Summary

מדידת פעילות אנטי פטרייתית נדיפה ולא נדיפה של מוצרי ביו-בקרה

Published: December 05, 2020
doi:

Summary

אנו מתארים שיטה מבוססת אגר שונה שנועדה לכמת את ההשפעות האנטי פטרייתיות של מוצרים שמקורם בצמחים. ניתן להעריך הן תרומות תנודתיות והן תרומות לא תנודתיות לפעילות האנטי-פטרייתית באמצעות פרוטוקול זה. בנוסף, ניתן למדוד את היעילות נגד פטריות בשלבים התפתחותיים מרכזיים במערך ניסיוני יחיד.

Abstract

הפרוטוקול המתואר מבוסס על טכניקת העברת פלאג המאפשרת קביעה מדויקת של כמויות מיקרואורגניזם ושלבי ההתפתחות שלהם. מספר מסוים של נבגים מפוזרים על צלחת אגר. צלחת אגר זו דגירה לתקופה מוגדרת כדי לאפשר לפטריות להגיע לשלב ההתפתחותי הצפוי, למעט נבגים שבהם אין צורך בדגירה. תקעי אגר המכוסים בנבגים, היפאי או מיסליום נסוגים ומועברים לאחר מכן למדיית אגר המכילה את התרכובת נגד פטריות להיבדק או ממוקמת במרחק מהפטריות או במגע. שיטה זו ישימה כדי לבדוק הן תמציות נוזלי ודגימות מוצקות (אבקות). היא מתאימה במיוחד לכימות התרומות היחסיות של סוכנים נדיפים ולא נדיפים בתערובות ביו-אקטיביות ולקביעת השפעותיהם, במיוחד על נבגים, היפה מוקדמת ומיסליום.

השיטה רלוונטית מאוד לאפיון הפעילות האנטי פטרייתית של מוצרי ביו-בקרה, בעיקר מוצרים שמקורם בצמחים. ואכן, לטיפול בצמחים, ניתן להשתמש בתוצאות כדי להנחות את הבחירה של מצב היישום ולהקים את סף ההדק.

Introduction

הפסדים גלובליים של פירות וירקות יכולים להגיע עד 50% מהייצור1 ונבעים בעיקר מריקבון מזון שנגרם על ידי קלקול פטריות בשדה או במהלך אחסון שלאחר הקציר2,3, למרות התעסוקה הנרחבת של קוטלי פטריות סינתטיים מאז אמצע המאה העשרים4. השימוש בחומרים אלה נשקל מחדש שכן הוא מייצג מפגעים סביבתיים ובריאותיים חמורים. כמו ההשלכות המזיקות של השימוש בהם מופיעים ברחבי מערכות אקולוגיות ועדויות של השפעות בריאותיות פוטנציאליות צברה5,6, חלופות הרומן אסטרטגיות מניעתיות ישנות מפותחים עבור טיפולים לפני ואחרי הקציר7,8,9. לפיכך האתגר העומד בפנינו הוא כפול. אסטרטגיות פטרייתיות חדשניות חייבות, ראשית, לשמור על רמות היעילות של הגנה על מזון מפני פיטופטוגנים ובוי-זמנית, שנית, לתרום לצמצום דרמטי של טביעת הרגל הסביבתית של שיטות חקלאיות. כדי להגשים מטרה שאפתנית זו, אסטרטגיות בהשראת ההגנות הטבעיות שהתפתחו בצמחים מוצעות כמו יותר מ 1000 מיני צמחים הודגשו עבור תכונות מיקרוביאלית שלהם8. לדוגמה, צמחים אשר פיתחו קוטלי פטריות טבעיים להילחם phytopathogens הם משאב חדשני לחקור את הפיתוח של מוצרים חדשים biocontrol2. שמנים אתריים הם מולקולות דגל מסוג זה. לדוגמה, שמן אתרי Origanum מגן על צמחי עגבניות מפני עובש אפור בחממות 10 ו Solidago canadensis L. ושמנים אתריים קאסיה הוכחו לשמר תותים שלאחר שנקטפו מנזק עובש אפור11,12. דוגמאות אלה ממחישות כי ביו-בקרה ובמיוחד מוצרים שמקורם בצמחים מייצגים פתרון המשלב יעילות ביולוגית וקיימות סביבתית.

