– [Verteller] Fylogenetische stambomen geven de de evolutionaire relaties tussen organismen weer. De relaties nemen de vorm aan van een boom met uiteinden, takken, knooppunten en een wortel. De uiteinden van de boom vertegenwoordigen de nog bestaande, of levende taxa en de takken duiden op evolutionaire veranderingen tussen voorouders en nakomelingen, zoals de verandering in de DNA-sequentie, of de evolutie van een kenmerk, zoals veren. Groepen die een directe gemeenschappelijke voorouder delen, zustertaxa, zijn hun naaste verwanten en delen knooppunten, punten waar takken elkaar ontmoeten, zoals hagedissen, en vogels en knaagdieren en mensen. Een basaal knooppunt komt overeen met recentste gemeenschappelijke voorouder van alle organismen in de boom. Fylogenetische stambomen groeperen organismen die afstammen van een gemeenschappelijke voorouder. Wanneer een groep de recentste gemeenschappelijke voorouder en al zijn nakomelingen bevat, wordt deze een clade of een monofyletische groep genoemd. Bijvoorbeeld, alle levende gewervelde dieren met veren worden als vogels beschouwd. Een parafyletische groep omvat een gemeenschappelijke voorouder en enkele van zijn nakomelingen. Bijvoorbeeld, alle geschubde dieren met vier poten zijn reptielen, met uitzondering van zoogdieren en vogels. Historisch gezien classificeerden biologen sommige organismen ook als polyfyletisch. Deze verlaten aanduiding groepeerde organismen die geen onmiddellijke gemeenschappelijke voorouder delen. Bijvoorbeeld, insectivora zijn tandloze insectenetende zoogdieren. De evolutionaire relaties tussen organismen kunnen worden bepaald door morfologische of genetische kenmerken te vergelijken. Om nauwkeurige fylogenetische stambomen te maken, wenden wetenschappers zich tot methoden zoals maximale parsimony en maximale waarschijnlijkheid. Met maximale parsimony veronderstelt men de minste hoeveelheid verandering tussen organismen. Kijk naar de indeling van eland, zalm en walvis op een fylogenetische stamboom. Zowel de zalm als de walvis zijn zeedieren. De eenvoudigste verklaring lijkt dat zalm en walvissen een monofyletische groep vormen. Een nadere beschouwing van hun anatomie onthult echter dat de walvis en de eland nauwer verwant zijn, waardoor het samen plaatsen van elanden en walvissen minder evolutionaire veranderingen met zich meebrengt. Een minder gecompliceerd scenario, dat is het doel van analyse van maximale parsimony. Een alternatieve aanpak, maximale waarschijnlijkheid, beschouwt dat niet alle veranderingen even aannemelijk zijn. Men kan dus een fylogenetische stamboom maken op basis van het meest waarschijnlijke scenario, dat tot de waargenomen organismen leidt. Bijvoorbeeld, de wetenschapper die de fylogenetische stamboom maakt uit DNA-sequenties, zou er rekening mee kunnen houden met dat adenine gemakkelijker wordt vervangen door guanine dan door thymine. Geavanceerde computeralgoritmen helpen met het opstellen van de meest schaarse en meest waarschijnlijke fylogenetische stambomen.
