Summary

Атомно-силовая микроскопия красных фонарей фоторецепторов Использование Mapping PeakForce Количественный Наномеханические недвижимости

Published: October 24, 2014
doi:

Summary

A method for investigating the structure of a protein photoreceptor using atomic force microscopy (AFM) is described in this paper. PeakForce Quantitative Nanomechanical Property Mapping (PF-QNM) reveals intact protein dimers on a mica surface.

Abstract

Атомно-силовая микроскопия (АСМ) использует кончик пирамидальную прикрепленный к консоли для исследования силы реакции поверхности. Отклонения от кончика может быть измерена до ~ 10 PN с помощью лазера и детектора секторной, которые могут быть преобразованы в изображение топографии. Амплитудной модуляции или "режим нажатием" АСМ включает в себя зонд, делая прерывистый контакт с поверхностью, колеблясь на своей резонансной частоте, чтобы произвести изображение. При использовании в сочетании с жидкостью камере, нажав режима АСМ позволяет томографии биологических макромолекул, таких как белки в физиологически соответствующих условиях. Нажатие режиме АСМ требуется ручной настройки зонда и частых корректировок множества параметров сканирования, которые могут быть сложными для неопытных пользователей. Для получения высококачественных изображений, эти корректировки наиболее трудоемким.

PeakForce Количественный Наномеханические Сопоставление свойств (PF-QNM) создает изображение путем измерения силы responсебе кривая для каждой точки контакта с образцом. С ScanAsyst программного обеспечения, PF-QNM могут быть автоматизированы. Это программное обеспечение регулирует уставки, частоты вращения, скорости сканирования, прирост, и другие важные параметры сканирования автоматически для данного образца. Мало того, что этот процесс защиты как хрупкие зондов и образцов, это значительно сокращает время, необходимое для получения изображений с высоким разрешением. PF-QNM совместим для АСМ изображений в жидкости; Поэтому, он имеет широкое применение для визуализации биологически соответствующие материалы.

Метод, представленный в этой статье описывается применение ПФ-QNM получать изображения бактериальной красных фонарей фоторецепторов, RpBphP3 (P3), от фотосинтеза R. болотный в свет адаптированы государства. С помощью этого метода, отдельные белковые димеры Р3 и агрегаты димеров были обнаружены на поверхности слюды в присутствии буфера визуализации. С соответствующими корректировками в поверхностные и / или концентрации раствора, этот методкак правило, может быть применено к другим биологически соответствующих макромолекул и мягких материалов.

Introduction

Атомно-силовая микроскопия (АСМ) стал очень важным инструментом для исследования структурных и механических свойств поверхностей, тонких пленок и одиночных молекул с момента ее изобретения в 1986 году (Рисунок 1). 1-3 Использование жидкого-клетку, метод имеет становятся особенно полезно при исследовании биологических макромолекул, и даже живых клеток в физиологически соответствующей среде. 4-10 Нажатие режиме АСМ традиционно используется для визуализации мягких материалов или слабо связанные молекулы на поверхность, так как в контактном режиме АСМ, как правило, непригодны вследствие чтобы ущерб, причиненный боковых сил, действующих на образце кантилевера. 11 Нажатие режиме АСМ существенно снижает эти силы, имея верхушка периодически прикасайтесь к поверхности, а не находясь в постоянном контакте. В этом режиме кантилевер колебались в или около его резонансной частоты, нормальном к поверхности. Аналогично связаться-режим АСМ, топография аналyzed путем построения движение г-пьезо как функция ху (расстояние).

Динамика консольные может быть довольно нестабильным на или вблизи резонанса; Поэтому, они очень сложной для автоматизации пределами "стационарном" ситуации. В частности, эта динамика зависят как от свойств образца и среды сканирования. Для мягкой молекулы, адсорбированной на жесткий (ER) поверхности, хорошо настроенный контур обратной связи для молекулы может привести к обратной колебаний на поверхности. Работа в жидкости дальнейшего усложняет настройку консоли. Изменения в уровнях температуры или жидкости требуют постоянного корректировку уставки, прибыли и других показателей визуализации. Эти корректировки, как правило, очень много времени и сложной для пользователей.

