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AB Initio分子動力学シミュレーションからの溶融物と流体の分析

JoVE Journal
Chemistry

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Analyzing Melts and Fluids from Ab Initio Molecular Dynamics Simulations with the UMD Package

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AB Initio分子動力学シミュレーションからの溶融物と流体の分析

DOI:

10.3791/61534-v

•

06:37 min

•

September 17, 2021

•

Razvan Caracas², Anais Kobsch, Natalia V. Solomatova, Zhi Li, Francois Soubiran³, Jean-Alexis Hernandez²

¹Ecole Normale Supérieure de Lyon, Laboratory of Geology of Lyon UMR5276,CNRS, ²Centre for Earth Evolution and Dynamics (CEED),University of Oslo, ³CEA, DAM, DIF

Chapters

00:05Introduction
00:24Analysis of the Molecular-dynamics Runs
01:15Perform the Structural Analysis
02:05Perform the Speciation Analysis
02:51Compute Diffusion Coefficients
03:27Time Correlation Functions
04:04Thermodynamic Parameters Stemming from the Simulations
04:29Results: Lifetime of the Si-O Chemical Species
05:59Conclusion

Summary

Automatic Translation

溶融物や流体は、自然界における大量輸送のユビキタスベクターです。我々は、このようなシステムのab initio分子動力学シミュレーションを分析するためのオープンソースパッケージを開発しました。構造(接合、クラスター化、化学種分化)、輸送(拡散、粘度)、熱力学的特性(振動スペクトル)を計算します。

Tags

Keywords: Ab Initio Molecular Dynamics UMD Package Physical Properties Chemical Properties Fluids Python Scripts MD Simulation VASP Pair Distribution Function Interatomic Bond Distances Coordination Polyhedra Polymerization Mean Square Displacement Self-diffusivity Diffusion Coefficients

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