Альтернативное сплайсинг (AS) и альтернативное полиаденилирование (APA) расширяют разнообразие изоформ транскриптов и их продуктов. Здесь мы описываем биоинформационные протоколы для анализа объемных анализов РНК-seq и 3'-концевого секвенирования для обнаружения и визуализации AS и APA, варьирующихся в зависимости от экспериментальных условий.