Summary

Mapeo de alta resolución de interacciones proteína-ADN en neuronas derivadas de células madre del ratón utilizando inmunoprecipitación de cromatina-exonucleasa (ChIP-Exo)

Published: August 14, 2020
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Summary

La determinación precisa de las ubicaciones de unión a proteínas en todo el genoma es importante para entender la regulación genética. Aquí describimos un método de mapeo genómico que trata el ADN inmunoprecipitado con cromatina con digestión exonucleasa (ChIP-exo) seguido de secuenciación de alto rendimiento. Este método detecta interacciones proteína-ADN con resolución cartográfica de par base cercano y alta relación señal-ruido en las neuronas de mamíferos.

Abstract

La identificación de interacciones específicas proteína-ADN en el genoma es importante para entender la regulación genética. La inmunoprecipitación de cromatina junto con la secuenciación de alto rendimiento (ChIP-seq) se utiliza ampliamente para identificar ubicaciones de unión a todo el genoma de proteínas que unen el ADN. Sin embargo, el método ChIP-seq está limitado por su heterogeneidad en longitud de fragmentos de ADN sonicados y ADN de fondo no específico, lo que resulta en una baja resolución cartográfica e incertidumbre en los sitios de unión al ADN. Para superar estas limitaciones, la combinación de ChIP con digestión exonucleasa (ChIP-exo) utiliza digestión exonucleasa de 5′ a 3′ para recortar el ADN inmunoprecipitado de tamaño heterogéneo al sitio de enlace cruzado proteína-ADN. El tratamiento con exonucleasa también elimina el ADN de fondo no específico. El ADN preparado por la biblioteca y digerido por exonuclease puede ser enviado para secuenciación de alto rendimiento. El método ChIP-exo permite una resolución de mapeo cercana al par base con mayor sensibilidad de detección y señal de fondo reducida. A continuación se describe un protocolo ChIP-exo optimizado para células de mamíferos y secuenciación de próxima generación.

Introduction

Las ubicaciones de las interacciones proteína-ADN proporcionan información sobre los mecanismos de regulación genética. La inmunoprecipitación de cromatina junto con la secuenciación de alto rendimiento (ChIP-seq) se ha utilizado durante una década para examinar las interacciones proteína-ADN en todo el genoma en las células vivas1,2. Sin embargo, el método ChIP-seq está limitado por la heterogeneidad en la fragmentación del ADN y la contaminación de ADN no entrante que conducen a una baja resolución cartográfica, falsos positivos, llamadas perdidas y señal de fondo no específica. La combinación de ChIP con digestión exonucleasa (ChIP-exo) mejora el método ChIP-seq recortando el ADN ChIP a los puntos de enlace proteína-ADN, proporcionando una resolución cercana al par base y una señal de fondo baja3,4,5. La resolución cartográfica muy mejorada y los bajos antecedentes proporcionados por ChIP-exo permiten determinar ubicaciones precisas y completas de unión proteína-ADN en todo el genoma. ChIP-exo es capaz de revelar motivos funcionalmente distintos de unión al ADN, interacciones cooperativas entre factores de transcripción (TF) y múltiples sitios de enlace proteína-ADN en una determinada ubicación de unión genómica, no detectable por otros métodos de cartografía genómica3,4,6,7.

