A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.
1UCLA AIDS Institute,University of California at Los Angeles (UCLA), 2Department of Microbiology, Immunology, & Molecular Genetics,University of California at Los Angeles (UCLA), 3Departments of Biomathematics and Mathematics,University of California at Los Angeles (UCLA), 4Personalized Genomic Medicine Research Center, Division of Strategic Research Groups,Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology, 5Department of Medicine,University of California at Los Angeles (UCLA), 6Department of Veterinary Biosciences, College of Veterinary Medicine,The Ohio State University (OSU)
Chapters
- 00:05Title
- 01:11LTR-specific Biotin-primer Extension
- 02:53Rsal and CviQI Digestion and Blunt-ending
- 04:12Straptavidin Bead Binding
- 05:31Linker Ligation
- 06:39Pre-amplification of Both Left and Right Junction DNA
- 08:15Left- and Right-junction-specific Amplifications
- 10:23Results: The IS Bidirectional Assay Improves Detection Rates and Sequence Quantification Accuracy
- 12:09Conclusion
В этой рукописи описывается экспериментальная процедура и программный анализ для анализа двунаправленного интеграционного сайта, который может одновременно анализировать ДНК-перекрестный узел вверх и вниз по течению. Двунаправленные продукты ПЦР могут использоваться для любой последующей секвенирующей платформы. Полученные данные полезны для высокопроизводительного количественного сравнения интегрированных целей ДНК.
