メタボロミクス実験の結果の信頼性は、試料調製の有効性及び再現性に依存する。その後、数千の化合物まで分析すること、または関心のあるだけの化合物クラスのオプションを使用して生体液からの代謝物の抽出を可能にし、厳格かつ徹底的な方法について説明する。