ChIP-exo se utilizó inicialmente en levadura en ciernes para examinar la unión de ADN específica de secuencia de los TFs, para estudiar la organización precisa del complejo de transcripción previa a la iniciación, y la estructura sub-nucleosomal de histonas individuales a través del genoma4,8,9. Desde su introducción en 20114,ChIP-exo se ha utilizado con éxito en muchos otros organismos incluyendo bacterias, ratones y células humanas7,10,11,12,13,14,15,16,17. En 2016, Rhee et al.14 utilizaron ChIP-exo en neuronas de mamíferos por primera vez para entender cómo se mantuvo la expresión génica neuronal después de la regulación descendente de la programación tf Lhx3, que forma un complejo heterodímero con otra programación TF Isl1. Este estudio demostró que en ausencia de Lhx3, Isl1 es reclutado para nuevos potenciadores neuronales unidos por Onecut1 TF para mantener la expresión génica de genes efectores neuronales. En este estudio, ChIP-exo reveló cómo múltiples TFs reconocen dinámicamente el tipo de célula y los elementos reguladores de ADN específicos de la etapa celular de una manera combinatoria a la resolución de mapeo de casi nucleótidos. Otros estudios también utilizaron el método ChIP-exo para entender la interacción entre las proteínas y el ADN en otras líneas celulares de mamíferos. Han et al.7 utilizó ChIP-exo para examinar la organización del genoma de los TFs GATA1 y TAL1 en células eritródicas de ratón utilizando ChIP-exo. Este estudio encontró que TAL1 se recluta directamente para el ADN en lugar de indirectamente a través de interacciones proteína-proteínas con GATA1 a lo largo de la diferenciación eritroide. Estudios recientes también utilizaron ChIP-exo para perfilar las ubicaciones de unión a todo el genoma de CTCF, ARN Polymerase II y marcas de histona para estudiar mecanismos epigenómicos y transcripcionales en líneas celulares humanas18,19.

Hay varias versiones del protocolo ChIP-exo disponibles3,5,20. Sin embargo, estos protocolos ChIP-exo son difíciles de seguir para las investigaciones que no están familiarizadas con la preparación de la biblioteca de secuenciación de próxima generación. Una excelente versión del protocolo ChIP-exo fue publicada con instrucciones fáciles de seguir y un video21,pero contenía muchos pasos enzimáticos que requieren una cantidad significativa de tiempo para completarse. Aquí informamos de una nueva versión del protocolo ChIP-exo que contiene pasos enzimáticos reducidos y tiempos de incubación, y explicaciones para cada paso enzimático21. Las reacciones de reparación final y relaves dA se combinan en un solo paso utilizando la enzima de preparación final. Los tiempos de incubación de los pasos de ligadura del adaptador universal y de índice se reducen de 2 h a 15 min utilizando un potenciador de ligadura. Se elimina la reacción quinasa después del paso de ligadura del adaptador de índice descrito en el protocolo ChIP-exo anterior. En su lugar, se agrega un grupo de fosfato durante la síntesis de ADN de oligo a uno de los extremos de 5′ del adaptador de índice(Tabla 1),que se utilizará para el paso de digestión lambda exonuclease. Mientras que el protocolo chip-exo anterior utilizó la digestión RecJf exonuclease para eliminar contaminantes de ADN de una sola cadena, este paso de digestión se elimina aquí porque no es crítico para la calidad de la biblioteca ChIP-exo. Además, para purificar el ADN de enlace inverso después de la elución chip, se utiliza un método de purificación de cuentas magnéticas en lugar del método de extracción de fenol:cloroformo:alcohol isoamilo (PCIA). Esto reduce el tiempo de incubación de la extracción de ADN. Es importante destacar que elimina la mayoría de los atenuadores de adaptador formados durante la ligadura del adaptador de índice, lo que puede afectar a la eficiencia de la PCR mediada por ligadura.