לכן, צמחים הם משאב חשוב של מולקולות בעלות עניין פוטנציאלי לתעשיית הגנת היבול. עם זאת רק קומץ של מוצרים צמחיים הוצעו לשמש מוצרים biocontrol למרות שהם מוכרים בדרך כלל בטוח, לא פיטוטוקסי וידידותי לסביבה2. כמה קשיים טרנספוזיציה מהמעבדה לשדה נצפו, כגון יעילות פוחתת פעם להחיל vivo2,9. לכן, חשוב לשפר את היכולת של בדיקות מעבדה כדי לחזות טוב יותר את יעילות השדה. בהקשר זה, שיטות בדיקה נגד פטריות עבור מוצרים שמקורם בצמחים נחוצים הן כדי להעריך את היעילות שלהם נגד פטריות והן כדי להגדיר את התנאים האופטימליים שלהם לשימוש. באופן ספציפי, מוצרי ביו-בקרה הם בדרך כלל פחות יעילים מאשר קוטלי פטריות כימיים, ולכן הבנה טובה יותר של אופן הפעולה שלהם חשובה להצעת ניסוחים מתאימים, לזהות את אופן היישום בשדות, ולהגדיר איזה שלב התפתחותי של הפתוגן פגיע לייצור הביולוגי המועמד.

הגישות הנוכחיות המטפלות בפעילויות אנטיבקטריאליות ונוגדות פטריות כוללות שיטות דיפוזיה כגון דיפוזיה של אגר-דיסק, דילול, ביואוטוגרפיה וציטומטריית זרימה13. רוב הטכניקות הללו, וליתר דיוק, בדיקות הרגישות האנטי-פטרייתיות הסטנדרטיות – דיפוזיה של אגר-דיסק ובדיקות דילול – מותאמות היטב להערכת הפעילות האנטי-מיקרוביאלית של תרכובות מסיסות על נבגים חיידקיים ופטריות בהשעיות נוזליות14. עם זאת, שיטות אלה אינן מתאימות בדרך כלל לבדיקת תרכובות מוצקות כגון אבקת צמחים מיובשים או לכמת פעילות אנטי פטרייתית במהלך צמיחת mycelium כפי שהם דורשים דילול נבג או נבג מתפשט על צלחות אגר ו / או דילול של תרכובות נגד פטריות13. בשיטה מורעלת מזון, צלחות אגר המכילות את הסוכן נגד פטריות מחוסנים עם דיסק בקוטר 5-7 מ”מ שנדגם מתרבות פטריות בת 7 ימים מבלי לקחת בחשבון את הכמות המדויקת של מיסליום מתחיל. לאחר הדגירה, הפעילות נגד פטריות נקבעת כאחוז של עיכוב צמיחה רדיאלית17,18,19. עם גישה זו אנו יכולים להעריך את הפעילות נגד פטריות על צמיחה mycelial. לעומת זאת, שיטת דילול אגר מבוצעת כדי לקבוע את הפעילות נגד פטריות על נבגים מחוסנים ישירות על פני השטח של צלחת אגר המכילה את תרכובות נגד פטריות13,20,21. שתי גישות אלה לתת תוצאות משלימות על פעילות נגד פטריות. עם זאת אלה שתי טכניקות עצמאיות המשמשות במקביל שאינן מספקות השוואה מדויקת זה לצד זה של היעילות היחסית של תרכובות אנטי פטרייתיות על נבגים ומיסליום17,20,22 כמו כמות החומר הפטרייתית ההתחלתית שונה בשתי הגישות. יתר על כן, הפעילות נגד פטריות של מוצר שמקורו בצמחים נובעת לעתים קרובות משילוב של מולקולות אנטי פטרייתיות מסונתז על ידי צמחים להתמודד עם פתוגנים. מולקולות אלה מקיפות חלבונים, פפטידים23,24ומטבוליטים בעלי מגוון כימי רחב ושייכים לסוגים שונים של מולקולות כגון פוליפנולים, טרפנים, אלקלוואידים25גלוקוסינולטים,8ותרכובות אורגנוסולפור,26. חלק ממולקולות אלה הן נדיפות או הופכות נדיפות במהלך התקפת פתוגן27. סוכנים אלה הם לרוב מסיסים במים גרועים ותרכובות בלחץ אדים גבוה שיש לשחזר באמצעות זיקוק מים כמו שמנים אתריים, שחלק מהפעילויות האנטי מיקרוביאליות שלהם הוקמו היטב28. מבחני רגישות מתווכים בשלב האדים פותחו כדי למדוד את הפעילות האנטי-מיקרוביאלית של תרכובות נדיפות לאחר אידוי והגירה דרך שלב האדים29. שיטות אלה מבוססות על כניסתה של תרכובות נגד פטריות במרחק מהתרבות המיקרוביאלית29,30,31,32,33. ב Assay אגר שלב אדים נפוץ, שמנים אתריים מופקדים על דיסק נייר ממוקם במרכז הכיסוי של צלחת פטרי במרחק מן ההשעיה נבג חיידקי או פטרייתי, אשר מתפשט על מדיום אגר. קוטר אזור עיכוב הגדילה נמדד באותו אופן כמו בשיטת הדיפוזיה של אגר-דיסק20,24. גישות אחרות פותחו כדי לספק מדידה כמותית של הרגישות נגד פטריות שלב האדים של שמנים אתריים, נגזר משיטת דילול המרק שממנה חושבה פעילות מיקרוביאלית מתווכת שלב אדים מעכבת32או נגזר ממאיורי דיפוזיה של דיסק אגר,31. שיטות אלה הן בדרך כלל ספציפיות מחקרי פעילות שלב האדים ולא מתאים למגע עיכוב מבחנים. זה מונע את קביעת התרומה היחסית של סוכנים תנודתיים ולא תנודתיים לפעילות אנטי פטרייתית של תערובת ביו-אקטיבית מורכבת.

