Echtzeit-Tracking der DNA-Fragment-Trennung durch Smartphone
Summary
Traditionelle Plattengelelektrophorese (SGE) Experimente erfordern eine komplizierte Apparatur und einen hohen chemischen Verbrauch. Diese Arbeit stellt ein Protokoll vor, das eine kostengünstige Methode zur Trennung von DNA-Fragmenten innerhalb eines kurzen Zeitrahmens beschreibt.
Abstract
Die Plattengelelektrophorese (SGE) ist die häufigste Methode zur Trennung von DNA-Fragmenten; So wird es weitgehend auf das Gebiet der Biologie und andere angewendet. Allerdings ist das traditionelle SGE-Protokoll ziemlich langweilig, und das Experiment dauert lange. Darüber hinaus ist der Chemikalienverbrauch bei SGE-Experimenten sehr hoch. Diese Arbeit schlägt eine einfache Methode zur Trennung von DNA-Fragmenten auf Basis eines SGE-Chips vor. Der Chip wird von einer Graviermaschine hergestellt. Für die Anregungs- und Emissionswellenlängen des optischen Signals werden zwei Kunststoffplatten verwendet. Das Fluoreszenzsignal der DNA-Banden wird vom Smartphone gesammelt. Um diese Methode zu validieren, wurden 50, 100 und 1000 bp DNA-Leitern getrennt. Die Ergebnisse zeigen, dass eine DNA-Leiter kleiner als 5.000 bp innerhalb von 12 min aufgelöst werden kann und mit hoher Auflösung bei der Verwendung dieser Methode, was darauf hinweist, dass es ein idealer Ersatz für die traditionelle SGE-Methode ist.
Introduction
Die Plattengelelektrophorese (SGE) ist die effektivste Methode für die DNA-Fragmenttrennung 1 , 2 , 3 , 4 , 5 und gilt somit als vielseitiges Werkzeug in biochemischen und biologischen Analysen 6 , 7 , 8 . Allerdings zeigen viele Experimente, dass SGE durch die folgenden vier Probleme eingeschränkt wird: (1) die Trennungen dauern viele Stunden und sogar Tage; (2) der chemische verbrauch ist sehr hoch; (3) es erfordert eine komplizierte Apparatur ( z. B. 2D-Elektrophoresezelle, Elektrophorese-Stromversorgung und Gelbildgebungssystem); (4) Das Gelbildgebungssystem kann nur die abgetrennten DNA-Fragmente beobachten, wenn das Experiment beendet ist. Weiterhin wird Ethidiumbromid (EtBr), das üblicherweise in SGE 9 verwendet wird ,Ass = "xref"> 10, ist mutagen und krebserregend 11 , 12 . So sollten Handschuhe bei der Übergabe von Gele mit EtBr getragen werden.
Die Kapillarelektrophorese (CE) hat zahlreiche Vorteile 13 , 14 , 15 , 16 , 17 im Vergleich zu SGE, wie z. B. automatischer Betrieb, kurze Trennzeit und geringeren Verbrauch. Allerdings ist das CE-Instrument ziemlich teuer. Um diese Einschränkungen zu überwinden, wurde daher ein System entwickelt (Abbildung 1 ) für die Trennung von DNA. Ein solches System kann den Chemikalienverbrauch nicht nur stark reduzieren und die SGE-Experimentierzeit (<8 min) speichern, sondern auch eine Echtzeit-Verfolgung des DNA-Trennprozesses im Agarosegel durch Smartphone durchführen. Durch die folgenden Verfahren in diesem Protokoll, Studenten schreienLd in der Lage sein, den SGE-Chip zu entwerfen und zu fertigen, das Agarosegel im Chip vorzubereiten, ein einfaches SGE-System mit einem Smartphone aufzustellen und den DNA-Migrationsprozess im Agarosegel aufzuzeichnen.
Protocol
Representative Results
Discussion
Agarose-Gelelektrophorese wird weithin für die Trennung von DNA, RNA und Protein eingesetzt. Diese Arbeit schlägt eine neue Methode vor, um das traditionelle Gelelektrophoreseprotokoll zu ersetzen. Die Ergebnisse zeigen, dass 50, 100 und 1000 bp DNA-Leitern in einer so kleinen zusammengebauten Vorrichtung gut getrennt werden können. Der große Vorteil dieser Methode ist, dass man nicht nur die Nukleinsäuren mit wenig chemischem Verbrauch trennen kann, sondern auch den Trennprozess aufzeichnen kann. Obwohl die DNA-Fr…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
Wir bedanken uns herzlich bei der Unterstützung der Nationalen Naturwissenschaftlichen Stiftung von China (Nr. 21205078) und des Forschungsfonds für das Doktoratsstudium für Hochschulbildung in China (No.20123120110002). Diese Arbeit wurde teilweise durch das nationale Schlüsselforschungs- und Entwicklungsprogramm von China (2016YFB1102303), das nationale grundlegende Forschungsprogramm von China (973Programm 2015CB352001) und die nationale natürliche Wissenschafts-Grundlage von China (61378060) unterstützt.
Materials
| 10×TBE | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | T1051 |
| 50bp DNA ladder | Takara Bio Inc. | 3421A |
| 100bp DNA ladder | Takara Bio Inc. | 3422A |
| 1kbp DNA ladder | Takara Bio Inc. | 3426A |
| SYBR GREEN | Takara Bio Inc. | 5760A |
| Agarose | Sigma-Aldrich Corporate | V900510 |
References
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