Быстрое Молекулярная Обнаружение и дифференциация вирусов гриппа А и В
Summary
Мы описываем быстрый, молекулярный основе гриппа A и B анализа. Гриппа тест определяет каждую мишень в течение 15 мин с использованием изотермического амплификации с гриппом специфических праймеров с последующим обнаружения цели с зондами молекулярных радиомаяка. И В анализе гриппа А удобно и требует минимальных практического времени для выполнения.
Abstract
Грипп является респираторное заболевание, вызываемое вирусами гриппа А и В в организме человека и вызывает значительное количество заболеваемости и смертности ежегодно. Гриппа A и B для анализа был первый тест молекулярного быстрого гриппа ОРСУ-отказ от имеющихся. Испытание гриппа A и B работает с использованием изотермического амплификации с гриппом специфических праймеров с последующим обнаружения цели с зондами молекулярных радиомаяка. При этом производительность гриппа A и B для анализа на замороженное, архивируются носоглотки тампон (NPS) образцов, хранящийся в вирусной транспортной среде (VTM) сравнивали с анализом респираторного панели.
Производительность А и В анализе гриппа оценивали путем сравнения результатов с эталонной панели методом респираторной. Чувствительность к общей вируса гриппа А составила 67,5% (95% ДИ (ДИ), 56.6-78.5) и специфичность 86,9% (CI, 71.0-100). Для тестирования вируса гриппа B, чувствительность и специфичность составили 90,2% (ДИ 68.5-100) И 98,8% (ДИ 68.5-100), соответственно.
Эта система имеет преимущество значительно более короткого времени испытания, чем любой другой доступный в настоящее время молекулярного анализа и простой, пипеткой свободной процедуры работает на полностью интегрированной, закрытая, система малой площади. В целом, гриппа A и B оценивали анализ в данном исследовании, имеет потенциал, чтобы служить в качестве диагностического теста быстрого гриппа точки оказания медицинской помощи.
Introduction
Вирус гриппа инфекции приводят к значительному количеству заболеваемости и смертности каждый год 1, 2, 3. Несложный гриппа характеризуется конституционными и респираторные симптомы , такие как лихорадка, миалгии, головная боль и непродуктивный кашель 4, 5. Люди старшего возраста, детей младшего возраста, пациентов с ослабленным иммунитетом, а также у пациентов с сопутствующими заболеваниями , лежащих в основе находятся на более высоком риске для серьезных осложнений , таких как пневмония, миокардит, заболевания центральной нервной системы, или смерти 6, 7.
Инфекция гриппа является уникальным от других респираторных вирусов в том , что быстрое введения противовирусной терапии в течение 48 часов после появления симптомов может уменьшить тяжесть заболевания и длину 8. Быстрая идентификация гриппа также былапоказано , чтобы уменьшить использование ненужных антибиотиков 9, 10. Кроме того, госпитализированных пациентов с инфекцией гриппа должны быть размещены в изолированных помещениях с соответствующими мер инфекционного контроля. Тем не менее, респираторные заболевания, вызванные вирусами гриппа, не может быть трудно клинически отличить от гриппа. По этой причине, быстрого и точного диагностического тестирования на грипп является очень важным для клинического лечения пациента.
Некоторые анализы доступны для обнаружения и идентификации вирусов гриппа. Экспресс – тесты для выявления антигенов гриппа (RIDTs) широко используются в клинической практике в качестве точки оказания медицинской помощи тестов , потому что они просты в использовании и обеспечивают результаты в течение от 15 до 30 мин 11, 12; Тем не менее, их чувствительность широко (10-80%) в зависимости от производителя и населения испытывается различаются, и типа гриппа и subtyре 13, 14, 15. Прямые анализы флуоресценции (ДКА) обеспечивают превосходные чувствительность над RIDTs, но время обработки больше (~ 3 ч) и должны быть завершены квалифицированными технологами 16, 17. Вирусная культура была золотым стандартом для диагностики гриппа и улучшилась чувствительность в отношении обоих RIDTs и ДКА 18. Тем не менее, грипп вирусная культура может занять от 2-14 г до завершения, уменьшая его полезность в помощи лечения пациента 19. И, наконец, тесты амплификации нуклеиновых кислот (NAAT) заменили методы культуры в качестве нового золотого стандарта в диагностике гриппа. NAAT считаются имеющими наибольшую чувствительность для обнаружения гриппа в течение нескольких часов. Однако NAAT самые дорогие анализы и требуют специализированного оборудования и технологов для выполнения 5 <sвверх>, 20, 21, 22, 23, 24, 25.
