Un método práctico y novela para extraer el ADN genómico de los kits de extracción de sangre para la Preservación Plasma Protein

Summary

Estamos describiendo un nuevo método de aislamiento de ADN genómico a partir de sangre entera recogida para el plasma / serología. Después de la recogida de plasma, la sangre compactado se normalmente se descarta. Nuestro nuevo método representa una mejora significativa sobre los métodos existentes y hace que el ADN y el plasma disponible a partir de una sola colección, sin solicitar la sangre adicional.

Abstract

Los exámenes de laboratorio pueden realizarse en las partes móviles o fluido de la sangre. El uso de diferentes tubos de recogida de sangre determina la porción de la sangre que puede ser analizada (sangre entera, plasma o suero). Los laboratorios que participan en el estudio de la base genética de los trastornos humanos se basan en la sangre entera anticoagulada recogido en vacutainer con EDTA como la fuente de ADN para el análisis genético / genómico. Debido a que la mayoría de laboratorios clínicos realizan las pruebas bioquímicas, serológicas y virales como un primer paso en la investigación resultado fenotípico, también se recogió sangre anticoagulada en el tubo que contiene heparina (tubo de plasma). Por lo tanto cuando el ADN y el plasma se necesitan para análisis simultáneos y paralelos de datos genómicos y proteómicos tanto, es habitual para recoger la sangre tanto en tubos de heparina y EDTA. Si la sangre se puede recoger en un solo tubo y servir como una fuente tanto para el plasma y de ADN, que el método sería considerado un avance a la metanfetamina existentesods. El uso de la sangre compactada después de la extracción de plasma representa una fuente alternativa para el ADN genómico, minimizando así la cantidad de muestras de sangre procesadas y reducir el número de muestras requeridas de cada paciente. Esto en última instancia, ahorrar tiempo y recursos.

El sistema de recogida de sangre P100 BD para la conservación de las proteínas del plasma se crea como un método mejorado más de plasma anterior o recogida de suero tubos ^1, para estabilizar el contenido de proteína de la sangre, permitiendo un mejor descubrimiento de biomarcadores de proteínas y proteómica experimentación a partir de sangre humana. Los tubos P100 BD contienen 15,8 ml de K2EDTA secado por pulverización y un amplio espectro de cóctel patentada liofilizado de inhibidores de la proteasa para evitar la coagulación y estabilizar las proteínas del plasma. También incluyen un separador mecánico, que proporciona una barrera física entre el plasma y glóbulos de células después de la centrifugación. Algunos métodos se han ideado para extraer el ADN de la sangre coagulada samples recogieron en tubos de plasma viejos ^2-4. Desafíos de estos métodos se asocian principalmente con el tipo de separador dentro de los tubos (gel separador) y se incluyen dificultad en la recuperación de la sangre coagulada, la inconveniencia de fragmentar o dispersar el coágulo, y obstrucción de la extracción del coágulo por el gel de separación.

Se presenta el primer método que extrae y purifica el ADN genómico de la extracción de sangre en los nuevos tubos P100 BD. Se compara la calidad de la muestra de ADN de P100 tubos para que a partir de tubos de EDTA. Nuestro enfoque es simple y eficiente. Se trata de cuatro pasos principales de la siguiente manera: 1) el uso de una BD P100 plasma (Diagnósticos de BD, Sparks, MD, EE.UU.) con el tubo separador mecánico de extracción de sangre, 2) la eliminación de la separación mecánica mediante una combinación de sacarosa y una estéril gancho de clip de papel metálico, 3) la separación de la capa de la capa leucocitaria que contiene los glóbulos blancos y 4) el aislamiento del ADN genómico a partir de lacapa leucocitaria usando un kit de extracción de ADN comercial regular o un protocolo estándar similar.

Protocol

1. Recogida de muestras Recoger muestras de sangre de individuos con el consentimiento informado adecuado. Para cada individuo, dibuja 4 a 5 ml de sangre en un tubo P100 (BD Diagnostics, Franklin Lake, NY, EE.UU.). Para propósitos de comparación, al mismo tiempo recoger la sangre en un tubo con EDTA. Los tubos P100 BD contienen 15,8 ml K2EDTA secado por pulverización y un amplio espectro de cóctel patentada liofilizado de inhibidores de la proteasa para evitar la coagulación y estabilizar las p…

Representative Results

Evaluación de la calidad del ADN y medición de la concentración Los rendimientos de P100_DNAs fueron significativamente más bajos que los de EDTA_DNAs (Tablas 1 y 2). La pureza del ADN representada por su valor de 260/280 proporción es similar tanto para el conjunto de la muestra y P100_DNA EDTA_DNA (Tablas 1 y 2). La calidad del ADN es bastante uniforme dentro de cada conjunto de la muestra a pesar de cierta degradación …

Discussion

Muchas enfermedades humanas tienen causas genéticas y exploración de la base genética de la enfermedad humana exige un ADN de alta calidad cada vez mayor. La fuente más común de ADN utilizado en los estudios genéticos se sangre entera anticoagulada. Debido a que la mayoría de laboratorios clínicos realizan las pruebas bioquímicas, serológicas, y virales como un primer paso en la investigación resultado fenotípico, la sangre se recoge a menudo en un tubo de plasma. Después de la recogida del plasma, la sangr…

Materials

Name of the reagent/equipment	Company	Catalogue number
BD P100 tubes	BD Diagnostics	366448
EDTA tubes	BD Diagnostics	367863
Sucrose	Sigma	S9378
Paper clip	Office product
15 ml tube	Corning	430052
Red blood cells (RBC)	Qiagen	158389 (kit)
Phosphate Buffer Saline (PBS)	Thermo Scientific	SH30256.01
BioSprint 96 DNA Blood Kit (48)	Qiagen	940054
1.7 ml microtubes	Axygen	MCT-175-C
Human Immuno DNA Analysis BeadChip Kit	Illumina	WG-352-1001
Bead array reader	Illumina	NA
GenomeStudio Software	Illumina	N/A