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생물학

Um protocolo para o uso de Gene definir análise de enriquecimento para identificar o modelo Animal adequado para investigação de translação

JoVE 신문
생물학

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JoVE 신문 생물학

A Protocol for Using Gene Set Enrichment Analysis to Identify the Appropriate Animal Model for Translational Research

Um protocolo para o uso de Gene definir análise de enriquecimento para identificar o modelo Animal adequado para investigação de translação

DOI:

10.3791/55768-v

•

09:35 min

•

August 16, 2017

•

Christopher Weidner, Matthias Steinfath, Elisa Wistorf, Michael Oelgeschläger, Marlon R. Schneider, Gilbert Schönfelder²

¹Department of Experimental Toxicology and ZEBET,German Federal Institute for Risk Assessment (BfR), ²Department of Clinical Pharmacology and Toxicology,Charité-Universitätsmedizin Berlin

Chapters

00:05Title
00:54Performing the Game Set Enrichment Analysis (GSEA)
05:46Comparing the GSEA Results and Identifying the Optimal Animal Model
07:55Results: Overlap of Pathway Regulation Identifies Suitable and Unsuitable Animal Models
08:49Conclusion

Summary

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Nós fornecemos um protocolo padronizado para a utilização da análise de enriquecimento conjunto do gene do transcriptomic de dados para identificar um modelo de mouse ideal para investigação de translação.
Este protocolo pode ser usado com DNA microarray e dados de sequenciamento de RNA e mais pode ser estendido a outros dados omics se dados estão disponíveis.

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Teste de sensibilidade visual para a velocidade e direção do movimento em Lagartos

Gerados por computador Modelo Estímulos animal

Usando o Sistema de Eletroporação Gene Pulser MXcell para transfectar pilhas com Alta Eficiência

Análise do genoma usando chip para identificar alvos isoforma específica Gene

O método de cultura de embriões de roedores inteiro usando o Rotator do tipo Sistema de Cultura Garrafa

Isolamento de Ribossomos ligados a polipeptídeos nascentes<em> In vitro</em> Identificar Sites Pausa translacionais Junto mRNA

Usando Seqüência de Detenção SECM como uma ferramenta para isolar Ribossomos Polipeptídeos encadernados

Using Caenorhabditis elegans as a Model System to Study Protein Homeostasis in a Multicellular Organism

Xenopus laevis como um modelo para identificar Tradução Impairment

Fluxo de trabalho completo para Análise de histona modificações pós-traducionais Usando Bottom-up Espectrometria de Massa: De histona Extração de Análise de Dados

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