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複雑な動物に関連したサンプルからのシーケンシングメタゲノムとMetatranscriptomes：不純を精製する

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Purifying the Impure: Sequencing Metagenomes and Metatranscriptomes from Complex Animal-associated Samples

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複雑な動物に関連したサンプルからのシーケンシングメタゲノムとMetatranscriptomes：不純を精製する

DOI:

10.3791/52117-v

•

11:23 min

•

December 22, 2014

•

Yan Wei Lim, Matthew Haynes, Mike Furlan, Charles E. Robertson, J. Kirk Harris, Forest Rohwer

¹Department of Biology,San Diego State University, ²DOE Joint Genome Institute, ³Department of Molecular, Cellular and Developmental Biology,University of Colorado, ⁴Department of Pediatrics, School of Medicine,University of Colorado

Chapters

00:05Title
02:01Sample Collection and Pre-treatment
04:11Generating Viral Metagenome and Viral-like Particle Enrichment and Purification
07:12Generating Microbial Metagenome
08:57Results: Generation of Viral and Microbial Metagenomes
10:44Conclusion

Summary

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例として、嚢胞性線維症の気道を使用すると、原稿は、動物関連のサンプル中の微生物およびウイルスのコミュニティを特徴づけるためにメタゲノムとmetatranscriptomicアプローチの組み合わせを含む総合的なワークフローを提供します。

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