يوفر البروتوكول الموضح هنا تعليمات مفصلة حول كيفية تحليل المناطق الجينومية ذات الأهمية لإمكانات ترميز البروتين الدقيق باستخدام PhyloCSF على متصفح UCSC Genome سهل الاستخدام. بالإضافة إلى ذلك ، يوصى بالعديد من الأدوات والموارد لمواصلة التحقيق في خصائص تسلسل البروتينات الدقيقة المحددة لاكتساب نظرة ثاقبة على وظائفها المفترضة.