השיטה הכמותית שפיתחנו שואפת למדוד את ההשפעה האנטי פטרייתית של אבקת צמחים מיובשים על כמויות מבוקרות של נבגים ומיסליום גדל שהופקד על פני השטח של מדיום אגר כדי לשחזר את הצמיחה האווירית של פיטופטוגנים במהלך זיהום שלצמחים 15, כמו גם רשת mycelial מחובר16. הגישה היא התקנה ניסיונית שונה המבוססת על דילול אגר ושיטות מורעלות מזון המאפשרות גם, באותה התקנה ניסיונית, כימות זה לצד זה של תרומתם של מטבוליטים אנטי נדיפים ולא נדיפים. במחקר זה, השיטה כבר benchmarked נגד הפעילות של שלוש תכשירים אנטי פטרייתיים מאופיינים היטב.

Protocol

1. הכנת אינקולה לפני הניסוי, שכב 5 μL של טריכודרמה spp. נבגי SBT10-2018 המאוחסנים ב-4 °C (60 °F) על מדיום אגר דקסטרוז תפוחי אדמה (PDA) ודגדוג במשך 4 ימים ב 30 מעלות צלזיוס עם חשיפה רגילה לאור כדי לקדם היווצרות conidia42 (איור 1, פאנל A).הערה: טריכודרמה spp. SBT10-2018 מבודד מע…

Representative Results

כדי להעריך את היכולת של השיטה הכמותית להפלות את אופן הפעולה של סוגים שונים של תרכובות נגד פטריות, השווינו את היעילות של שלושה סוכנים ידועים נגד פטריות. Carbendazim הוא קוטל פטריות סינתטי לא נדיף אשר נעשה שימוש נרחב כדי לשלוט במגוון רחב של מחלות פטרייתיות בצמחים39,40</su…

Discussion

הגישה המוצגת כאן מאפשרת הערכה של תכונות אנטי פטרייתיות של מוצרים צמחיים מעובדים מינימלית. בפרוטוקול זה, התפלגות הומוגנית של נבגים על פני השטח אגר מושגת באמצעות חרוזי זכוכית 2 מ”מ. שלב זה דורש טיפול במיומנויות כדי להפיץ כראוי את החרוזים כדי להשיג תוצאות לשחזור, בסופו של דבר המאפשר השוואה של …

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

אנו אסירי תודה לפרנק ייטס על עצתו היקרה. עבודה זו נתמכה על ידי Sup’Biotech.

