Journal
/
Genetics
/
Analisi trascrittomica di<em> C</em>.<em> elegans</em> RNA Sequencing dati attraverso la suite Tuxedo sul Progetto Galaxy
JoVE Journal
Genetics
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Genetics
Transcriptomic Analysis of C. elegans RNA Sequencing Data Through the Tuxedo Suite on the Galaxy Project
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Analisi trascrittomica di<em> C</em>.<em> elegans</em> RNA Sequencing dati attraverso la suite Tuxedo sul Progetto Galaxy

DOI:
10.3791/55473-v

•

10:19 min

•

April 08, 2017

•

,
1Department of Pediatrics,University of Pittsburgh School of Medicine, Children’s Hospital of Pittsburgh

Chapters

  • 00:05Title
  • 00:56Getting Started with Galaxy
  • 03:28Data Analysis with Tuxedo Suite
  • 06:19Gene Ontology (GO) Term Analyses Using DAVID
  • 07:56Results: Transcriptome Dictated by the Transcription Elongation Factor TCER-1, that Extends Lifespan of Germline-less C. elegans
  • 09:39Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Galaxy e David sono emersi come strumenti popolari che permettono ai ricercatori senza formazione bioinformatica per analizzare e interpretare i dati di RNA-Seq. Descriviamo un protocollo per la C. elegans ai ricercatori di effettuare RNA-Seq esperimenti, l'accesso ed elaborare il set di dati utilizzando Galaxy e ottenere informazioni biologiche significative dalle liste di geni con David.

Tags

C. ElegansRNA SequencingTranscriptomic AnalysisTuxedo SuiteGalaxy ProjectBioinformaticsDifferential Gene ExpressionGene OntologyNGS RNA AnalysisFASTQData UploadWorkflow

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

check_url/55473?article_type=v

Optogenetic caso Mutagenesi Utilizzando istone-miniSOG in<em> C. elegans</em
check_url/55473?article_type=v

Coniugazione saggi di accoppiamento per l'analisi specifica per sequenza di proteine ​​di trasferimento relativi coniugazione batterica
check_url/55473?article_type=v

Rilevamento di Copy Number Alterazioni Utilizzando Sequencing Single Cell
check_url/55473?article_type=v

Controllabile Espressione Ion Canale attraverso inducibile trasfezione transiente
check_url/55473?article_type=v

Analisi del promotore di ligandi di c-KIT utilizzando l'immunoprecipitazione cromatina
check_url/55473?article_type=v

Manipolazione di Ploidy in Caenorhabditis elegans
check_url/55473?article_type=v

Informatica analisi dei dati di sequenza da Batch lievito ibrido 2 schermi
check_url/55473?article_type=v

Sequenziamento dell'RNA a singola cellula e analisi delle isole pancreatiche umane
check_url/55473?article_type=v

Identificazione delle impronte di RNA:Complessi proteici tramite l'immunoprecipitazioni dell'RNA in Tandem seguita dal sequenziamento (RIPiT-Seq)
check_url/55473?article_type=v

Identificazione di RNA circolari mediante il sequenziamento dell'RNA

Read Article