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생물학

Un protocolo para el uso de gen Set enriquecimiento análisis para identificar el modelo Animal adecuado para la investigación traslacional

JoVE 신문
생물학

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JoVE 신문 생물학

A Protocol for Using Gene Set Enrichment Analysis to Identify the Appropriate Animal Model for Translational Research

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Un protocolo para el uso de gen Set enriquecimiento análisis para identificar el modelo Animal adecuado para la investigación traslacional

DOI:

10.3791/55768-v

•

09:35 min

•

August 16, 2017

•

Christopher Weidner, Matthias Steinfath, Elisa Wistorf, Michael Oelgeschläger, Marlon R. Schneider, Gilbert Schönfelder²

¹Department of Experimental Toxicology and ZEBET,German Federal Institute for Risk Assessment (BfR), ²Department of Clinical Pharmacology and Toxicology,Charité-Universitätsmedizin Berlin

Chapters

00:05Title
00:54Performing the Game Set Enrichment Analysis (GSEA)
05:46Comparing the GSEA Results and Identifying the Optimal Animal Model
07:55Results: Overlap of Pathway Regulation Identifies Suitable and Unsuitable Animal Models
08:49Conclusion

Summary

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Proporcionamos un protocolo estandarizado para el uso del gen enriquecimiento conjunto análisis transcriptómico datos para identificar un modelo de ratón ideal para la investigación traslacional.
Este protocolo se puede utilizar con microarrays de ADN y datos de la secuencia de RNA y puede ampliarse aún más a otros datos ómicos si se dispone de datos.

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Prueba de sensibilidad visual a la velocidad y dirección del movimiento en lagartos

Los estímulos generados por ordenador Modelo animal

Utilizando el sistema de electroporación Gene Emisores MXcell para transfectar células primarias con alta eficiencia

Análisis de todo el genoma con chip para identificar objetivos específicos para cada isoforma Gene

El método de cultivo de embriones de roedores enteros utilizando el sistema de tipo de botella rotador Cultura

El aislamiento de los ribosomas polipéptidos nacientes Bound<em> In vitro</em> Para la identificación de sitios de traslación pausa a lo largo del ARNm

Usar secuencias de detención SecM como una herramienta para aislar Ribosome polipéptidos enlazados

Using Caenorhabditis elegans as a Model System to Study Protein Homeostasis in a Multicellular Organism

Xenopus laevis como modelo para identificar Traducción Deterioro

Flujo de trabajo completo para el análisis de las histonas modificaciones post-traduccionales El uso de espectrometría de masas de abajo hacia arriba: A partir de la histona Extracción de Análisis de Datos

Un protocolo para el uso de gen Set enriquecimiento análisis para identificar el modelo Animal adecuado para la investigación traslacional

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