Denne protokollen skisserer en rutinemessig metode for bruk av seriell blokk-ansikt skanning elektronmikroskopi (SBF-SEM), en kraftig 3D-bildeteknikk. Vellykket påføring av SBF-SEM hengsler på riktig fiksering og vevsfargingsteknikker, samt nøye vurdering av bildebehandlingsinnstillinger. Denne protokollen inneholder praktiske hensyn for hele denne prosessen.