Пиковое усилие Количественный Наномеханические Сопоставление свойств (PF-QNM), как кратковременное нажатие АСМ, позволяет избежать латеральных взаимодействий на периодически контактирование образца (рисунок 2). 12-15 </ SUP> Однако, ПФ-QNM работает в не-резонансном режиме и частотах, значительно меньших, чем нажав режиме АСМ. Это исключает проблемы настройки нажав режиме AFM, в частности, усугубляется при наличии жидкости. С PF-QNM, изображения собраны, взяв кривую силы в каждой точке контакта. С добавлением ScanAsyst программного обеспечения, 15 регулировка параметров сканирования могут быть автоматизированы и изображения с высоким разрешением получены в считанные минуты с помощью даже неопытным пользователям. После того, как пользователь становится больше знакомы с АСМ, некоторые или все из автоматизированных параметров может быть отключена в любой момент, который позволяет экспериментаторам, чтобы точно настроить качество изображения вручную. С момента своего создания, PF-QNM была применена для сопоставления бактериородопсин, мембранный белок, и другие родные белки в субмолекулярном уровне. 16-18 Для бактериородопсине, существует прямая корреляция между гибкостью белка и рентгеновской кристаллографии структур. 12 PF -QnM был использован для исследования живых клеток с высоким разрешением. 19,20 Кроме того, данные PF-QNM уже выяснены важные связи между структурой и механики в мембране эритроцитов, что имеют решающее значение для целостности и функции клеток. +21

Мы использовали сканирующей зондовой микроскопии методы (SPM), 22 в том числе AFM, 23 изучать структуру красных фонарей фоторецепторов названием bacteriophytochromes (BphPs). 24,25 Они состоят из светового модуля зондирования, ковалентно связанной с сигнализации-эффекторной модуля такой как гистидинкиназа (HK). 26 Световой модуль зондирования обычно содержит билин хромофора, которая подвергается структурной трансформации при поглощении фотона, с серией структурных изменений, достигающих модуль сигнализации-эффекторной и ведущих к глобальной трансформации всей белка . 24,27-29 На основе этой трансформации, есть два различных светопоглощающий сTates из BphPs, красной и дальней красной света поглощая государства, обозначается как Pr и ПФР. Pr термически стабилен, адаптируются к темноте состояние для большинства BphPs. 28 Молекулярные основы Pr / Pfr фотопреобразования не совсем понял ввиду ограниченности структурного знания этих белков. За исключением одной структуры из D. radiodurans, 30 все опубликованные рентгеноструктурного структуры этих белков являются в темно-адаптированы состоянии и не имеют домен эффектора. Интактные BphPs слишком велики, чтобы быть эффективно исследованы ядерного магнитного резонанса (ЯМР) и, как известно, трудно кристаллизуются в их интактной форме (особенно в легкой приспособлены государства) для рентгеновской кристаллографии. BphPs недавно были разработаны как белковых маркеров инфракрасный люминесцентных (IFP ы). 31 Структурная характеристика этих белков может далее помощь в эффективной IFP дизайна. 32-36

В центре внимания этой статьи является представление процедурувизуализация BphPs использованием жидкого клеток AFM через PF-QNM. Метод свидетельствуют исследования, светового приспособлены состояния bacteriophytochrome RpBphP3 (P3) от фотосинтетических бактерий Р. болотный. Процедура АСМ, представленные здесь, удобный и простой подход для визуализации белков, а также другие биологические макромолекулы. С помощью этого метода, конструктивные детали из отдельных молекул могут быть собраны в течение короткого периода времени, аналогичного к научно-лабораторного курса сеанса верхнего уровня. Через измерения сечений и комплектующих дальнейшие размерные анализы, экспериментальные данные можно сравнить с полезных вычислительных моделей. 37-42