Анализ гриппа А и В, описанный здесь первый ОРСУ-отказ от молекулярного экспресс-тест гриппа, который легко доступен. Этот анализ работает с использованием реакция перекреста Эндонуклеаза Amplification (Near), который использует изотермический амплификации с гриппом специфических праймеров с последующим обнаружения цели с зондами молекулярных радиомаяка. Этот анализ отличает гриппа A от B, требуется 2 минуты, чтобы установить и обработать один образец, и требует в общей сложности 15 минут, чтобы закончить.
Здесь мы представляем протокол для анализа гриппа A & B. Кроме того, мы предлагаем образец набора данных сравнения характеристик вируса гриппа A и B анализа на архивизированных носоглотки тампон (NPS) экземпляры хранятся в вирусной транспортной среде (VTМ) к другому респираторного анализа возбудитель панели.
Protocol
Representative Results
Discussion
Вирусы гриппа значительные мировые причины заболеваемости и смертности. Быстрый и точный диагноз гриппа является одним из основных ключей к управлению во время вспышки гриппа респираторного сезона. Другие тесты антиген на основе являются быстрым и легким для выполнения; Тем не менее,…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
We thank the Clinical Microbiology Service staff of the Memorial Sloan-Kettering Cancer Center for help in collecting clinical specimens. This study was supported in part by a research agreement between MSKCC and Alere Scarborough (SK2013-0262).
Materials
| Alere i Instrument | Alere | NAT-000 (Global), NAT-024 (US) | |
| Alere i Influenza A & B 24 Test Kit | Alere | 425-000 (Global), 425-024 (US) | |
| Alere i Barcode Scanner | Alere | EQ001001 | |
| Alere Universal Printer | Alere | 55115 (Global), alereiprinter (US) | |
| 200 µL precision pipette | |||
| 200 µL disposable pipette tips | |||
| Viral transport medium | Remel | M4-RT |
References
- . . Prevention control of seasonal influenza with vaccines. Recommendations of the Advisory Committee on Immunization Practices–United States, 2013-2014. , 1-43 (2013).
- Poehling, K. A., et al. The Underrecognized Burden of Influenza in Young Children. New England Journal of Medicine. 355 (1), 31-40 (2006).
- . Estimates of Deaths Associated with Seasonal Influenza — United States, 1976-2007. MMWR. 59 (33), 1057-1089 (2010).
- Agrawal, A. S., et al. Comparative evaluation of real-time PCR and conventional RT-PCR during a 2 year surveillance for influenza and respiratory syncytial virus among children with acute respiratory infections in Kolkata, India, reveals a distinct seasonality of infection. Journal of Medical Microbiology. 58 (12), 1616-1622 (2009).
- Ginocchio, C. C. Strengths and Weaknesses of FDA-Approved/Cleared Diagnostic Devices for the Molecular Detection of Respiratory Pathogens. Clinical Infectious Diseases. 52, 312-325 (2011).
- Grohskopf, L. A., et al. Prevention and control of seasonal influenza with vaccines: recommendations of the Advisory Committee on Immunization Practices-United States, 2013-2014. MMWR Recomm Rep. 62 (07), 1-43 (2013).
- Molinari, N. -. A. M., et al. The annual impact of seasonal influenza in the US: measuring disease burden and costs. Vaccine. 25 (27), 5086-5096 (2007).
- Aoki, F. Y., et al. Early administration of oral oseltamivir increases the benefits of influenza treatment. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 51 (1), 123-129 (2003).
- Noyola, D. E., Demmler, G. J. Effect of rapid diagnosis on management of influenza A infections. The Pediatric infectious disease journal. 19 (4), 303-307 (2000).
- Sharma, V., Dowd, M., Slaughter, A. J., Simon, S. D. EFfect of rapid diagnosis of influenza virus type a on the emergency department management of febrile infants and toddlers. Archives of Pediatrics & Adolescent Medicine. 156 (1), 41-43 (2002).