El protocolo ChIP-exo presentado aquí está optimizado para la detección de interacciones precisas proteína-ADN en neuronas de mamíferos diferenciadas de las células madre embrionarias (ES) del ratón. Brevemente, las células neuronales cosechadas y reticuladas se miman, para permitir que la cromatina esté expuesta a la sonicación, luego sonicadas para que se obtengan fragmentos de ADN de tamaño adecuado(Figura 1). Las cuentas recubiertas de anticuerpos se utilizan para inmunoprecipitar selectivamente la cromatina fragmentada y soluble a la proteína de interés. Mientras que el ADN inmunoprecipitado todavía está en las cuentas, se realizan pasos de reparación final, ligadura de adaptadores de secuenciación, reacción de relleno y 5′ a 3′ pasos de digestión exonucleasa lambda. El paso de digestión exonuclease es lo que le da a ChIP-exo su alta resolución y alta relación señal-ruido. Lambda exonuclease recorta el ADN inmunoprecipitado a unos pocos pares de bases (bp) del sitio de enlace cruzado, lo que hace que el ADN contaminante se degrade. El ADN ChIP tratado con exonucleasa se eluta de las cuentas recubiertas de anticuerpos, se invierten los enlaces cruzados proteína-ADN y se degradan las proteínas. El ADN se extrae y desnaturaliza al ADN ChIP de una sola cadena, seguido de recocido de imprimación y extensión para hacer ADN de doble cadena (dsDNA). A continuación, se realiza la ligadura de un adaptador universal a los extremos tratados con exonucleasa. El ADN resultante se purifica, luego pcr amplificado, gel purificado, y sometido a secuenciación de próxima generación.

El protocolo ChIP-exo es más largo que el protocolo ChIP-seq, pero no es muy difícil técnicamente. Cualquier ADN ChIP inmunoprecipitado con éxito puede ser sometido a ChIP-exo, con varios pasos enzimáticos adicionales. Las ventajas notables de ChIP-exo, como la resolución de mapeo ultra alta, una señal de fondo reducida y la disminución de falsos positivos y negativos, con respecto a los sitios de enlace genómico, superan el costo de tiempo.

Protocol

NOTA: Se recomienda el agua destilada y desionizada autoclavada (ddH2O) para la fabricación de tampones y mezclas maestras de reacción. Las secciones 1-4 describen la lisis celular y la sonicación, las secciones 5-7 describen la inmunoprecipitación de cromatina (ChIP), las secciones 8-11 describen reacciones enzimáticas en cuentas, las secciones 12 y 13 describen la elución chip y la purificación del ADN, y las secciones 14-19 describen la preparación de la biblioteca. <strong…

Representative Results

La Figura 2A ilustra los resultados de sonicación después de la lisis celular y la sonicación, con varios ciclos, de células de neuronas motoras diferenciadas de las células ES del ratón. El número óptimo de ciclos de sonicación (por ejemplo, 12 ciclos en la Figura 2A)generó una fuerte intensidad de ADN en fragmentos de ADN de 100-400 bp. Las bibliotecas ChIP-exo de alta calidad se basan en el tamaño y la cantidad de ADN de cromatina fragmentada. Por …

Discussion

En este protocolo, chip seguido de digestión exonuclease se utiliza para obtener bibliotecas de ADN para la identificación de interacciones proteína-ADN en células de mamíferos a resolución cartográfica ultra alta. Muchas variables contribuyen a la calidad del experimento ChIP-exo. Los parámetros experimentales críticos incluyen la calidad de los anticuerpos, la optimización de la sonicación y el número de ciclos LM-PCR. Estos parámetros experimentales críticos también son lo que puede limitar los experime…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Agradecemos al miembro del laboratorio Rhee por compartir datos inéditos y discusiones valiosas. Este trabajo fue apoyado por la subvención RGPIN-2018-06404 (H.R.) del Consejo de Investigación de Ciencias Naturales e Ingeniería de Canadá (NSERC).

