Här presenterar vi ett protokoll för att producera gramnegativa Escherichia coli (E. coli) spheroplasts och grampositiva Bacillus megaterium (B. megaterium) protoplasts att tydligt visualisera och snabbt karakterisera peptid-bakterier interaktioner. Detta ger en systematisk metod för att definiera membran lokalisering och translocating peptider.