- Dale, S. E., Mayer, C., Mayer, M. C., Menegus, M. A. Analytical and clinical sensitivity of the 3M rapid detection influenza A+B assay. J Clin Microbiol. 46 (11), 3804-3807 (2008).
- van Doorn, H. R., et al. Clinical validation of a point-of-care multiplexed in vitro immunoassay using monoclonal antibodies (the MSD influenza test) in four hospitals in Vietnam. J Clin Microbiol. 50 (5), 1621-1625 (2012).
- Hurt, A. C., Alexander, R., Hibbert, J., Deed, N., Barr, I. G. Performance of six influenza rapid tests in detecting human influenza in clinical specimens. Journal of Clinical Virology. 39 (2), 132-135 (2007).
- Fiore, A. E., et al. Antiviral agents for the treatment and chemoprophylaxis of influenza — recommendations of the Advisory Committee on Immunization Practices (ACIP). MMWR Recomm Rep. 60 (1), 1-24 (2011).
- Harper, S. A., et al. Seasonal influenza in adults and children–diagnosis, treatment, chemoprophylaxis, and institutional outbreak management: clinical practice guidelines of the Infectious Diseases Society of America. Clin Infect Dis. 48 (8), 1003-1032 (2009).
- Hannoun, C., Tumova, B. Survey on influenza laboratory diagnostic and surveillance methods in Europe. European Journal of Epidemiology. 16 (3), 217-222 (2000).
- Leonardi, G. P. Rapid identification of 2009 H1N1 influenza A virus using fluorescent antibody methods. Am J Clin Pathol. 134 (6), 910-914 (2010).
- Chartrand, C., Leeflang, M. M. G., Minion, J., Brewer, T., Pai, M. Accuracy of Rapid Influenza Diagnostic TestsA Meta-analysis. Annals of Internal Medicine. 156 (7), 500-511 (2012).
- Lee, G. C., et al. Evaluation of a rapid diagnostic test, NanoSign(R) Influenza A/B Antigen, for detection of the 2009 pandemic influenza A/H1N1 viruses. Virol J. 7, 244 (2010).
- Tang, Y. W., et al. Clinical accuracy of a PLEX-ID flu device for simultaneous detection and identification of influenza viruses A and B. J Clin Microbiol. 51 (1), 40-45 (2013).
- Bandt, D., et al. Economic high-throughput-identification of influenza A subtypes from clinical specimens with a DNA-oligonucleotide microarray in an outbreak situation. Molecular and Cellular Probes. 26 (1), 6-10 (2012).
- Pierce, V. M., Elkan, M., Leet, M., McGowan, K. L., Hodinka, R. L. Comparison of the Idaho Technology FilmArray system to real-time PCR for detection of respiratory pathogens in children. J Clin Microbiol. 50 (2), 364-371 (2012).
- Teo, J., et al. VereFlu™: an integrated multiplex RT-PCR and microarray assay for rapid detection and identification of human influenza A and B viruses using lab-on-chip technology. Archives of Virology. 156 (8), 1371-1378 (2011).
- Babady, N. E., et al. Comparison of the Luminex xTAG RVP Fast assay and the Idaho Technology FilmArray RP assay for detection of respiratory viruses in pediatric patients at a cancer hospital. J Clin Microbiol. 50 (7), 2282-2288 (2012).
- Chidlow, G., et al. Duplex real-time reverse transcriptase PCR assays for rapid detection and identification of pandemic (H1N1) 2009 and seasonal influenza A/H1, A/H3, and B viruses. J Clin Microbiol. 48 (3), 862-866 (2010).
- Bell, J. J., Selvarangan, R. Evaluation of the Alere I influenza A&B nucleic acid amplification test by use of respiratory specimens collected in viral transport medium. J Clin Microbiol. 52 (11), 3992-3995 (2014).
- Nie, S., et al. Evaluation of Alere i Influenza A&B for Rapid Detection of Influenza Viruses A and B. Journal of Clinical Microbiology. 52 (9), 3339-3344 (2014).
- Chapin, K. C., Flores-Cortez, E. J. Performance of the Molecular Alere i Influenza A&B Test Compared to That of the Xpert Flu A/B Assay. Journal of Clinical Microbiology. 53 (2), 706-709 (2015).
