Detta protokoll beskriver isoleringen av muskelstamceller och fibro-adipogenic progenitorer från enskilda skelettmuskler hos möss. Protokollet innefattar dissektion av enstaka muskler, stamcellsisolering genom fluorescensaktiverad cellsortering, renhetsbedömning genom immunofluorescensfärgning och kvantitativ mätning av S-fasinträde med 5-etynyl-2'-deoxiuridininkorporeringsanalys.