Protocol

1 Компьютерные и микроскоп Настройка Откройте клапан N 2 цилиндра и отрегулируйте ручки для обеспечения воздушный стол является плавающей и уровень. Включите компьютер, контроллер, и волоконно-оптического света в этом порядке. Установите сканер к АСМ режиме / ЛЧМ ?…

Representative Results

Представительства АСМ изображения фоторецепторной белка, P3, благодаря малой приспособлены государства представлены на рисунках 3 и 4. Свеже-слюда субстрат (3А) является подходящим, плоская поверхность для адсорбции белка. Сбор изображение чистой слюды в каче…

Discussion

АСМ является сканирующий зондовый метод микроскопии в полной мере способны визуализации белков и других биологических макромолекул в физиологически соответствующих условиях. По сравнению с рентгеновской кристаллографии и ЯМР, одно ограничение АСМ является его неспособность достич…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Программа NSF-МРТ (CHE: 1229103) признается для финансирования покупки новых управляющей электроникой, программное обеспечение, жидких клеток, и другое оборудование, необходимое для сборки двойную AFM / STM. Мы признаем, общие удобства в университете программы Чикаго NSF-MRSEC (DMR-0820054) для помощи с АСМ-измерительных приборов, обучение и изображений, а также для приборам предоставляться научно-исследовательские центры сети материалов (DMR-0820054). Мы особенно благодарим доктора Qiti Го, д-р Джастин Jureller, и профессор Ка Йи Ли за приветствуя наших студентов до финансирования предложения NSF-МРТ, которая принесла все необходимое оборудование, чтобы наш кампус. Мы признаем, финансирование из STEM гранта Название III (ID: P031C110157) присуждена Северо-Восточного Иллинойского университета, который предоставил летние исследовательские стипендии для студентов и преподавателей, а также поддержку для расходных материалов. Наконец, мы признаем Bruker-Nano, Inc для продолжения инструментальной поддержки и разрешения по гeproduce график, показывающий механизм PeakForce QNM и использовать слово ScanAsyst описать автоматизированное программное обеспечение.

Materials

Name of Material/Equipment Company Catalog # Comments
Tris-HCl Fisher Scientific O4997-100
NaCl Acros Organics 7647-14-5
MgCl2 Acros Organics 7791-18-6
Multimode 8 AFM Bruker-Nano 492-008-011 equipped with Nanoscope V controller and J scanner
Probe Bruker-Nano SNL-10, ScanAsyst-Fluid+
Tapping Mode Fluid Cell Bruker-Nano MTFML
Mica V-4 Grade SPI supplies 1150503 25 x 25 x .26 mm
Sample support disk nanoSurf BT02236
Petri dish Plasta-Medic, Inc. 100 mm x 15 mm 
micropipettors Denville Scientific XL 3000i
RpBphP3 Prepared according to cited references
Nanoscope software Bruker-Nano
Fiber Optic Light Digital Instruments Inc. F0-50
Pelco AFM Disc Gripper Ted Pella Inc 1668 12 mm
1 ml syringe McKesson 102-ST1C
Eppendorf tubes Denville Scientific C2171
The Pymol Molecular Graphic System v.1.5.0.1 Schrodinger, LLC