Materials

Autoclave-vacuclav 24B+ Melag
Carbendazim Sigma  378674-100G
Distilled water
Eppendorf tubes Sarstedt 72.706 1.5 mL
Falcons tubes Sarstedt 547254 50 mL
Five millimeters diameter stainless steel tube retail store /
Food dehydrator Sancusto six trays
Garlic powder Organic shop
Glass beads CLOUP 65020 Equation 1 2 mm
Hemocytometer counting cell Jeulin 713442 /
Incubator Memmert  UM400 30 °C
Knife mill Bosch TSM6A013B
Manual cell counter Labbox HCNT-001-001 /
Measuring ruler retail store
Microbiological safety cabinets FASTER FASTER BHA36, TYPE II, Cat 2
Micropipette Mettler-Toledo 17014407 100 – 1000 µL
Micropipette Mettler-Toledo 17014411 20 – 200 µL
Micropipette Mettler-Toledo 17014412 2 – 20 µL
Petri dish Sarstedt 82-1194500 Equation 1 55 mm
Petri dish Sarstedt 82-1473  Equation 1 90 mm
Pipette Controllers-EASY 60 Labbox EASY-P60-001 /
Potato Dextrose Agar Sigma  70139-500G
Precision scale-RADWAG Grosseron B126698 AS220.R2-ML 220g/0.1mg 
Rake Sarstedt 86-1569001 /
Reverse microscope AE31E trinocular Grosseron M097917 /
Sterile graduated pipette Sarstedt 1254001 10 mL
Thymus essential oil Drugstore Essential oil 100%
Tips 1000 µL  Sarstedt 70.762010
Tips 20 µL  Sarstedt 70.760012
Tips 200 µL Sarstedt 70.760002
Tooth pick retail store
Trichoderma spp strain Strain of LRPIA laboratory
Tween-20  Sigma  P1379-250ML
Tween-80 Sigma  P1754-1L
Tweezers Labbox FORS-001-002 /

