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Selezione assistita di biomarcatori mediante LEfSe (Linear Discriminant Analysis Effect Size) nei dati del microbioma
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Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data
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Selezione assistita di biomarcatori mediante LEfSe (Linear Discriminant Analysis Effect Size) nei dati del microbioma

DOI:
10.3791/61715-v

•

04:57 min

•

May 16, 2022

•

, ,
1Marine Resources Research Centre,Tianjin Research Institute for Water Transport Engineering, M.O.T., 2Key Laboratory of Regional Energy Systems Optimization, Ministry of Education, College of Environmental Science and Engineering,North China Electric Power University, 3School of Environmental Science and Engineering,Huazhong University of Science and Technology

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 00:39Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) Native Analysis
  • 01:49LEfSe Online Analysis (Galaxy)
  • 03:05Results: Representative Microbiome LEfSe Characterization
  • 04:21Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

LEfSe (LDA Effect Size) è uno strumento per l'estrazione di biomarcatori ad alta dimensione per identificare caratteristiche genomiche (come geni, percorsi e tassonomie) che caratterizzano in modo significativo due o più gruppi nei dati del microbioma.

Tags

BiomarkerLinear Discriminant AnalysisEffect SizeLEfSeMicrobiomeBiologic GroupsStatistical DifferencesGenomic BiomarkersConda EnvironmentData FormatLDA CalculationBiomarker PlotCladogramSingle Biomarker PlotGalaxy Server

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