References

  1. Binnig, G., Quate, C. F., Gerber, C. Atomic Force Microscope. Phys. Rev. Lett. 56, 930-933 (1986).
  2. Sonnenfeld, R., Hansma, P. K. Atomic-Resolution Microscopy in Water Science. 232, 211-213 (1986).
  3. Nikiforov, M. P., Darling, S. B. Concurrent Quantitative Conductivity and Mechanical Properties Measurements of Organic Photovoltaic Materials using AFM. J. Vis. Exp. 71, (2013).
  4. Bahatyrova, S. The Native Architechure of a Photosynthetic Membrane. Nature. 430, 1058-1061 (2004).
  5. Sturgis, J. N., Tucker, J. D., Olsen, J. D., Hunter, C. N., Niederman, R. A. Atomic Force Microscopy Studies of Native Photosynthetic Membranes. Biochem. 48, 3679-3698 (2009).
  6. Pelling, A. E., Li, Y., Shi, W., Gimzewski, J. K. Nanoscale visualization and characterization of Myxococcus xanthus cells with atomic force microscopy. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 102, 6484-6489 (2005).
  7. Viani, M. B. Probing Protein-Protein Interactions in Real-Time. Nature: Structural Biology. 7, 644-648 (2000).
  8. Hook, F., Kasemo, B., Grunze, M., Zauscher, S. Quantitative Biological Surface Science, Challenges and Recent Advances. ACS Nano. 2, 2428-2436 (2008).
  9. Thomas, G., Burnham, N. A., Camesano, T. A., Wen, Q. Measuring the Mechanical Properties of Living Cells Using Atomic Force Microscopy. J. Vis. Exp. (76), (2013).
  10. Murphy, P. J. M., Shannon, M., Goertz, J. Visualization of Recombinant DNA and Protein Complexes Using Atomic Force Microscopy. J. Vis. Exp. (53), (2011).
  11. Poggi, M. A. Scanning Probe Microscopy. Anal. Chem. 76, 3429-3444 (2004).
  12. Rico, F., Su, C., Scheuring, S. Mechanical Mapping of Single Membrane Proteins at Submolecular Resolution. Nano Letters. 11, 3983-3986 (2012).
  13. Foster, B. The State of Microscopy for 2012. Amer. Lab. 43, 4-6 (2011).
  14. Guzman, H. V., Perrino, A. P., Garcia, R. Peak Forces in High-Resolution Imaging of Soft Matter in Liquid. ACS Nano. 7, 3198-3204 (2013).
  15. Kaemmer, S. B. Introduction to Bruker’s ScanAsyst and PeakForce Tapping AFM Technology. , (2011).
  16. Dufrêne, Y. F., Martinez-Martin, D., Medalsy, I., Alsteens, D., Muller, D. J. Multiparametric imaging of biological systems by force-distance curve-based AFM. Nature Methods. 10, 847-854 (2013).
  17. Pfreundschuh, M., Martinez-Martin, D., Mulvihill, E., Wegmann, S., Muller, D. J. Multiparametric high-resolution imaging of native proteins by force-distance curve–based AFM. Nature Protocols. 9, 1113-1130 (2014).
  18. Pfreundschuh, M., Alsteens, D., Hilbert, M., Steinmetz, M. O., Muller, D. J. Localizing Chemical Groups while Imaging Single Native Proteins by High-Resolution Atomic Force Microscopy. Nano Letters. 14, 2957-2964 (2014).
  19. Berquanda, A. Atomic Force Microscopy Imaging of Living Cells. Microscopy Today. 18, 8-14 (2010).
  20. Heua, C., Berquand, A., Elie-Cailleb, C., Nicoda, L. Glyphosate-induced Stiffening of HaCaT Keratinocytes, a Peak Force Tapping Study on Living Cells. J. Struc. Biol. 178, 1-7 (2012).
  21. Picas, L., Rico, F., Deforet, M., Scheuring, S. Structural and Mechanical Heterogeneity of the Erythrocyte Membrane Reveals Hallmarks of Membrane Stability. ACS Nano. 7, 1054-1063 (2013).
  22. Tobias, F. G. Scanning Probe Microscopy of Bacterial Red-Light. Proc. 1465, doi:10.1557/opl.2012.1006. , (2012).
  23. Sorenson, B. A. Domain Structure of a Unique Bacterial Red Light Photoreceptor as Revealed by Atomic Force Microscopy. Mater. Res. Soc. Symp. Proc. 1652, (2013).
  24. Rockwell, N. C., Lagarias, J. C. The structure of phytochrome: a picture is worth a thousand spectra. Plant Cell. 18, 4-14 (2006).