References

  1. FAO. Global food losses and food waste – Extent, causes and prevention. FAO. , (2011).
  2. da Cruz Cabral, L., Fernández Pinto, V., Patriarca, A. Application of plant compounds to control fungal spoilage and mycotoxin production in foods. International Journal of Food Microbiology. 166 (1), 1-14 (2013).
  3. Romanazzi, G., Smilanick, J. L., Feliziani, E., Droby, S. Postharvest biology and technology integrated management of postharvest gray mold on fruit crops. Postharvest Biology and Technology. 113, (2016).
  4. Morton, V., Staub, T. A Short History of Fungicides. APSnet Feature Articles. (1755), 1-12 (2008).
  5. Brandhorst, T. T., Klein, B. S. Uncertainty surrounding the mechanism and safety of the post- harvest fungicide Fludioxonil. Food and Chemical Toxicology. 123, 561-565 (2019).
  6. Bénit, P., et al. Evolutionarily conserved susceptibility of the mitochondrial respiratory chain to SDHI pesticides and its consequence on the impact of SDHIs on human cultured cells. PLoS ONE. 14 (11), 1-20 (2019).
  7. Usall, J., Torres, R., Teixidó, N. Biological control of postharvest diseases on fruit: a suitable alternative. Current Opinion in Food Science. 11, 51-55 (2016).
  8. Tripathi, P., Dubey, N. K. Exploitation of natural products as an alternative strategy to control postharvest fungal rotting of fruit and vegetables. Postharvest Biology and Technology. 32 (3), 235-245 (2004).
  9. Abbey, J. A., et al. Biofungicides as alternative to synthetic fungicide control of grey mould (Botrytis cinerea)-prospects and challenges. Biocontrol Science and Technology. 29 (3), 241-262 (2019).
  10. Soylu, E. M., Kurt, &. #. 3. 5. 0. ;., Soylu, S. In vitro and in vivo antifungal activities of the essential oils of various plants against tomato grey mould disease agent Botrytis cinerea. International Journal of Food Microbiology. 143 (3), 183-189 (2010).
  11. Liu, S., Shao, X., Wei, Y., Li, Y., Xu, F., Wang, H. Solidago canadensis L. essential oil vapor effectively inhibits botrytis cinerea growth and preserves postharvest quality of strawberry as a food model system. Frontiers in Microbiology. 7, 0 (2016).
  12. El-Mogy, M. M., Alsanius, B. W. Cassia oil for controlling plant and human pathogens on fresh strawberries. Food Control. 28 (1), 157-162 (2012).
  13. Balouiri, M., Sadiki, M., Ibnsouda, S. K. Methods for in vitro evaluating antimicrobial activity: A review. Journal of Pharmaceutical Analysis. 6 (2), 71-79 (2016).
  14. Arikan, S. Current status of antifungal susceptibility testing methods. Medical Mycology. 45 (7), 569-587 (2007).
  15. Girmay, Z., Gorems, W., Birhanu, G., Zewdie, S. Growth and yield performance of Pleurotus ostreatus (Jacq. Fr.) Kumm (oyster mushroom) on different substrates. AMB Express. 6 (1), 87 (2016).
  16. Fischer, M. S., Glass, N. L. Communicate and fuse: how filamentous fungi establish and maintain an interconnected mycelial network. Frontiers in Microbiology. 10, 1-20 (2019).
  17. Mohana, D. C., Raveesha, K. A. Anti-fungal evaluation of some plant extracts against some plant pathogenic field and storage fungi. Journal of Agricultural Technology. 4 (1), 119-137 (2007).
  18. Balamurugan, S. In vitro activity of aurantifolia plant extracts against phytopathogenic fungi phaseolina. International Letters of Natural Sciences. 13, 70-74 (2014).
  19. Ameziane, N., et al. Antifungal activity of Moroccan plants against citrus fruit pathogens. Agronomy for sustainable development. 27 (3), 273-277 (2007).
  20. Rizi, K., Murdan, S., Danquah, C. A., Faull, J., Bhakta, S. Development of a rapid, reliable and quantitative method – “SPOTi” for testing antifungal efficacy. Journal of Microbiological Methods. 117, 36-40 (2015).
  21. Imhof, A., Balajee, S. A., Marr, K., Marr, K. New methods to assess susceptibilities of Aspergillus isolates to caspofungin. Microbiology. 41 (12), 5683-5688 (2003).
  22. Goussous, S. J., Abu el-Samen, F. M., Tahhan, R. A. Antifungal activity of several medicinal plants extracts against the early blight pathogen (Alternaria solani). Archives of Phytopathology and Plant Protection. 43 (17), 1745-1757 (2010).
  23. Ng, T. B. Antifungal proteins and peptides of leguminous and non-leguminous origins. Peptides. 25 (7), 1215-1222 (2004).
