Journal
/
Biochemistry
/
Processamento de amostras de proteômica de espingarda automatizada por um robô de laboratório de código aberto
JoVE Journal
Biochemistry
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Biochemistry
Shotgun Proteomics Sample Processing Automated by an Open-Source Lab Robot

Processamento de amostras de proteômica de espingarda automatizada por um robô de laboratório de código aberto

DOI:
10.3791/63092-v

•

10:12 min

•

October 28, 2021

•

, , , ,
1Department of Medicine-Cardiology,University of Colorado Anschutz Medical Campus, 2Department of Biochemistry & Molecular Genetics,University of Colorado Anschutz Medical Campus, 3Consortium for Fibrosis Research & Translation, School of Medicine,University of Colorado Anschutz Medical Campus

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 00:40Mass Spectrometry (MS) Sample Preparation with a Single Protein
  • 04:44Peptide Clean-up Using SP3 Paramagnetic Beads
  • 06:19MS Sample Preparation with Protein Lysate
  • 08:37Results: Mass Spectrometry Proteomics with a Single Protein Standard Bovine Serum Albumin and a Detergent-Containing Human Heart Lysate Sample
  • 09:44Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Protocolo detalhado e três scripts Python são fornecidos para operar um sistema de manuseio líquido robótico de código aberto para realizar a preparação semi-automatizada de amostras de proteína para experimentos de espectrometria de massa, cobrindo a remoção de detergentes, digestão de proteínas e etapas de desalização de peptídeos.

Tags

Shotgun ProteomicsAutomated Sample ProcessingOpen-source Lab RobotLiquid Handling SystemMass SpectrometryProtein BiochemistryProteomic StudiesAmmonium BicarbonateDTTTemperature ControlAutomationOpen-source Python Scripts

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

check_url/63092?article_type=v

Automated acústico de distribuição para a diluição de série do Peptide agonistas em potência Determinação Ensaios
check_url/63092?article_type=v

LERLIC-MS / MS para Caracterização em profundidade e Quantificação de Glutamina e Asparagina em desamidação da espingarda Proteomics
check_url/63092?article_type=v

Livre de calibração em Vitro quantificação da proteína Homo-oligomerização usando instrumentação comercial e livre, Open Source Software de análise de brilho
check_url/63092?article_type=v

Preparação de cloroplasto sub compartimentos de Arabidopsis para a análise da localização da proteína pelo Immunoblotting ou Proteomics
check_url/63092?article_type=v

Detecção de locais de ubiquitinação de proteínas por enriquecimento de peptídeos e espectrometria de massa
check_url/63092?article_type=v

Usando o pipeline de código aberto MALDI TOF-MS IDBac para análise de proteína microbiana e dados metabólito especializados
check_url/63092?article_type=v

Um suporte de amostra tudo-em-um para a cristalografia macromolecular do raio X com espalhamento mínimo do fundo
check_url/63092?article_type=v

Uma preparação de amostra de plasma para espectrometria de massa usando uma estação de trabalho automatizada
check_url/63092?article_type=v

Preparação da amostra TMT para envio de instalações proteômicas e análise de dados subsequentes
check_url/63092?article_type=v

Fazendo medições de FRET de molécula única precisas e precisas usando o smfBox de código aberto

Read Article