Alternativ splejsning (AS) og alternativ polyadenylering (APA) udvider mangfoldigheden af transkriptionsisoformer og deres produkter. Her beskriver vi bioinformatiske protokoller til analyse af bulk RNA-seq og 3 'slutsekventeringsassays for at detektere og visualisere AS og APA, der varierer på tværs af eksperimentelle forhold.