  25. Rockwell, N. C., Shang, L., Martin, S. S., Lagarias, J. C. Distinct classes of red/far-red photochemistry within the phytochrome superfamily. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 106, 6123-6127 (2009).
  26. Noack, S., Michael, N., Rosen, R., Lamparter, T. Protein conformational changes of Agrobacterium phytochrome Agp1 during chromophore assembly and photoconversion. Biochem. 46, 4164-4176 (2007).
  27. Noack, S., Lamparter, T. Light modulation of histidine-kinase activity in bacterial phytochromes monitored by size exclusion chromatography, crosslinking, and limited proteolysis. Methods of Enzymology. 423, 203-221 (2007).
  28. Rockwell, N. C., Su, Y. S., Lagarias, J. C. Phytochrome structure and signaling mechanisms. Annual Review Plant Biology. 57, 837-856 (2006).
  29. Bhoo, S. H., Davis, S. J., Walker, J., Karniol, B., Vierstra, R. D. Bacteriophytochromes Are Photochromic Histidine Kinases Using a Biliverdin Chromophore. Nature. 414, 776-779 (2001).
  30. Takala, H. Signal amplification and transduction in phytochrome photosensors. Nature. 509, 245-248 (2014).
  31. Filonov, G. S. Stable Near-Infared Fluorescent Protein for in vivo Imaging. Nature Biotech. 29, 757-761 (2011).
  32. Samma, A. A., Johnson, C. K., Song, S., Alvarez, S., Zimmer, M. On the Origin of Fluorescence in Bacteriophytochrome Infrared Fluorescent Proteins. J. Phys. Chem. B. 114, 15362-15369 (2011).
  33. Lehtivuori, H. Fluorescence Properties of the Chromophore-Binding Domain of Bacteriophytochrome from Deinococcus radiodurans. J. Phys. Chem. B. 117, 11049-11057 (2013).
  34. Toh, K. C. Primary Reactions of Bacteriophytochrome Observed with Ultrafast Mid-Infrared Spectroscopy. J. Phys. Chem. A. 115, 3778-3786 (2011).
  35. Auldridge, M. E., Satyshur, K. A., Anstrom, D. M., Forest, K. T. Structure-guided engineering enhances a phytochrome-based infrared fluorescent protein. J. Biol. Chem. 287, 7000-7009 (2012).
  36. Toh, K. C., Stojkovic, E. A., van Stokkum, I. H., Moffat, K., Kennis, J. T. Proton-transfer and hydrogen-bond interactions determine fluorescence quantum yield and photochemical efficiency of bacteriophytochrome. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 107, 9170-9175 (2010).
  37. . The Pymol Molecular Graphic System v.1.5.0.1. , .
  38. Yang, X., Stojkovic, E. A., Kuk, J., Crystal Moffat, K. structure of the chromophore binding domain of an unusual bacteriophytochrome, RpBphP3, reveals residues that modulate photoconversion. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 104, 12571-12576 (2007).
  39. Yang, X., Kuk, J., Moffat, K. Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa bacteriophytochrome: photoconversion and signal transduction. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 105, 14715-14720 (2008).
  40. Woitowich, N. K., Garrido, C., Ozarowski, W., Stojkovic, E. A. Preliminary X-ray Crystallographic and Structural Analyses of a Bacteriophytochrome from Stigmatella aurantiaca. The FASEB Journal. 25, 928 (2011).
  41. Wagner, J. R., Zhang, J., Brunzelle, J. S., Vierstra, R. D., Forest, K. T. High resolution structure of Deinococcus bacteriophytochrome yields new insights into phytochrome architecture and evolution. J. Biol. Chem. 282, 12298-12309 (2007).
  42. Wagner, J. R. Mutational analysis of Deinococcus radiodurans bacteriophytochrome reveals key amino acids necessary for the photochromicity and proton exchange cycle of phytochromes. J. Biol. Chem. 283, 12212-12226 (2008).

Play Video

Cite This Article
Kroeger, M. E., Sorenson, B. A., Thomas, J. S., Stojković, E. A., Tsonchev, S., Nicholson, K. T. Atomic Force Microscopy of Red-Light Photoreceptors Using PeakForce Quantitative Nanomechanical Property Mapping. J. Vis. Exp. (92), e52164, doi:10.3791/52164 (2014).

View Video