques à partir de tissus de gliome frais congelés pour des études de séquençage de l’ARN à noyau unique et de l’ATAC.