Materials

Agarose, UltraPure Invitrogen 16500 Checking Sonication (Section 4.3.6) and Gel Purification of LM-PCR Amplified DNA (Section 19.1)
Albumin, Bovine Serum (BSA), Protease Free, Heat Shock Isolation, Min. 98% BioShop ALB003 Blocking Solution
Antibody against Isl1 DSHB 39.3F7 Antibody incuation with beads (Section 5.6)
Bioruptor Pico  Diagenode B01060010 Sonicating Chromatin (Section 3.3)
Bovine serum albumin (BSA), Molecular Biology Grade New England BioLabs B9000S Fill-in Reaction on Beads (Section 10.2) and Denaturing, Primer Annealing and Primer Extension (Section 14.2)
Centrifuge 5424 R Eppendorf 5404000138 Sonicating Chromatin (Section 3.5), Checking Sonication (Section 4.3.1, 4.3.3 and 4.3.4)
Centrifuge 5804 R Eppendorf 22623508 Harvest, cross-linking and freezing cells (Section 1.3), Cell lysis (Section 2.2 and 2.3), Sonicating Chromatin (Section 3.1)
cOmplete, Mini, EDTA-free Protease Inhibitor Cocktail Roche 4693159001 Added to all buffers, except Proteinase K buffer and ChIP Elution buffer
dATP Solution New England BioLabs N0440S dA-Tailing Reaction (Section 15.1)
Deoxycholic Acid Sodium Salt fisher scientific BP349 Lysis Buffer 3, High Salt Wash Buffer and LiCl Wash Buffer
dNTP Mix, Molecular Biology Grade Thermo Scientific R0192 Fill-in Reaction on Beads (Section 10.2) and Denaturing, Primer Annealing and Primer Extension (Section 14.2)
DreamTaq Green PCR Master Mix, 2x  Thermo Scientific K1081 Ligation-Mediated PCR (Section 18.1)
EDTA, 0.5 M, Sterile Solution, pH 8.0 BioShop EDT111 Lysis Buffer 1-3, Checking Sonication (Section 4.1), High Salt Wash Buffer, LiCl Wash Buffer and ChIP Elution Buffer
Ethyl Alcohol Anhydrous, 100% Commercial alcohols P006EAAN Checking Sonication (Section 4.3.3)
Formaldehyde, 36.5-38%, contains 10-15% methanol Sigma F8775 Harvest, cross-linking and freezing cells (Section 1.1)
Glycerol, Reagent Grade, min 99.5% BioShop GLY002 Lysis Buffer 1
Glycine, Biotechnology Grade, min. 99% BioShop GLN001 Harvest, cross-linking and freezing cells (Section 1.2)
Glycogen, RNA Grade Thermo Scientific R0551 Checking Sonication (Section 4.3.3)
HEPES, 1 M Sterile-filtered Solution, pH 7.3  BioShop HEP003 Lysis Buffer 1, High Salt Wash Buffer
Klenow Fragment (3->5 exo-) New England BioLabs M0212S dA-Tailing Reaction (Section 15.1)
Lambda exonuclease New England BioLabs M0262S Lambda Exonuclease Digestion on Beads (Section 11.2)
Ligase Enhancer New England BioLabs E7645S NEBNext Ultra II DNA Library Kit. Index Adapter Ligation on Beads (Section 9.1) and Universal Adapter Ligation (Section 16.1)
Ligase Master Mix New England BioLabs E7645S NEBNext Ultra II DNA Library Kit. Index Adapter Ligation on Beads (Section 9.1) and Universal Adapter Ligation (Section 16.1)
Lithium Chloride (LiCl), Reagent grade Bioshop LIT704 LiCl Wash Buffer
Magnetic beads for ChIP (Dynabeads Protein G) Dynabeads Protein G (magnetic beads for ChIP) Dynabeads Protein G (magnetic beads for ChIP) Antibody incubation with beads (Section 5)
Magnetic beads for DNA purification (AMPure XP Beads) Beckman Coulter A63880 DNA Extraction (Section 13.3) and DNA Clean-up (Section 17.1)
Magnetic rack (DynaMag-2 Magnet) Invitrogen 12321D Used in many steps in Sections: 5 – 11, 13
