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33.1:

系统发育树

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Biology
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Phylogenetic Trees

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系统进化树 [讲师]系统进化树展现了 生物之间的进化关系 这关系就像树一样 有树冠、分支、节点、根 具体来说 树冠是表示 现存的类群 分支则表示先祖和后代之间 渐进的变化 如基因序列变异 或者像羽毛这种的特征变化 有着直系共同祖先 姐妹分类群的群体是近亲 它们的分支会有交叉节点 例如蜥蜴、鸟类、啮齿类动物和人类 一个基本节点对应的是 树中生物最近亲的祖先 系统进化树囊括了有着共同祖先的 后代生物 如果一个群体包含了它的直系共同祖先 和所有相应的后代 则成为包层群体或单系群体 例如 所有现存的带有羽毛的脊椎动物 都认为属于鸟类 并系群体都有一个共同祖先物种 和部分它们的后代 例如 除了哺乳动物和鸟类外 所有的带鳞的四肢动物都是爬行动物 历史上 曾有生物学家把一些 生物归类为多系生物 这个现今不再使用的分类里 生物没有直系共同祖先 例如 食虫类动物 是指以昆虫为食的无齿哺乳类动物 生物体间的进化关系 可以通过比较病理形态 或遗传学特征来确定 为准确构建系统进化树 科学家开始尝试不同方法 例如最大简约性法和最大可能性 通过使用最大简约性法 可以假设 生物体间变化的最小量 考虑到麋鹿、鲑鱼和鲸 在系统进化树上的不同排布 鲑鱼和鲸都属于海洋生物 似乎最简单的解释就是 鲑鱼和鲸是单系群 不过 再来看它们的解剖情况 鲸和麋鹿则更为接近 将麋鹿和鲸放在一起 可以假设较少的进化改变 是复杂度较低的情景 即最大简约性的目标 还有一种方法 最大可能性法 这要考虑到并非所有改变 都是同等的可能性 根据最可能的情景 来构建系统 进化树 来指向被观察的生物体 例如 科学家通过DNA序列 来构建系统进化树 可能会考虑到与鸟嘌呤相比 腺嘌呤更容易被硫胺代替 复杂的计算机算法可以辅助 构建最为简约 最可能的系统进化树

33.1:

系统发育树

系统发育树有多种形式。重要的是生物体从树的底部到顶部排列的顺序,但是树枝可以在它们的节点处旋转而不改变信息。连接各个节点的线可以是直的,有角度的,甚至是弯曲的。

分支的长度可以描述生物之间的时间或相对变化量。例如,分支长度可能表示系统发育树下序列中氨基酸的变化数量。确切的含义必须在系统发生树的一个图例上清楚地显示出来。如果没有这样的图例,则分支长度是任意的,读者不应推断任何信息。

树可能有根,也可能没有根。如果所有兴趣有机体的最新共同祖先未知,则该树不会被拔出。在本例中,系统发育关系的描述类似于雪花,而不是树。科学家可以在分析中加入一个外群体,从而使这棵树生根。外群是一种与科学家希望在树上排列的任何有机体都不密切相关的有机体。

Suggested Reading

Gregory, T. Ryan. “Understanding Evolutionary Trees.” Evolution: Education and Outreach 1, no. 2 (April 2008): 121. [Source]

Sober, Elliott. “The Contest Between Parsimony and Likelihood.” Systematic Biology 53, no. 4 (August 1, 2004): 644–53. [Source]