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RNA Secondary Structure Prediction Using High-throughput SHAPE

RNA Secundária Previsão Estrutura Usando SHAPE de alta capacidade

DOI:
10.3791/50243-v

•

13:42 min

•

May 31, 2013

•

, , , ,
1RT Biochemistry Section, HIV Drug Resistance Program,Frederick National Laboratory for Cancer Research

Chapters

  • 00:05Title
  • 01:40RNA Folding
  • 03:09Chemical Modification of the RNA
  • 04:33Reverse Transcription
  • 07:08Preparation of Sequencing Ladder and Capillary Electrophoresis
  • 09:55ShapeFinder Software
  • 11:15Data Normalization
  • 11:51Results: RNA Structure Determination using RNA Structure Software
  • 12:53Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Alta capacidade seletiva 2 'acilação hidroxila analisados ​​por extensão primer (SHAPE) utiliza um romance químico sondagem tecnologia, transcrição reversa, eletroforese capilar e software de predição de estrutura secundária para determinar as estruturas de RNAs de várias centenas a vários milhares de nucleotídeos em única resolução de nucleotídeos.

Tags

RNA Secondary StructureHigh-throughput SHAPEChemical ProbingReverse TranscriptionCapillary ElectrophoresisShapeFinderRNAStructureIn Silico PredictionSingle Nucleotide Resolution

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