MinElute Gel Extraction Kit Qiagen  28604 Gel Purification of PCR Amplified DNA (Section 19.2)
N-Lauroylsarcosine sodium salt solution, 30% aqueous solution, ≥97.0% (HPLC) Sigma 61747 Lysis Buffer 3
Octylphenol Ethoxylate (IGEPAL CA630) BioShop NON999 Lysis Buffer 1 and LiCl Wash Buffer
Phenol:Chloroform:Isoamyl Alcohol, Biotechnology Grade (25:24:1) BioShop PHE512 Checking Sonication (Section 4.3.1)
phi29 DNA Polymerase New England BioLabs M0269L Fill-in Reaction on Beads (Section 10.2) and Denaturing, Primer Annealing and Primer Extension (Section 14.3 and 14.4)
Phosphate-Buffered Saline (PBS), 1x  Corning 21040CV Harvest, cross-linking and freezing cells (Section 1.3) and Sonicating Chromatin (Section 3.1), Antibody incuation with beads (Section 5.1)
PowerPac Basic Power Supply BioRad 1645050 Checking Sonication (Section 4.3.6) and Gel Purification of LM-PCR Amplified DNA (Section 19.1)
ProFlex PCR System Applied Biosystems ProFlex PCR System Used in Sections: 14.2, 14.4, 15.2, 16.2 and 18.2
Protein LoBind Tube, 2.0 mL  Eppendorf 22431102 Antibody Incubation with Beads (Section 5.2) and Chromatin Immunoprecipitation (Section 6.3)
Proteinase K Solution, RNA Grade Invitrogen 25530049 Checking Sonication (Section 4.2) and Elution and Reverse Crosslinking (Section 12.3)
Qubit 4.0 Fluorometer Invitrogen Q33226 Gel Purification of PCR Amplified DNA (Section 19.3)
Quibit dsDNA BR assay kit Invitrogen Q32853 Gel Purification of PCR Amplified DNA (Section 19.3)
Rnase A, Dnase and Protease-free Thermo Scientific EN0531 Checking Sonication (Section 4.3.2) and DNA Extraction (Section 13.2)
Sodium chloride (NaCl), BioReagent  Sigma S5886 Lysis Buffer 1-3, High Salt Wash Buffer
Sodium Dodecyl Sulfate (SDS), Electrophoresis Grade BioShop SDS001 Checking Sonication (Section 4.1), High Salt Wash Buffer and ChIP Elution Buffer
Sonication beads and 15 mL Bioruptor Tubes Diagenode C01020031 Sonicating Chromatin (Section 3.1 and 3.2)
ThermoMixer F1.5  Eppendorf 5384000020 Section 4.2, 4.3.2, 4.3.5, 8.2, 9.2, 10.3, 11.2, 12.2, 12.3, 13.2 and 16.2
Trizma hydrochloride solution (Tris-HCl), BioPerformance Certified, 1 M, pH 7.4 Sigma T2194 10 mM Tris-HCl Buffer
Trizma hydrochloride solution (Tris-HCl), BioPerformance Certified, 1 M, pH 8.0 Sigma T2694 Lysis Buffer 2, Lysis Buffer 3, Checking Sonication (Section 4.1), LiCl Wash Buffer and ChIP Elution Buffer
Ultra II End Repair/dA-Tailing Module (24 rxn -> 120 rxn) New England BioLabs E7546S End Prep Reaction mix and End Prep Enzyme mix. End-repair and dA-Tailing Reaction on Beads (Section 8.2)
VWR Mini Tube Rocker, Variable Speed VWR 10159-752 Used in many steps in sections: 1, 2, 5, 6 and 7
2-[4-(2,4,4-trimethylpentan-2-yl)phenoxy]ethanol, Triton X-100, Reagent Grade BioShop TRX506 Lysis Buffer 1, Sonicating Chromatin (Section 3.4) and High Salt Wash Buffer

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Cite This Article
Montanera, K. N., Rhee, H. S. High-Resolution Mapping of Protein-DNA Interactions in Mouse Stem Cell-Derived Neurons using Chromatin Immunoprecipitation-Exonuclease (ChIP-Exo). J. Vis. Exp. (162), e61124, doi:10.3791/61124 (2020).

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