  24. Hu, Z., Zhang, H., Shi, K. Plant peptides in plant defense responses. Plant Signaling and Behavior. 13 (8), (2018).
  25. Iriti, M., Faoro, F. Chemical diversity and defence metabolism: How plants cope with pathogens and ozone pollution. International Journal of Molecular Sciences. 10 (8), 3371-3399 (2009).
  26. Lanzotti, V., Bonanomi, G., Scala, F. What makes Allium species effective against pathogenic microbes. Phytochemistry Reviews. 12 (4), 751-772 (2013).
  27. Kyung, K. H. Antimicrobial properties of allium species. Current Opinion in Biotechnology. 23 (2), 142-147 (2012).
  28. Hyldgaard, M., Mygind, T., Meyer, R. L. Essential oils in food preservation: mode of action, synergies, and interactions with food matrix components. Frontiers in microbiology. 3, 12 (2012).
  29. Bueno, J. Models of evaluation of antimicrobial activity of essential oils in vapour phase: a promising use in healthcare decontamination. Natural Volatiles & Essential Oils. 2 (2), 16-29 (2015).
  30. Doi, N. M., Sae-Eaw, A., Suppakul, P., Chompreeda, P. Assessment of synergistic effects on antimicrobial activity in vapour- and liquidphase of cinnamon and oregano essential oils against Staphylococcus aureus. International Food Research Journal. 26 (2), 459-467 (2019).
  31. Amat, S., Baines, D., Alexander, T. W. A vapour phase assay for evaluating the antimicrobial activities of essential oils against bovine respiratory bacterial pathogens. Letters in Applied Microbiology. 65 (6), 489-495 (2017).
  32. Feyaerts, A. F., et al. Essential oils and their components are a class of antifungals with potent vapour-phase-mediated anti-Candida activity. Scientific Reports. 8 (1), 1-10 (2018).
  33. Wang, T. H., Hsia, S. M., Wu, C. H., Ko, S. Y., Chen, M. Y., Shih, Y. H., Shieh, T. M., Chuang, L. C. Evaluation of the antibacterial potential of liquid and vapor phase phenolic essential oil compounds against oral microorganisms. PLoS ONE. 11 (9), 1-17 (2016).
  34. Dean, R., et al. The Top 10 fungal pathogens in molecular plant pathology. Molecular Plant Pathology. 13 (4), 414-430 (2012).
  35. Leadbeater, A. Recent developments and challenges in chemical disease control. Plant Protection Science. 51 (4), 163-169 (2015).
  36. Jin, C., Zeng, Z., Fu, Z., Jin, Y. Oral imazalil exposure induces gut microbiota dysbiosis and colonic inflammation in mice. Chemosphere. 160, 349-358 (2016).
  37. Kumar, R., Ghatak, A., Balodi, R., Bhagat, A. P. Decay mechanism of postharvest pathogens and their management using non-chemical and biological approaches. Journal of Postharvest Technology. 6 (1), 1-11 (2018).
  38. Talibi, I., Boubaker, H., Boudyach, E. H., Ait Ben Aoumar, A. Alternative methods for the control of postharvest citrus diseases. Journal of Applied Microbiology. 117 (1), 1-17 (2014).
  39. Arya, R., Sharma, R., Malhotra, M., Kumar, V., Sharma, A. K. Biodegradation Aspects of Carbendazim and Sulfosulfuron: Trends, Scope and Relevance. Current Medicinal Chemistry. 22 (9), 1147-1155 (2015).
  40. European Food Safety Authority. Conclusion on the peer review of the pesticide risk assessment of the active substance carbendazim. EFSA Journal. 8 (5), 1-76 (2010).
  41. Sakkas, H., Papadopoulou, C. Antimicrobial activity of basil, oregano, and thyme essential oils. Journal of Microbiology and Biotechnology. 27 (3), 429-438 (2017).
  42. Steyaert, J. M., Weld, R. J., Mendoza-Mendoza, A., Stewart, A. Reproduction without sex: conidiation in the filamentous fungus Trichoderma. Microbiology. 156, 2887-2900 (2010).
  43. Leontiev, R., Hohaus, N., Jacob, C., Gruhlke, M. C. H., Slusarenko, A. J. A Comparison of the antibacterial and antifungal activities of thiosulfinate analogues of allicin. Scientific Reports. 8 (1), 1-19 (2018).
  44. Scorzoni, L., et al. The use of standard methodology for determination of antifungal activity of natural products against medical yeasts Candida sp and Cryptococcus sp. Brazilian Journal of Microbiology. 38 (3), 391-397 (2007).

Play Video

Cite This Article
Gligorijevic, V., Benel, C., Gonzalez, P., Saint-Pol, A. Measuring Volatile and Non-volatile Antifungal Activity of Biocontrol Products. J. Vis. Exp. (166), e61798, doi:10.3791/61798 (2020).

View Video