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생물학

유전자를 사용 하 여 프로토콜 변환 연구에 대 한 적절 한 동물 모델을 식별 하기 위해 농축 분석 설정

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JoVE 신문 생물학

A Protocol for Using Gene Set Enrichment Analysis to Identify the Appropriate Animal Model for Translational Research

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유전자를 사용 하 여 프로토콜 변환 연구에 대 한 적절 한 동물 모델을 식별 하기 위해 농축 분석 설정

DOI:

10.3791/55768-v

•

09:35 min

•

August 16, 2017

•

Christopher Weidner, Matthias Steinfath, Elisa Wistorf, Michael Oelgeschläger, Marlon R. Schneider, Gilbert Schönfelder²

¹Department of Experimental Toxicology and ZEBET,German Federal Institute for Risk Assessment (BfR), ²Department of Clinical Pharmacology and Toxicology,Charité-Universitätsmedizin Berlin

Chapters

00:05Title
00:54Performing the Game Set Enrichment Analysis (GSEA)
05:46Comparing the GSEA Results and Identifying the Optimal Animal Model
07:55Results: Overlap of Pathway Regulation Identifies Suitable and Unsuitable Animal Models
08:49Conclusion

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우리는 유전자 세트 농축 분석 transcriptomic 데이터를 변환 연구를 위한 이상적인 마우스 모델의 사용에 대 한 표준화 된 프로토콜을 제공 합니다.
이 프로토콜 DNA microarray 및 RNA 시퀀싱 데이터와 함께 사용할 수 있습니다 그리고 더 확장 될 수 있습니다 다른 omics 데이터에 데이터를 사용할 수 있는 경우.

유전자를 사용 하 여 프로토콜 변환 연구에 대 한 적절 한 동물 모델을 식별 하기 위해 농축 분석 설정

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